Geri Dön

Glukoz-6-fosfat-1-epimeraz ve mikrotübül ilişkili protein genlerinin biyoinformatik analizi

Bioinformatic analysis of protein genes related to glucose-6-phosphate-1-epimerase and microtubula

PDF İndir

  1. Tez No: 610331
  2. Yazar: SUNA SANCAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. GÜLENDAM TÜMEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Balıkesir Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 85

Özet

Zeytin (Olea europaea L.) herzaman yeşil, ağaç boyu 4 ile 8 metre arasında değişen her dem yeşil, uzun ömürlü ve Akdeniz iklimine özgü bir bitkidir. Ülkemizin Akdeniz tarımına uygun topraklarında yetiştiği için ekonomik öneme sahiptir. Bu çalışmada zeytin mevye cDNA kütüphanesinden seçilen tahmini Glukoz-6-Fosfat-1-Epimeraz (UPK 195 ) ve Mikrotübil İlişkili Protein (UPK 184) Geninin karakterizasyonu ve genin işlevinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Biyoinformatik analizi için nükleotid ve protein BLAST, BioEdit, FinchTV, Primer3 ve SOSUI programları kullanılmış, moleküler karakterizasyon çalışmaları için ise polimorfizm, anlık gösterimli (real-time) PCR, klonlama, transformasyon ve Western Blot yöntemleri uygulanmıştır. Bioinformatik analizler sonucunda; gDNA dizisi ile yapılan analizlerde zeytin tahmini UPK 195 kodlu genimizin Ricinus communis(Hint yağı) bitkisine ve protein benzerliği olarakta Sesamum indicum bitkisine benzediği görülmüştür. Gen ifadesi çalışmalarında cDNA dizisi pLATE51 vektörü kullanılarak E.coli (DH10B ve BL21) bakteri suşlarına transforme edilip, gen ekspresyonu IPTG ile indüklenme sağlanmıştır. UPK 195 kodlu genimizin 174 aa asit kodladığı, yaklaşık olarak 20 kDA ağırlığında bir protein olduğu ve en çok serin amino asitini kodladığı görüldü. UPK 184 kodlu genin ise 258 aa asit kodladığı, 29 kDA ağırlığında bir protein olduğu ve en çok serin,lösin, amino asitlerini içerdiği tespit edilmiştir.

Özet (Çeviri)

Olives (Olea europaea L.) are always green, long-lasting and unique to the Mediterranean climate. The length of the tree is between 4 and 8 meters. It has economic importance because it grows on the land suitable for Mediterranean agriculture of our country. The aim of this study was to determine the characterization and function of Glucose-6-Phosphate-1-Epimerase (UPK 195) and Microtubable Associated Protein (UPK 184) gene selected from olive cDNA library. Nucleotide and protein BLAST, BioEdit, FinchTV, Primer3 and SOSUI programs were used for bioinformatics analysis and polymorphism; real-time PCR, cloning, transformation and Western Blot methods were used for molecular characterization studies. As a result of bioinformatics analysis; The analysis of the gDNA sequence revealed that the predicted UPK 195 gene of olives was similar to Ricinus communis (Sesame oil indicum) and protein similarity. In gene expression studies, the cDNA sequence was transformed into E.coli (DH10B and BL21) bacterial strains by using pLATE51 vector and gene expression was induced by IPTG. Our UPK 195 gene was found to encode 174 aa acid, a protein weighing approximately 20 kDA, and most likely encoded serine amino acid. It was found that the gene coded UPK 184 encodes 258 aa acid, is a protein weighing 29 kDA and contains mostly serine, leucine, amino acids.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    177471

    Causes and consequences of seasonal variation of phosphoglucomutase (PGM) enzyme polymorphism in honeybees, (Apis mellifera L.) of Turkey

    Türkiye bal arılarında (Apis mellifera L.) fosfoglukomutaz (PGM) enzim polimorfizminin mevsimsel değişiminin nedenlerinin ve sonuçlarının araştırılması

    ZERRİN GÜLDÜREN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MERAL KENCE

  2. Tez No

    882164

    Sibirya Mersin Balığı Acipenser Baerii (Brandt,1869)'un solungaç dokusu glukoz 6 fosfat dehidrojenazının (EC.1.1.1.49) saflaştırılması ve kinetik karakterizasyonu

    Purification and kinetic characterization of gill tissue glucose 6 phosphate dehydrogenase (EC.1.1.1.49) from siberian sturgeon Acipenser Baerii (Brandt, 1869)

    BEYZA GÜL KOÇAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyokimyaSivas Cumhuriyet Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH GÖRGÜN

  3. Tez No

    409334

    Koçlarda eritrosit ve spermatozoa glukoz-6-fosfat dehidrojenaz(G6PD) enzim düzeyleri

    Erytrocyte and spermatozoa glucose -6- phosphate dehydrogenase levels in merino ram

    HÜSEYİN GÜREL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyokimyaSelçuk Üniversitesi

    Biyokimya (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURİ BAŞPINAR

  4. Tez No

    107961

    Van ili ve çevresinde glukoz 6 fosfat dehidrogenaz enzim eksikliği sıklığının araştırılması

    Investigation of the prevalence of glucose 6 phosphate dehydrogenase deficiency in Van region

    BÜLENT ATAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıYüzüncü Yıl Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. AHMET FAİK ÖNER

  5. Tez No

    48106

    Sığır lensi glukoz-6-fosfat dehidrogenazının saflaştırılması moleküler ve kinetik özelliklerinin saptanması

    The purification of glucose-6-phosphate dehydrogenase from bovine lens, determination of molecular and kinetic properties

    N. NURAY ULUSU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1996

    BiyokimyaHacettepe Üniversitesi

    DOÇ.DR. M. SEZAİ KUŞ

Geri Dön