İdiyopatik pulmoner fibrozis tanılı hastalarda MUC5B ve tert genleri varyantlarının incelenmesi
Analysis of MUC5B and tert gene variants in patients with idiopathic pulmonary fibrosis
- Tez No: 616583
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİYE CANDAN ÖĞÜŞ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Göğüs Hastalıkları, Genetics, Chest Diseases
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Göğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 143
Özet
Amaç: İdiyopatik pulmoner fibrozis (İPF), etyopatogenezi tam olarak aydınlatılamamış, hastalık gelişiminde genetik ve çevresel faktörlerin birlikte rol aldığı düşünülen bir hastalıktır. Çalışmamızda İPF'li olgularda MUC5B ve TERT allellerinin dağılım özellikleri, hastalık üzerindeki tek tek ve birlikte oluşturdukları etkileri, hastalığın fenotipik ve klinik özellikleri arasındaki ilişkinin belirlenmesini amaçladık. Yöntem: Bu çalışma, Kasım 2018 ile Ekim 2019 tarihleri arasında hastaneye başvuran İPF hastaları ve sağlıklı kontrol grubu üzerinde gerçekleştirildi. 2018 ATS/ERS/JRS/ALAT Klinik Uygulama Kılavuzu'na uygun olarak İPF tanı kriterlerini karşılayan, multidisipliner konseylerle tanı konulmuş İPF hastaları olgu grubuna dahil edildi. İAH için bilinen nedeni ve İPF dışında klinik olarak önemli hastalığı olan hastalar çalışma dışı bırakıldı. Kontrol grubu ise kendisinde ve ailesinde İPF tanısı olmayan, ayrıca bilinen bir malignite ve akciğer hastalığı, solunumsal yakınması olmayan bireylerden oluşturuldu. Olguların demografik, klinik, fizyolojik, radyolojik ve patolojik verileri muayene sırasında veya hastane elektronik veri kayıt sisteminden elde edildi. UİP radyolojik sınıflaması 2018 yılında yayınlanan ATS/ERS/JRS/ALAT Klinik Uygulama Kılavuzu'na göre yapıldı. Olguların periferik kan örneklerinden silika kolon yöntemi (Exgene Blood SV Mini, GeneAll, Korea) ile genomik DNA eldesi gerçekleştirildi. DNA konsantrasyonu spektrofotometrik olarak incelendi. TERT (NC_000005.10: g.1286401C>A, NM_198253.2: c.1574-3777G>T, rs2736100) ve MUC5B (NM_002458.2: c.-3133G>T, rs35705950) hedef varyant bölgeleri PCR yöntemiyle çoğaltıldı (LightSNiP Assay, TIB MOLBIOL, Germany). Allellere özgül floresan probların erime eğrisi (melting curve) analizi ile haplotip değerlendirmesi gerçekleştirildi. Kantitatif PCR analizleri LightCycler 480 II (Roche) cihazı ve LightCycler480 SW1.5 (Roche) programı ile gerçekleştirildi. Bulgular: Çalışmaya 82'si (%84,5) erkek, 15'i (%15,5) kadın olmak üzere 97 İPF hastası; 68'i (%80) erkek, 17'si (%20) kadın olmak üzere 85 sağlıklı toplam 182 olgu alındı. İPF hastalarının yaş ortalaması 67,6±8,6, kontrol grubunun ise 67,5±6,1 idi. Çalışmamızda İPF hastalarının %5,2'si ailesel, %94,8'i sporadik idi. İPF hastalarının %30,9'u A risk alleli taşımazken, %69,1'inin en az bir risk alleli taşıdığı gözlendi. Kontrol grubunun ise %35,3'ü A risk alleli taşımazken %64,7'si en az bir risk alleli taşımaktaydı. İPF olgularında, kontrol grubuna göre A allel frekansının hafif artmış olduğu gözlense de istatistiksel olarak anlamlı değildi. Çalışmamızda literatürle uyumlu olarak MUC5B rs35705950 varyantı ile İPF duyarlılığı arasında anlamlı bir ilişki bulundu. GG genotipine sahip bireylerle karşılaştırıldığında; bir risk alleli taşıyan olgularda (GT) hasta olma riskinin 7 kat (OR 7, 95 % CI 3.316-14.775, p
Özet (Çeviri)
Background: Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is a disease whose etiopathogenesis is not fully elucidated and it is thought that genetic and environmental factors play a role in the development of the disease. In our study, we aimed to determine the distribution characteristics of MUC5B and TERT alleles, their effects on the disease individually and together, and the relationship between the phenotypic and clinical characteristics of the patients with IPF. Methods: This study was performed on IPF patients and healthy control group admitted to the hospital between November 2018 and October 2019. IPF patients diagnosed with multidisciplinary councils meeting IPF diagnostic criteria in accordance with the 2018 ATS / ERS / JRS / ALAT Clinical Practice Guidelines were included in the case group. Patients with known cause of ILD and clinically significant disease other than IPF were excluded from the study. The control group consisted of individuals with no known malignancy, pulmonary disease and respiratory complaints without a diagnosis of IPF in the patient and his / her family. Demographic, clinical, physiological, radiological and pathological data of the cases were obtained during the examination or from the hospital electronic data recording system. Radiological classification of UIP was performed according to ATS / ERS / JRS / ALAT Clinical Practice Guide published in 2018. Genomic DNA was obtained from the peripheral blood samples by silica column method (Exgene Blood SV Mini, GeneAll, Korea). TERT (NC_000005.10: g.1286401C>A, NM_198253.2: c.1574-3777G>T, rs2736100) and MUC5B (NM_002458.2: c.-3133G>T, rs35705950) target variant regions were amplified by PCR method. Haplotype evaluation was performed by melt curve analysis of alleles-specific fluorescent probes. Quantitative PCR analysis was performed with LightCycler 480 II (Roche) instrument and LightCycler480 SW1.5 (Roche) program. Results: A total of 182 patients, 97 IPF patients and 85 control groups, were included in the study. 82 (84.5%) of the IPF patients were male and 15 (15.5%) were female. In the control group, 68 (80%) were male and 17 (20%) were female. The mean age of IPF patients was 67.6 ± 8.6 years and the control group was 67.5 ± 6.1 years. In our study, 5.2% of IPF patients were familial and 94.8% were sporadic. While 30.9% of IPF patients do not carry A risk allele, 69.1% were observed to have at least one risk allele. Whereas 35.3% of the control group did not carry A risk allele, 64.7% carried at least one risk allele. Although the A allele frequency was slightly increased in IPF cases compared to the control group, it was not statistically significant. In our study, a significant relationship was found between the MUC5B rs35705950 variant and IPF sensitivity in accordance with the literature. Compared to individuals with GG genotype; It was found that the risk of being ill was 7 times in patients carrying one risk allele and 10.5 times higher in patients carrying two risk alleles depending on the risk allele dose (respectively OR 7, 95 % CI 3.316-14.775, p
Benzer Tezler
- İdiyopatik pulmoner fibroziste genetik değişikler, budeğişikliklerin yaşam süresi ve hastalık prognozuna etkisinindeğerlendirilmesi
Genetic variations in idiopathic pulmonary fibrosis and theirimpact on life expectancy and disease prognosis
MELİHA HASTEKKEŞİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Göğüs HastalıklarıErciyes ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İNCİ GÜLMEZ
- İdiyopatik pulmoner fibrozis tanılı hastalarda sarkopeni birlikteliğinin yaşam kalitesi ve hastalık progresyonu ile ilişkisi
Association of sarcopenia with quality of life and progression of disease in patients with idiopathic pulmonary fibrosis
NERGİZ AYAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Göğüs HastalıklarıMersin ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SİBEL NAYCI
- İdiyopatik pulmoner fibrozis tanılı hastalarda akciğer kanseri geliştirme risk faktörleri: Retrospektif gözlemsel çalışma
Lung cancer development risk factors in patients with idiopathic pulmonary fibrosis: A retrospective observational study
NAZLI DENİZ ATİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Göğüs HastalıklarıEge ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESRİN MOĞULKOÇ BISHOP
- İdiopatik pulmoner fibrozis tanılı olgularda akciğer kanseri gelişme sıklığının ve bunu etkileyen faktörlerin belirlenmesi
İdiopatik pulmoner fibrozis tanili olgularda akciğer kanseri gelişme sikliğinin ve bunu etkileyen faktörlerin belirlenmesi
FATMA NUR KAZANKAYA ÖZTAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Göğüs HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERNA KÖMÜRCÜOĞLU
- Serum amiloid a'nın idiyopatik pulmoner fibrozis tanılı hastalarda tanısal ve prognostik değeri
Diagnostic and prognostic value of serum amiloid a in patients with idiopatic pulmonary fibrosis
SELMA YALÇIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Göğüs HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELİKE BAĞNU YÜCEEGE