Farklı illerden toplanan eurygaster maura popülasyonlarındaki genetik varyasyonun belirlenmesi
Determination of genetic variation of among different populations of eurygaster maura in turkey
- Tez No: 619111
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURPER GÜZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Ziraat, Genetics, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 72
Özet
Buğday insanlar için önemli bir gıda kaynağıdır. Eurygaster maura buğdayın en önemli ve ana zararlılarından biridir. Türkiye'nin 15 farklı bölgesinden E. maura popülasyonları arasındaki genetik varyasyonu belirlemek ve göç haritalarını çıkarmak amacıyla DNA barkodlama yöntemi ile mitokondriyal sitokrom oksidaz I (COI) dizi analizleri yapılmıştır. Elde edilen diziler hizalama ve veri analizleri Codoncode Aligner 3.5.6 programı kullanılarak gözle hizalanmıştır. Her bir gen bölgesi için popülasyon içi ve popülasyonlar arası çoklu nükleotid dizi hizalamaları yapılmıştır. Eşit olmayan diziler için FR_consesus.py yazılım programı kullanılarak konsensüs dizi elde edilmiştir. Konsensüs dizilerinin hizalanmasında ise Mega X programından yararlanılmıştır. Popülasyonlar arasındaki genetik farklılaşma düzeyinin belirlenebilmesi amacıyla ikili Fst indekslerinden yararlanılmıştır. Toplam 219 farklı örneğin analiz edildiği tez kapsamında genetik uzaklık değerleri incelendiğinde; Yozgat popülasyonları ve Karaman popülasyonları arasında %11.462 oranında genetik farklılaşma düzeyi belirlenmiştir. Karaman popülasyonlarının Uşak, Aksaray, Eskişehir, Balıkesir popülasyonları arasında genetik farklılaşma seviyelerinde anlamlı bir fark bulunamamıştır. Haplotipler arasındaki filogenetik ilişkiyi bulmak için Bayesian analizine dayalı yöntem kullanılmıştır. Dış grup olarak Eurygaster amerinda ile inşa edilen ağaç sonuçlarına göre haplotiplerin birbirleriyle akraba türler oldukları saptanmıştır. E. maura popülasyonlarında gen akışı ve popülasyonların nasıl yayıldığına ilişkin bilgi sunduğumuz çalışmada aynı zamanda elde edilen veriler ile gen bankasında biyoinformatik alt yapıya katkı sağlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Wheat is an important food source for humans. Eurygaster maura is one of the most important pests of wheat. In order to determine genetic variation and migration patterns of E. maura populations collected from 15 different regions of Turkey mitochondrial cytochrome oxidase I (COI) sequences were analyzed using DNA barcoding method. The obtained sequences were manually aligned and data were analyzed using Codoncode Aligner 3.5.6 program. Inter- and intra-population multiple nucleotide sequence alignment was performed for each gene region. The consensus sequence for unaligned sequences was generated using the FR_consensus.py software. The Mega X program was used to align consensus sequences. Binary Fst indices were used in order to determine the level of genetic differentiation between populations. A total of 219 different samples were analyzed in this thesis. The genetic differentiation level was determined as 11.462% between Yozgat and Karaman populations. No significant difference in genetic variation levels between the Uşak, Aksaray, Eskişehir, Balıkesir populations and Karaman populations. Bayesian analysis method was used to determine the phylogenetic relationship among haplotypyes. Eurygaster amerinda was used as an outer group in phylogenetic tree. According to the phylogenetic analysis results haplotypes were found to be related with each other. Data about gene flow and dispersal of E. maura populations were presented. It is assumed that the obtained data will provide sequence data to GenBank.
Benzer Tezler
- Farklı illerden toplanan bakla (Vicia faba L.) popülasyonlarının Bilecik koşullarına adaptasyonlarının belirlenmesi
Determining of adaptations of faba bean (Vicia faba L.) populations collected from different provinces to Bilecik conditions
MELİKE KÖSE
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatSakarya Uygulamalı Bilimler ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA YILMAZ
- Farklı illerden toplanan yerel fasulye (phaseolus vulgaris l.) popülasyonlarının bazı fizyolojik, morfolojik, agronomik ve teknolojik özellikler yönünden karakterizasyonu
Characterization in terms of some physiological, morphological, agronomical and technological properties of local bean (Phaseolus vulgaris L.) populations collected from different provinces
AYKUT ŞENER
Doktora
Türkçe
2021
ZiraatIsparta Uygulamalı Bilimler ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHARREM KAYA
- Farklı illerden toplanan yerel bakla popülasyonlarının tanımlanması ve seleksiyonu
Identification and selection of the local population of broad bean collected from different cities
CEYHAN DÜZGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET GÖKKUŞ
- Farklı illerden toplanan ekşi hamur örneklerinden Saccharomyces cerevisiae suşlarının izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve popülasyon analizleri
Isolation, molecular characterization and population analysis of Saccharomyces cerevisiae strains from sourdough samples collected from different province
NİLGÜN KOÇAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Gıda MühendisliğiAksaray ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ARDIÇ
- Farklı illerden toplanan su örneklerinde nıs inhibitörü olan perklorik asit düzeylerinin araştırılması
Determination of nis i̇nhibitor perchlorate levels in water samples taken from different cities
YİĞİT ERDEMGİL
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyokimyaAcıbadem ÜniversitesiBiyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM ÜNSAL