Characterization of sorting nexin 3 (SNX3) function
Sorting nexin 3 (SNX3)'ün görevinin karakterizasyonu
- Tez No: 610410
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 112
Özet
Sorting Nexin 3 (SNX3) sorting nexin familyasına ait olan, endositik trafik ağında yer alan bir proteindir. SNX3 sadece PX domainine sahiptir ve bu domain sayesinde endozomlardaki fosfatidil inositol-3-fosfata bağlanır ve retromer kompleksinin erken endozomlarda oluşumunu sağlar. Endositozla hücre içine alınan reseptörler, hücre zarına geri dönebilirler; Trans-Golgi Ağı'na yönlendirilebilirler veya lizozomlarda yıkıma uğrayabilirler. Daha önceki çalışmalarımızda, SNX3'ün mesajcı RNA (mRNA)'sının meme kanserlerinde alternatif poliadenilasyona uğrayarak arttığını göstermiştik. Bu sebeple, düzensiz SNX3 ifadesinin, kanser hücrelerinde hücre zarı reseptörlerinin endositik trafiğinin dinamiklerini değiştirebileceğini hipotez ettik. Hipotezimizi test etmek için, kanser hücre hatlarında SNX3'ün farklı RNA interferaz (RNAi) modelleri geliştirdik. Bu modellerde, WLS (Wntless, SNX3'ün bilinen kargolarından biri) ve EGFR (Epidermal Büyüme Hormonu, SNX3'ün muhtemel kargosu) seviyeleri SNX3'ü baskılanmış hücrelerde, kontrole kıyasla, değişmiştir. Proksimiti ligasyon tekniği kullanılarak, SNX3 ve EGFR arasındaki olası etkileşimi gösterdik. Immunoboyama ile SNX3'ün ve düzensiz ubikutinlenen ve anormal hücre içi lokalizasyon gösteren mutant formlarının hücre içi lokalizasyonlarını belirledik. Özetle, SNX3'ün EGFR protein seviyesini modüle ettiğini ve ubikutinlenmenin SNX3'ün fonksiyonunda önemli olabileceğini gösterdik. SNX3'ün görevinin ve endositik trafiğin anlaşılması, EGFR'ye karşı geliştirilecek olan hedefli terapilerde etkili olabilir.
Özet (Çeviri)
Sorting nexin 3 (SNX3) belongs to the sorting nexins family involved in endocytic trafficking network. SNX3 only has a PX domain, which facilitates binding to the phosphatidyl inositol-3-phosphate on endosomes and has a role in formation of the retromer complex on early endosomes. Endocytosed receptors go through internalization and recycle back to plasma membrane, Trans-Golgi Network or alternatively are degraded in the lysosomes. Earlier, we found that SNX3 messenger RNA (mRNA) is upregulated via alternative polyadenylation in breast cancers. Therefore, we hypothesized that deregulated expression of SNX3 may change the dynamics of endocytic trafficking of membrane receptors in cancer cells. In order to test our hypothesis, we developed different RNA interference (RNAi) models of SNX3 in cancer cell lines and observed that WLS (Wntless, one of the known cargos of SNX3) and EGFR (Epidermal Growth Factor Receptor, possible cargo of SNX3) levels were altered in SNX3 silenced cells compared with the controls. We used proximity-based ligation approach to demonstrate possible interaction between SNX3 and EGFR, used immunostaining to determine subcellular localization of SNX3 and several mutants we generated that showed deregulated ubiquitylation and abnormal subcellular localization. Overall, we showed that SNX3 modulates EGFR protein levels and that ubiquitylation may be important for SNX3 function. Understanding the role of SNX3 and the endocytic trafficking may have future implications for targeted therapies against EGFR.
Benzer Tezler
- Sedimentological, cyclostratigraphic analysis and reservoir characterization of Balakhany x formation within the productive series Azeri field on C01 well (Offshore Azerbaijan)
Balakhany x formasyonu?nun sedimantolojisi, devirsel stratigrafi analizi ve hazne kaya özelliklerinin nitelendirilmesi (C01 kuyusu, üretim serisi, ACG (Azeri, Chirag, Güneşli) sahası, Güney Hazar havzası, Azerbeycan açıkları)
ELNUR BİNYATOV
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASUMAN GÜNAL TÜRKMENOĞLU
YRD. DOÇ. DR. İSMAİL ÖMER YILMAZ
- Design, synthesis, and characterization of potential self-sorting compounds through differential solvation
Diferansiyel çözünürlükle kendisini sınıflandırma potansiyeli olan maddelerin tasarımı, sentezi ve karakterizasyonu
GİZEM TEKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
KimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AKIN AKDAĞ
PROF. DR. ALİ GÖKMEN
- Gebelik süresince uterus ve lenfoid organlardaki dendritik hücrelerin karakterizasyonu
Characterization of uterus and lymphoid organ's dendritic cells in pregnancy
PEYMAN BİZARGİTY
Doktora
Türkçe
2022
Allerji ve İmmünolojiMarmara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP EMEL DEMİRALP
- Akciğer kanseri hastalarında kanser kök hücresinin karakterizasyonu
Characterization of cancer stem cell in cell lung cancer patients
ESRA ATAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Tıbbi BiyolojiErciyes ÜniversitesiKök Hücre Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEÇİL YILMAZ
- Cellular characterization of immune cells in non-small cell lung cancer and mesothelioma
Küçük hücreli dışı akciğer kanseri ve mezotelyomada immün hücrelerin hücresel karakterizasyonu
GÖNÜL SEYHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN