Bir üniversite hastanesinde tüberkülozlu hastalardan izole edilen mycobacterium tuberculosis kompleks izolatlarının moleküler yöntemler ile genotiplendirilmesi
Genotyping of mycobacterium tuberculosis complex isolates isolated from tuberculosis patients in A University Hospital by molecular methods
- Tez No: 610026
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MAHMUT ÜLGER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Mersin Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 59
Özet
Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTK) üyesinden Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) bakterisinin neden olduğu tüberküloz (TB), ülkemizde ve dünyada halen en sık görülen bulaşıcı ve ölümcül hastalıktan biri olmaya devam etmektedir. Son yıllarda genomik polimorfizmlerin doğrudan analizine dayanan moleküler tipleme yöntemleri artık yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. MTK izolatlarının moleküler epidemiyolojine bakıldığında belirlenen bölgedeki etkin izolatı bulmak ve hastalıkla mücadele etmek farklı coğrafi bölgelerdeki TB salgınlarının kaynağını bulmak için günümüzde Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable Number of Tandem Repeat (MIRU-VNTR) tiplemesi, IS6110 Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Polymerase Chain Reaction (PZR)-Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ve spoligotiplendirme (Spacer oligonucleotide typing) gibi en son moleküler genotiplendirme yöntemleri kullanılmaya başlanmıştır. Bu tez çalışmasında Mersin ilinde TB'li hastalardan izole edilen ve MTK olarak tanımlanan klinik izolatların moleküler genotiplendirilmesinin yapılarak bu mikroorganizma için ilimizde moleküler epidemiyolojik veri elde edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya 01.01.2016 ve 31.12.2017 tarihleri arasında, Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Mikobakteriyoloji Laboratuvarı'nda klinik materyalinin kültüründe MTK izole edilen ve +4°C'de saklamaya alınan kültür koleksiyonundaki 103 klinik izolat dahil edildi. Çalışmaya dahil edilen izolatların DNA'ları MGIT sıvı besiyerinden Mickle cihazı kullanılarak elde edildi. Bu izolatların moleküler genotiplendirilmesi spoligotiplendirme ve MIRU-VNTR yöntemleri ile yapıldı. 103 izolatın 10 spoligotiplendirme kümesi içerisinde yoğunlaştığı tespit edildi. En büyük kümenin 48 (%46,6) izolat ile T ailesi olduğu, ikinci sırada Haarlem ailesinin 16 (%15,5) izolat içerdiği, TUR ailesinin 13 (%12,6) izolat, S ailesinin 10 (%9,7) izolat, Beijing ailesinin 4 (%3,9) izolat, LAM ailesinin 4 (%3,9) izolat, Bovis ailesinin 3 (%2,9) izolat, NEW-1 ailesinin 3 (%2,9) izolat, Delhi/CAS ailesinin 1 (%1) izolat, H37Rv ailesinin 1 (%1) izolat içerdiği görüldü. Çalışma sonuçlarımıza göre, ülkemizde yapılan diğer çalışmalardan farklı fakat Çukurova bölgesinde yapılan çalışmaya benzer şekilde, T ailesinin (%46,6) en sık görülen aile olduğu tespit edildi. Beijing ailesinin varlığı bu çalışma ile ilimizde de tespit edilmiştir. Sonuç olarak, bu tür moleküler çalışmaların yeni izole edilecek izolatlar ile yapılmasıyla, ilimizdeki bu bakterinin hareketinin izlenmesi suretiyle TB'nin kontrol altına alınmasında yararlı olacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Tuberculosis (TB) caused by the bacterium Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), a member of the Mycobacterium tuberculosis complex (MTC), is still one of the most common infectious and deadly diseases in our country and in the world. In recent years, molecular typing methods based on direct analysis of genomic polymorphisms have been widely used. When the molecular epidemiology of MTC isolates is examined, the latest molecular genotyping methods such as Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit-Variable Number of Tandem Repeat (MIRU-VNTR) typing, IS6110 Polymerase Chain Reaction (PCR)-Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) and spoligotyping have been used to find the effective isolate in the determined region and to find the source of TB outbreaks in different geographical regions. In this study, it was aimed to molecular genotyping of clinical isolates, isolated from TB patients and identified as MTC in Mersin province, and to obtain molecular epidemiological data for this microorganism in our city. Between 01.01.2016 and 31.12.2017, 103 clinical MTC isolates, from culture collection stored at +4°C in the Mycobacteriology Laboratory, Department of Medical Microbiology, Faculty of Medicine, Mersin University, were included in this study. DNAs of the isolates included in the study were obtained from MGIT liquid medium using Mickle device. Molecular genotyping of these isolates was performed by spoligotyping and MIRU-VNTR methods. 103 isolates were clustered in 10 spoligotyping clusters. The largest cluster was the T family with 48 (46,6%) isolates, the Haarlem family contained 16 (15,5%) isolates, TUR family contained 13 (12,6%) isolates, S family contained 10 (9,7%) isolates, Beijing family contained 4 (3,9%) isolates, LAM family contained 4 (3,9%) isolates, Bovis family contained 3 (2,9%) isolates, NEW-1 family contained 3 (2,9%) isolates, Delhi/CAS family contained 1 (1%) isolates, and H37Rv family contained 1 (1%) isolates respectively. According to the our results, T family (46,6%) was found to be the most common family, which is different from other studies in our country but similar to the study in Çukurova region. The presence of the Beijing family was also detected in our province with this study. As a result, it is thought to be useful to control TB by monitoring the movement of this bacterium in our province by conducting such molecular studies with new isolates.
Benzer Tezler
- Çok ilaca dirençli Mycobacterium tuberculosis suşlarının izoniazide karşı minimal inhibitör konsantrasyon dağılımlarının katalaz enzim aktiviteleri ile karşılaştırılması
Başlık çevirisi yok
KEREM OCAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2005
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. FUNDA BABACAN
- İzole izoniyazid (INH) dirençli akciğer tüberkülozunun tedavi yönetimi ve sonuçları 2014-2021
Treatment management and results of isoniazid mono-resistant pulmonary tuberculosis 2014-2021
BESTE ATABEK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Göğüs HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları ve Tüberküloz Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYLİN BABALIK
- Akciğer ve akciğer dışı tüberkülozda xpert ve xpert ultra testlerinin tanısal verimliliği
Başlık çevirisi yok
İHSAN TOPALOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Göğüs HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERİR ÖZKAN
- Akciğer tüberkülozlu hastalarda serumda tiyol-disülfid dengesinin hastalık yükü ve izoniyazid direnci ile ilişkisi
The relationship of thiol-disulfide homeostasis with severity of disease and isoniazid resistance in pulmonary tuberculosis patients
AYLİN GÜNGÖR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Göğüs HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları ve Tüberküloz Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TÜLİN KUYUCU
DR. OLGA AKKAN
- Tüberküloz sebebiyle tedavi gören hastaların demografik ve klinik özellikleri ile akciğer tüberkülozlu hastalarda tedavi başarısına etki eden faktörlerin değerlendirilmesi
Evaluation of demographic and clinical characteristics of patients being treated for tuberculosis and factors affecting the success of treatment in patients with pulmonary tuberculosis
DERYA TOPRAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Göğüs HastalıklarıRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜNAL ŞAHİN