Nohutta (Cicer arietinum L.) genom tabanlı ssr markerlerin geliştirilmesi ve yakın akraba türlere aktarılabilirliğinin araştırılması
Development of genome-based ssr markers in chickpea (Cicer arietinum lL.) and investigation of transferability to near-relative species
- Tez No: 612173
- Danışmanlar: PROF. DR. CENGİZ TOKER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Ziraat, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 122
Özet
Önemli agronomik karakterleri kontrol eden gen veya QTL'lerin belirlenebilmesi ve harita konumlarının tespit edilebilmesi için yüksek çözünürlükte genotipleme oldukça önemlidir. Dolayısıyla, uygun maliyetli, kullanımı kolay analizler için geliştirilen etkili Simple Sequence Repeats (SSR) markerler var olan linkaj haritaların iyileştirilmesine katkı sağlamaktadır. Bu çalışmada Cicer arietinum L. CA 2969 ve Cicer reticulatum Ladiz. AWC 602 türlerinin genomik verileri tüm genom-yeniden sekanslama (WGRS) ile elde edilmiştir. İki genomdan toplam 1650 In/Del bölgesi belirlenmiştir. Tekrarlı bölgeler üzerinde belirlenen In/Del bölgeleri iki genom arasında karşılaştırılarak polimorfik olduğu gözlenen toplam 133 SSR bölgesi belirlenmiştir. Bunların içinden seçilen 58 SSR için primer sentezi yapılmıştır. Başarılı şekilde amplifiye olan 40 marker, 4'ü kabuli ve 4'ü desi tipte olmak üzere 8 adet C. arietinum, 8 adet C. reticulatum, 8 adet C. echinospermum P.H. Davis ve C. anatolicum Alef., C. canariense A.Santos & G.P.Lewis, C. microphyllum Benth., C. multijugum Maesen, C. oxyodon Boiss. & Hohen. ve C. songaricum DC.'a ait 6 adet uzak akraba yabani türlerden oluşan toplam 30 genotipte analiz edilerek genetik çeşitlilik değerleri hesaplanmıştır. Analiz sonuçlarına göre markerler ortalama allel sayısı Na: 2.360 olmak üzere toplam 374 allel meydana getirmiştir. Gözlenen (Ho) ve beklenen (He) heterozigotluk değerleri sırasıyla 0.080 ve 0.345 olarak belirlenmiştir. Polimorfik bilgi içeriği (PIC) ortalaması 0.731 olarak hesaplanmıştır. Temel bileşenler analizi (PCA) kültür ve yabani genotipleri beklenen şekilde ayrı gruplarda toplamıştır. Aynı zamanda, çalışma kapsamında geliştirilen markerlerin C. arietinum (♀) × C. reticulatum (♂) melezlerinden elde edilmiş F6 aşamasına gelmiş rekombinant kendilenmiş hatlarda kullanılabilirliği test edilmiştir. Ki-kare (χ2) analizine göre SSR20 dışındaki tüm markerlerda beklenen Mendel kalıtımıyla örtüşen 1:1 oranı gözlenmiştir. Araştırma sonuçlarına göre geliştirilen markerlerin nohutun diğer yabani akrabalarında etkin olarak çalışması bunların karşılaştırmalı genomik çalışmalarında ve yabani türlerdeki gen aktarılabilirliği ve evrimsel analizlerinde kullanılabilir olduğunu göstermektedir. İlaveten, bu markerler ileride yapılacak marker destekli ıslah çalışmalarına katkı sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Construction of a high-resolution genotyping assays is considerably important in order to identify and map useful genes or QTLs controlling important agronomic traits. In the perspective of excellent genetic attributes of SSR (Simple Sequence Repeats) markers with the basic requirement of a simple, cost-effective agarose gel-based assay for their efficient genotyping applications, to enhance the resolution of the existing genetic linkage map is always desirable. In the present study, the genome data belonging Cicer arietinum L. CA 2969 and Cicer reticulatum Ladiz. was obtained by using whole genome re-sequencing (WGRS). Totally, 1650 In/Dels were obtained from all genome reads. When the In/Del regions are compared among two genomes, 133 polymorphic SSR regions were identified and 58 primer sets were successfully designed. We tested primer sets for measures of genetic diversity in 30 genotypes including eight accesions of C. arietinum (four kabuli types and four kabuli types), eight accessions of C. reticulatum, eight accessions of C. echinospermum P.H. Davis and six accesions of C. anatolicum Alef., C. canariense A.Santos & G.P.Lewis, C. microphyllum Benth., C. multijugum Maesen, C. oxyodon Boiss. & Hohen. and C. songaricum DC. The studied SSRs revealed a total of 374 alleles with an average of 2.360 alleles with mean values of observed heterozygosity (Ho: 0.080), expected heterozygosity (He: 0.345) and polymorphism information content (PIC: 0.731). Principal component analysis (PCA) revealed clearly four groups in the analyzed accessions. The SSR markers developed in this study were also tested in 30 genotypes of F6 population derived from an interspecific cross between C. arietinum (♀) × C. reticulatum (♂). According to chi-square (χ2) analysis, an expected 1:1 segregation ratio was observed in all markers except for SSR20. The results of this study will provide essential information for further studies in comparative genomic studies and gene introgressions and evolutionary analyses in wild species. Also, these markers can be useful for the marker assisted breeding research in chickpea.
Benzer Tezler
- Antraknoza dayanıklılık genlerine bağlı moleküler markırların Türkiye nohut (Cicer arietinum L. ) genotiplerinde test edilmesi
Screening of Turkish chickpea (Cicer arietinum L.) Genotypes for ascochyta blight resistance using molecular markers
HASİBE CİNGİLLİ
Doktora
Türkçe
2003
KimyaGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDÜLKADİR AKÇİN
- Nohutta (Cicer arietinum L.) antraknoza (Ascochyta rabiei) dayanıklılığı kontrol eden genler ile ilgili DNA markörlerinin nohut genomunda haritalanması
Mapping of dna markers controlling resistance gene to anthracnose (Ascochyta rabiei) in chickpea (Cicer arietinum L.) genome
ARZU YILDIRIM
Doktora
Türkçe
2007
BiyoteknolojiEge ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAHATTİN TANYOLAÇ
- Cicer bijugum ve Cicer pinnatifidum türlerinde kloroplast genom dizilerinin karşılaştırmalı biyoinformatik analizi
Comparative bioinformatic analysis of chloroplast genome sequences in Cicer bijugum and Cicer pinnatifidum species
MELİH MUSTAFA TEMEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
- Optimization of selection conditions and agrobacterium mediated transformation of chickpea (Cicer arietinum L. cv. Gökçe)
Nohutta (Cicer arietinum L. cv. Gökçe) seçme koşulları ve agrobakteriye dayalı transformasyonun optimizasyonu
TUFAN ÖZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2005
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
PROF.DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
Y.DOÇ.DR. FÜSUN EYİDOĞAN
- Nohutta (Cicer arietinum L.) hümik asit ve potasyum uygulamasının verim ve verim öğelerine etkisi
The effect of humic acid and potassium applications on the yield and yield components in chickpea (Cicer arietinum L.)
EMRAH DÖNDER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YEŞİM TOĞAY