Geri Dön

Farklı kaynaklardan izole edilen CTX-M-15 üreten escherichia coli izolatlarının plazmid replikon tipleri varlığı yönünden incelenmesi

Investigation of the presence of plasmid replicone types among CTX-M-15 producing escherichia coli isolates from different sources

PDF İndir

  1. Tez No: 627314
  2. Yazar: ÇAĞLA AZİZOĞLU
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. CEMİL KÜREKCİ, DR. ÖZLEM ÜNALDI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 55

Özet

Genişlemiş spektrumlu β-laktamaz (GSBL) üreten Escherichia coli'ler son yıllarda klinik örneklerden artan oranda izole edilmektedir. Hayvansal kaynaklı gıdaların ve su kaynaklarının GSBL üreten E. coli ile kontamine olmasından dolayı bu kaynakların insan enfeksiyonları için bir rezervuar olabileceği bildirilmiştir. Bu tez çalışmasında, 41 adet CTX-M-15 pozitif ve epidemiyolojik yönden ilişkisiz E. coli izolatının barındırdıkları plazmid replikon tiplerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile araştırılmıştır. Buna ilaveten, tüm izolatların fenotipik fosfomisin direnç varlığı ve fosfomisin direncinden sorumlu plazmid aracılı fosA3 geninin varlığı araştırılmıştır. İzolatlar Türkiye'de daha önceki yıllarda yapılan çalışmalarda farklı kaynaklardan [tavuk eti ve çiğ süt, sürk peyniri, atık su (arıtma ve Asi Irmağı)] izole ve karakterize edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen insan klinik (n=8) izolatları ise; blaCTX-M-15 varlığı, klonal ilişkileri ve antimikrobiyal direnç profilleri yönünden bu çalışmada karakterize edilmişlerdir. Çalışmanın sonucunda, hiçbir izolatta fenotipik fosfomisin direncine ve fosA3 geninin varlığına rastlanılmamıştır. İncelenen 30 adet replikon tipi içerisinde toplamda 12 replikon tipinin (FIA, FIB, FIBKN, FII, X1, A/C, U, N, HI2, I2, I1α ve I1γ) varlığına rastlanılmıştır. Bulunan replikon tipleri arasında FIA, FIB, FIB KN ve FII'nın varlığı kaynaklar arasında istatistiksel olarak anlamlı oranda farklılık göstermiştir. FII replikon tipi toplamda 22 izolatta rastlanılmış olup, su ve tavuk eti izolatlarında diğer izolatlara göre istatistiksel olarak anlamlı oranda (P˂0,05) daha yaygın olduğu tespit edilmiştir. FIB replikon tipine tavuk eti, su ve klinik örneklerden soyutlanan izolatların %36.6'sında rastlanılmış olup çiğ süt ve peynir örneklerinden elde edilen izolatlarda rastlanılmamıştır. Benzer olarak, FIA replikon tipine su ve klinik örneklere ait izolatların %29.2'sinde rastlanılmış olup, diğer izolatlarda varlığına rastlanılmamıştır. Ancak, bu sonuçlardan farklı olarak, FIB KN replikon tipine sadece çiğ süt (n=6) ve Sürk peynirine ait izolatlarda (n=4) rastlanılmıştır (P=0,001). Sonuç olarak, incelenen izolatların çoğunda birden fazla replikon tipinin var olduğu ve kaynaklar arasında replikon tiplerinin istatistiksel olarak farklı olduğu ortaya koyulmuştur.

Özet (Çeviri)

Recently, extended spectrum β-lactamase (ESBL) producing Escherichia coli has been frequently reported from human clinical samples. Foods of animal origin and water sources are found to be contaminated with this bacteria and is thefore recognised as possible reservuar. In this thesis, a total of 41 CTX-M-15 positive and epidemologically unrelated E. coli isolates were examined for the presence of plasmid replicon types by polymerase chain reaction (PCR). In addition, all the isolates were screened for the presence of phenotypic fosfomycin resistance and the plasmid-mediated fosA3 gene. The isolates included in the current study were obtained from various sources [chicken meat and raw milk, Sürk cheese, waste water (wwtp and Asi River)] and were already characterized. Human clinical isolates (n=8) were characterized for the presence of blaCTX-M-15 gene, clonal relationships and antimicrobial resistance profiles in this study. As a result, none of the isolate were found to be resistant to fosfomycin and FosA3 gene was not found in any isolate. Among the 30 replicon types examined, a total of 12 replicon types (FIA, FIB, FIBKN, FII, X1, A / C, U, N, HI2, I2, I1α and I1y) were found. The presence of FIA, FIB, FIB KN and FII among the replicon types found showed a statistically significant difference between the sources. FII replicon type was found in 22 isolates in total, and it was found that water and chicken meat isolates were statistically significantly more common (P˂0.05) than other isolates. FIB replicon type was found in %36.6 of the isolates from chicken meat, water and clinical samples, but not in isolates from raw milk and cheese samples. Similarly, the FIA replicon type was found in %29.2 of the isolates of water and clinical samples, and its presence was not found in any other isolates. However, unlike these results, FIB KN replicon type was found only in raw milk (n = 6) and Surk cheese isolates (n=4) (P = 0.001). To sum up, the majority of isolates harbored more than one replicon types and replicon types differed statistically amonst the source of isolates.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    346659

    Çoklu dirençli Escherıchıa colı izolatlarında CTX-M, SHV ve TEM tiplerindeki beta-laktamaz direnç genlerinin moleküler yöntemlerle saptanması

    Molecular detection of CTX-M, SHV and TEM types of betalactamase resistance genes in multiple resistant Escherichia coli isolates

    MÜNEVVER GÜNAYDIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EMEL BANU BÜYÜKÜNAL BAL

  2. Tez No

    968657

    Investigation of the antibacterial and antibiofilm activity of Hypericum perforatum L. extract on bacteria isolated from used cosmetic tools

    Kullanılmış kozmetik aletlerden izole edilen bakteriler üzerinde Hypericum perforatum L. ekstraktının antibakteriyel ve antibiyofilm aktivitesinin araştırılması

    KHULOUD ALI ALARABI ALJABU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAltınbaş Üniversitesi

    Biyomedikal Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ İPEK ADA ALVER

  3. Tez No

    242476

    Farklı kaynaklardan izole edilen listeria türlerinin moleküler epidemiyolojisi

    Molecular epidemiology of listeria spp. isolated from different sources

    SEÇİL ABAY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Veteriner HekimliğiErciyes Üniversitesi

    Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FUAT AYDIN

  4. Tez No

    533938

    Farklı kaynaklardan izole edilen laktik asit bakterilerinin antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi

    Determination of antimicrobial effects of lactic acid bacteria i̇solated from different sources

    ELİF ÖZTÜRK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    MikrobiyolojiManisa Celal Bayar Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH KALYONCU

  5. Tez No

    534496

    Farklı kaynaklardan izole edilen pigment üreten bakterilerin tanılanması ve tekstil endüstrisinde boyar madde olarak kullanılması

    Identification of pigment producing bacteria isolated from different sources and use as dyestuff in textile industry

    MERVE ŞİMŞEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyoteknolojiErzurum Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ARZU GÖRMEZ

    DR. ÖĞR. ÜYESİ DERYA EFE

Geri Dön