Geri Dön

Bir üniversite hastanesinde tüberkülozlu hastalardan izole edilen mycobacterium tuberculosis kompleks izolatlarının moleküler yöntemler ile genotiplendirilmesi

Genotyping of mycobacterium tuberculosis complex isolates isolated from tuberculosis patients in A University Hospital by molecular methods

PDF İndir

  1. Tez No: 610026
  2. Yazar: NURCİHAN BİLTEKİN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MAHMUT ÜLGER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Genotip, Hastaneler, Hastaneler-üniversite, Makromoleküler yapı, Mycobacterium tuberculosis, Tüberküloz, Genotype, Hospitals, Hospitals-university, Macromoleculer structure, Mycobacterium tuberculosis, Tuberculosis
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Mersin Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTK) üyesinden Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) bakterisinin neden olduğu tüberküloz (TB), ülkemizde ve dünyada halen en sık görülen bulaşıcı ve ölümcül hastalıktan biri olmaya devam etmektedir. Son yıllarda genomik polimorfizmlerin doğrudan analizine dayanan moleküler tipleme yöntemleri artık yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. MTK izolatlarının moleküler epidemiyolojine bakıldığında belirlenen bölgedeki etkin izolatı bulmak ve hastalıkla mücadele etmek farklı coğrafi bölgelerdeki TB salgınlarının kaynağını bulmak için günümüzde Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable Number of Tandem Repeat (MIRU-VNTR) tiplemesi, IS6110 Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Polymerase Chain Reaction (PZR)-Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ve spoligotiplendirme (Spacer oligonucleotide typing) gibi en son moleküler genotiplendirme yöntemleri kullanılmaya başlanmıştır. Bu tez çalışmasında Mersin ilinde TB'li hastalardan izole edilen ve MTK olarak tanımlanan klinik izolatların moleküler genotiplendirilmesinin yapılarak bu mikroorganizma için ilimizde moleküler epidemiyolojik veri elde edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya 01.01.2016 ve 31.12.2017 tarihleri arasında, Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikobakteriyoloji Laboratuvarı'nda klinik materyalinin kültüründe MTK izole edilen ve +4°C'de saklamaya alınan kültür koleksiyonundaki 103 klinik izolat dahil edildi. Çalışmaya dahil edilen izolatların DNA'ları MGIT sıvı besiyerinden Mickle cihazı kullanılarak elde edildi. Bu izolatların moleküler genotiplendirilmesi spoligotiplendirme ve MIRU-VNTR yöntemleri ile yapıldı. 103 izolatın 10 spoligotiplendirme kümesi içerisinde yoğunlaştığı tespit edildi. En büyük kümenin 48 (%46,6) izolat ile T ailesi olduğu, ikinci sırada Haarlem ailesinin 16 (%15,5) izolat içerdiği, TUR ailesinin 13 (%12,6) izolat, S ailesinin 10 (%9,7) izolat, Beijing ailesinin 4 (%3,9) izolat, LAM ailesinin 4 (%3,9) izolat, Bovis ailesinin 3 (%2,9) izolat, NEW-1 ailesinin 3 (%2,9) izolat, Delhi/CAS ailesinin 1 (%1) izolat, H37Rv ailesinin 1 (%1) izolat içerdiği görüldü. Çalışma sonuçlarımıza göre, ülkemizde yapılan diğer çalışmalardan farklı fakat Çukurova bölgesinde yapılan çalışmaya benzer şekilde, T ailesinin (%46,6) en sık görülen aile olduğu tespit edildi. Beijing ailesinin varlığı bu çalışma ile ilimizde de tespit edilmiştir. Sonuç olarak, bu tür moleküler çalışmaların yeni izole edilecek izolatlar ile yapılmasıyla, ilimizdeki bu bakterinin hareketinin izlenmesi suretiyle TB'nin kontrol altına alınmasında yararlı olacağı düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

Tuberculosis (TB) caused by the bacterium Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), a member of the Mycobacterium tuberculosis complex (MTC), is still one of the most common infectious and deadly diseases in our country and in the world. In recent years, molecular typing methods based on direct analysis of genomic polymorphisms have been widely used. When the molecular epidemiology of MTC isolates is examined, the latest molecular genotyping methods such as Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable Number of Tandem Repeat (MIRU-VNTR) typing, IS6110 Polymerase Chain Reaction (PCR)-Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) and spoligotyping have been used to find the effective isolate in the determined region and to find the source of TB outbreaks in different geographical regions. In this study, it was aimed to molecular genotyping of clinical isolates, isolated from TB patients and identified as MTC in Mersin province, and to obtain molecular epidemiological data for this microorganism in our city. Between 01.01.2016 and 31.12.2017, 103 clinical MTC isolates, from culture collection stored at +4°C in the Mycobacteriology Laboratory, Department of Medical Microbiology, Faculty of Medicine, Mersin University, were included in this study. DNAs of the isolates included in the study were obtained from MGIT liquid medium using Mickle device. Molecular genotyping of these isolates was performed by spoligotyping and MIRU-VNTR methods. 103 isolates were clustered in 10 spoligotyping clusters. The largest cluster was the T family with 48 (46,6%) isolates, the Haarlem family contained 16 (15,5%) isolates, TUR family contained 13 (12,6%) isolates, S family contained 10 (9,7%) isolates, Beijing family contained 4 (3,9%) isolates, LAM family contained 4 (3,9%) isolates, Bovis family contained 3 (2,9%) isolates, NEW-1 family contained 3 (2,9%) isolates, Delhi/CAS family contained 1 (1%) isolates, and H37Rv family contained 1 (1%) isolates respectively. According to the our results, T family (46,6%) was found to be the most common family, which is different from other studies in our country but similar to the study in Çukurova region. The presence of the Beijing family was also detected in our province with this study. As a result, it is thought to be useful to control TB by monitoring the movement of this bacterium in our province by conducting such molecular studies with new isolates.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    1

    Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi

    Başlık çevirisi yok

    MERİH BAYRAM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1987

    Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM

  2. Tez No

    251

    Bir ilaç fabrikasında personel gereksinmesinin belirmesi seçilmesi ve elde tutulmasına yönelik bir uygulama çalışması

    Başlık çevirisi yok

    EMİNE BOZBAĞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1989

    İşletmeİstanbul Üniversitesi

    Çalışma Ekonomisi ve Endüstri İlişkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUĞRAY KAYNAK

  3. Tez No

    252

    İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar

    Başlık çevirisi yok

    BAHAR TÜRKYILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1985

    Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge Üniversitesi

    Şehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı

  4. Tez No

    3

    Atherosklerotik kalp hastalıklarında risk faktörleri

    Risk factors in the coronary artery disease

    MURAT SUHER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1987

    KardiyolojiGazi Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

  5. Tez No

    203

    Diesel motorları yakıt püskürtme sistemlerinin dinamik simülasyonu

    Başlık çevirisi yok

    İRFAN KARAGÖZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1986

    Makine MühendisliğiUludağ Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OĞUZ BORAT

Geri Dön