Generation of CRISPR/Cas-mediated mutants of IroC genes and protein tagging for endogenous expression analysis in Drosophila
Drosophila'da IroC genlerinin CRISPR/Cas yöntemi kullanılarak mutantlarının ve endojen ifadelerinin analizi için etiketlenmiş proteinlerinin oluşturumlası
- Tez No: 603263
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ARZU ÇELİK FUSS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 93
Özet
Koku sisteminde, doğru koku reseptör nöronu (ORN) gelişimi, uygun koku reseptör (OR) gen ifadesine ve aksonların daha yüksek beyin merkezlerine uygun şekilde projeksiyonuna bağlıdır. Bu nedenle, gelişim sırasında, ORN'ler iki önemli karar alır: büyük bir OR gen repertuarından bir OR genini seçmek ve aksonlarını beyinde belirli bir yere iletmek. Genetik aletlerin mevcudiyeti ve nispi sadeliği Drosophila'yı koku sisteminin moleküler temelini ortaya çıkarmak için önemli bir model organizma haline getirmektedir. Çalışmalarımız, bir transkripsiyon faktör ailesi olan IroC'nin (Iroquois kompleksi) ORN spesifikasyonundaki fonksiyonu üzerine odaklanmaktadır. Iro ailesi, tüm çok hücreli organizmalarda kümeler halinde korunmuştur ve araucan (ara), caupolican (caup) ve mirror (mirr) adı verilen üç gen içerir. Transkripsiyon hızlandırıcı tuzak hatlarının önceki analizi, IroC'nin iki koku organında, antenlerde ve maksiller palpta ifade edildiğini göstermiştir. üçlü mutant sinekler kullanılarak RNA sekanslama analizi yapılmış ve koku sistemindeki iroC hedef genlerini karakterize edilmiştir. Bu çalışma çerçevesinde IroC genlerini ayrı ayrı araştırmak için CRISPR/Cas9 teknolojisini kullanarak yeni sinek hatları üretildi; IroC genleri için tekli mutantlar ve iroC'nin etiketli proteinleri. Tekli IroC mutantları, hedef genlerin ne kadarının çakıştığını belirlemek için, gelecekteki çalışmalarda RNASeq analizi yapılması amacıyla tarafımdan üretildi. Ayrıca, endojen ifade şablonlarını incelemek için floresan etiketli tekli iro proteinleri tarafımdan üretildi. Genel olarak, üretilen araçlar iroC fonksiyonunu incelemeye ve bu proteinlerin koku alma sistemindeki rolünü netleştirmeye yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
In the olfactory system, correct olfactory receptor neuron (ORN) development depends on proper olfactory receptor (OR) gene expression and proper projection of axons to higher brain centers. Thus, during development, ORNs go through two important decisions: selecting one OR gene from a large repertoire of OR genes and project their axons to a particular location in the brain. The availability of genetic tools and its relative simplicity make Drosophila an important model organism to uncover the molecular basis of the olfactory system development and function. Our studies focus on the function of IroC (Iroquois complex), a transcription factor family, in ORN specification. The Iro family includes three genes called araucan (ara), caupolican (caup) and mirror (mirr), which are conserved as clusters in all multi-cellular organisms. Previous analysis of enhancer trap lines showed that IroC is expressed in two olfactory organs, antennae and maxillary palp and using a triple mutant of IroC, RNA Sequencing analysis was performed on olfactory organs and iroC target genes were characterized. In the framework of this study, to investigate IroC genes individually we wanted to generate novel tools, single knock-outs and individually-tagged proteins of iroC using CRISPR/Cas9 technology. To identify and compare target gene repertoires, I have generated single IroC mutants which will be used for RNASeq analysis in future studies. Also, I have generated individual fluorescently-tagged iro proteins to study their endogenous expression patterns. Overall, the generated tools will help to study iroC function in general and help to clarify the role of these proteins in olfactory system development.
Benzer Tezler
- The role of chromatin modifying enzymes in fibroblast-to-hepatocyte direct lineage conversion
Kromatin değiştiricilerin fibroblast'tan hepatosit'lere transdiferensiyasyon'daki rolü
ERAY ENÜSTÜN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Tıbbi BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TEVFİK TAMER ÖNDER
- CRISPR-Cas9 aracılı PIK3CA gen modifikasyonunun kanser hücreleri üzerindeki terapötik etkilerinin araştırılması
CRISPR-Cas9 mediated PIK3CA modification as a novel treatment modality in cancer
ÖZGE SÖNMEZLER
Doktora
Türkçe
2022
BiyomühendislikÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ATIL BİŞGİN
- Generation of a CRISPR/Cas based genome editing system for MEFV gene in familial mediterranean fever-specific induced pluripotent stem cells
Ailesel Akdeniz ateşine özgü uyarılmış pluripotent kök hücrelerdeki MEFV geni için CRISPR/Cas temelli genom yazılım sisteminin oluşturulması
GÜLNİHAL KAVAKLIOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
GenetikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. TEVFİK TAMER ÖNDER
- Optimizing CRISPR/CAS9 method to resolve bolting in spinach and use of cytokinin oxidase inhibitors for efficient plant transformation of 14 species
Ispanakta çiçeklenme sorunun çözümü için CRISPR/CAS9 yönteminin optimize edilmesi ve 14 türde etkin bitki transformasyonu için sitokinin oksidaz inhibitörlerinin kullanımı
IRUM SAADİA KHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
ZiraatEge ÜniversitesiTohumluk Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EFTAL DÜZYAMAN
PROF. DR. STEFAAN WERBROUCK
- Next generation sequencing of a novel Loigolactobacillus coryniformis FOL-19 isolated from cheese and comparative genomic analysis with other L. coryniformis strains
Peynirden ilk defa izole edilen Loigolactobacillus coryniformis FOL-19'un yeni nesil dizilenmesi ve diğer L. coryniformis suşlarıyla karşılaştırmalı genomik analizleri
İSMAİL GÜMÜŞTOP
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyomühendislikAbdullah Gül ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FATİH ORTAKCI