Albicans dışı candida türlerinin isimlendirilmesinde iki farklı MALDI-TOF MS yönteminin karşılaştırılması
Comparative evaluation of the maldi biotyper and vitek MS matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry systems for identification of non-albicans candida
- Tez No: 628080
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BANU BAYRAKTAR
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: İstanbul Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 83
Özet
Amaç: İnvaziv mantar enfeksiyonlarında, etkenin hızlı ve doğru bir şekilde tanımlanıp uygun antifungal tedaviye erken başlanması kritik öneme sahiptir. Bu çalışmada, albicans dışı Candida türleri ve nadir maya türlerinin hızlı tanımlanmasında iki MALDI-TOF MS sisteminin karşılaştırılması amaçlanmaktadır. Ayrıca BD Phoenix sisteminin performansı değerlendirildi. Gereç ve Yöntemler: Çalışmada 23 maya türünü içeren 157 maya izolatı, MALDI Biotyper (Bruker Daltonics), VITEK MS (bioMérieux) ve BD Phoenix otomatize sistemi (Becton Dickinson) ile tanımlandı. İzolatlar için, iki MALDI-TOF MS sistemi ile (kabul edilebilir güven değerleri ve skorlarında) aynı isimlendirme sonuçları alınması doğru tanımlama olarak kabul edildi. Tanımlanamayan izolatlarda ve iki MALDI-TOF MS sisteminden alınan uyumsuz sonuçlarda ITS dizi analizi gerçekleştirildi. Bulgular: MALDI Biotyper ile 155 (%98.7) izolat tanımlandı, iki (%1.3) izolat tanımlanamadı. VITEK MS ile 153 (%97.5) izolat tanımlandı, dört izolat (%2.5) tanımlanamadı. İki MALDI-TOF MS sistemi ile tanımlanan mayalar arasında 152 uyumlu ve beş uyumsuz sonuç alındı. Uyumsuz izolatlar ITS dizi analizi ile doğrulandı. VITEK MS sisteminin ITS dizi analizi sonrası Meyerozyma caribbica izolatını yanlış olarak tanımladığı saptandı ve böylece VITEK MS IVD ile doğru tanımlanmış izolat sayısı 152 (%96.8) oldu. BD Phoenix sistemi ile nihai tür tanımına göre; 126 (%80.3) izolat doğru, 22 (%14) izolat yanlış olarak tanımlandı ve dokuz (%5.7) izolat da tanımlanamadı. Mayaların tanımlanmasında MALDI Biotyper, VITEK MS ve BD Phoenix'in doğru tanımlama oranları sırasıyla % 98.7, % 96.8 ve % 80.3 olarak bulundu. Sonuç: Her iki MALDI-TOF MS sistemi de klinik maya izolatlarının tanımlanmasında hızlı ve yüksek performans gösterdi. Meyerozyma caribbica, MALDI-TOF MS sistemleri ile ya Candida guillermondii (yakın ilişkili türler) olarak yanlış tanımlandı ya da tanımlanamadı. Her iki MALDI-TOF MS sistemi de, klinik olarak yaygın olmayan maya türlerinin tanımlanmasında konvansiyonel otomatize tanımlama sistemine göre daha üstündür. MALDI-TOF MS sistemleriyle hızlı ve doğru tanımlama yapılarak, uygun tedaviye kısa sürede başlanması klinik başarının artmasına katkı sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Aim: Tailoring appropriate antifungal treatment based on rapid and accurate diagnosis is critically important for invasive and disseminated fungal infections. The present work aims to compare two MALDI-TOF MS systems for the rapid identification of non-albicans Candida and uncommon yeast species. Also the performance of the BD Phoenix system was evaluated. Materials and Methods: This study includes 157 isolates representing 23 yeast species. All isolates were identified by MALDI Biotyper (Bruker Daltonics), VITEK MS (bioMérieux) and BD Phoenix automated system (Becton Dickinson) An isolate was considered correctly identified if two MALDI-TOF MS systems yielded the same results with acceptable confidence values or scores. ITS sequencing was performed on isolates with“no identification”and discordant results by two MALDI-TOF MS systems. Results: MALDI Biotyper identified 155 (98.7%) isolates, two (1.3%) isolates could not be identified. VITEK MS identified 153 (97.5 %) isolates, four (2.5%) isolates could not be identified. Two MALDI-TOF MS systems gave 152 concordant and five discrepant results which were further clarified by ITS sequencing.ITS sequencing revealed that VITEK MS IVD misidentified one Meyerozyma caribbica isolate so correctly identified isolate number dropped to 152 (96.8%). BD Phoenix automated system correctly identified 126 (80.3%) isolates with 22 (14%) misidentifications and nine (5.7%) no-identification. The sensitivities of MALDI Biotyper, VITEK MS and BD Phoenix in the identification of yeasts were 98.7%, 96.8%, and 80.3% respectively. Conclusions: Both of the MALDI-TOF MS performed well in terms of rapid and accurate identification of clinical yeast isolates. Meyerozyma caribbica isolates either identified as Candida guillermondii (closely related species) or not identified at all by MALDI-TOF MS systems. Both of MALDI-TOF MS was superior to a conventional automated identification system for identification of clinically relevant uncommon yeast species and can improve the diagnosis of infection as well as the patient management.
Benzer Tezler
- Klinik örneklerden izole edilen Albicans dışı Candida türlerinin tanımlanmasında konvansiyonel yöntemler, MALDI-TOF-MS ve dizi analizi yöntemlerinin araştırılması
The investigation of MALDI-TOF-MS, sequence analysis and conventional methods for the identification of non-Albicans candida species isolated from clinical samples
AYŞE BARIŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURİ KİRAZ
- Candida parapsilosis kompleks türlerinin etken olduğu kandidemiler: Epidemiyolojisi ve suşların antifungal duyarlılıkları
Candidemias caused by candida parapsilosis complex species: Epidemiology and antifungal susceptibility of strains
ÖZGÜL ÇETİNKAYA
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2020
MikrobiyolojiAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL DİLARA ÖĞÜNÇ
PROF. DR. BETİL ÖZHAK
- Nadir ve yeni güncelleşen candida türlerinin üç farklı yöntemle antifungal duyarlılık profillerinin belirlenmesi ve sonuçlarının CLSI M27 A3 yöntemi ile karşılaştırılması
Detection of antifungal susceptibility profiles of rare and emerging candida species by three different methods and comparison of the results with CLSI M27 A3 method
EMEL ÜZMEZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLGÜN ÇERİKÇİOĞLU
- Kandidemi olgularından izole edilen candida türlerinin virülans faktörlerinin araştırılması
Detection of virulence factors of candida species isolated from patients with candidemia
REMZİYE GÜLÇE GÖKÇE
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. AYŞEGÜL YAĞCI
- Candıda türlerinin tanımlanmasında 26S RDNA dizi analizi temel alınarak 'API ID 32C' ve 'maldı tof ms' yöntemlerinin duyarlılık ve maliyet etkinliklerinin araştırılması
Evaluation of sensitivity and cost effectiveness of 'API id 32C' and 'maldi tof ms' methods on the basis of 26s rdna sequence analysis in identification of candida species
EYLEM TURHAN ÖZCAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLGÜN ÇERİKÇİOĞLU