Geri Dön

Şanlıurfa ili biber yetiştirme alanlarında bulunan fitoplazmaların yabancı ot konukçularının belirlenmesi ve karakterizasyonu

Characterization and determination of weed hosts of phytoplasmas in the pepper growing areas of Şanlıurfa province

  1. Tez No: 633354
  2. Yazar: NESİBE KILIÇ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ERTUĞRUL GÜLDÜR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Harran Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 54

Özet

Türkiye biber üretimi açısından önemli bir yere sahip olan Şanlıurfa ili biber üretim alanlarında fitoplazma etmeni daha önce rapor edilmiştir. Bu çalışma, Şanlıurfa ili biber üretim alanlarındaki fitoplazma hastalığının alternatif yabancı ot konukçularının tespit edilmesi amacıyla yürütülmüştür. Birecik ve Haliliye ilçelerindeki biber üretim alanlarında bulunan, şiddetli kloroz, bir noktada birden fazla sürgün ve cadı süpürgesi oluşumu, sararma ve küçük yaprak oluşumu biçiminde simptom gösteren Semizotu (Portulaca oleracea), Çukurova Fenerotu (Physalis angulata L.), Tarla Sarmaşığı (Convolvulus arvensis L.), Adi Eşek Marulu (Sonchus oleraceus L.), Köpek Üzümü (Solanum nigrum L.), Horoz İbiği (Amaranthus albus L.) ve Domuz Pıtrağı (Xanthium strumarium L.) yabancı otlarından farklı sayılarda toplamda 82 adet örnek toplanmış ve fitoplazmaların saptanması için testlenmiştir. Toplanan örneklerden elde edilen total nükleik asitler R16F1/R16R0 üniversal primer çifti ile Direkt-PCR, R16F2n/R2 primerleri ile Nested-PCR ve RFLP testi yapılarak fitoplazmaların varlığı belirlenmiştir. Simptom gösteren farklı yabancı ot türlerinde toplamda 19 pozitif sonuç elde edilmiş ve toplanan örneklerdeki bulaşıklık oranı % 23.17 olarak bulunmuştur. R16F2n/R2 ürünleri çift yönlü olarak DNA dizilemesine tabi tutulmuş ve Genbank'ta kontrol edilmiştir. Sekans analizi sonuçlarına göre Tarla Sarmaşığı (Convolvulus arvensis L.) ve Semizotu (Portulaca oleracea) örneğinden elde edilen nükleotid dizilimleri Candidatus Phytoplasma solani ile %99, Çukurova Fenerotu (Physalis angulata L.) örneğinden elde edilen nükleotid dizilimi Candidatus Phytoplasma asteris ile %99 benzerlik göstermiştir. Bu fitoplazmalar biber bitkisinde önemli enfeksiyonlar oluşturduğundan bu yabancı otların patojenin ara konukçusu olmasındaki rolü değerlendirilerek fitoplazmaların erken saptanması, fitoplazma hastalıklarının ekonomik açıdan önemli diğer kültür bitkilerine yayılmasının engellenmesinde önem arz etmektedir. Bu çalışma ile Şanlıurfa ili biber üretim alanlarında bulunan Semizotu, Çukurova Fenerotu ve Tarla Sarmaşığı bitkilerinde fitoplazma etmeninin varlığı Türkiye'de ilk kez saptanmıştır.

Özet (Çeviri)

Phytoplasma agent has been reported previously in pepper cultivation areas of Şanlıurfa province, takes an important place in Turkey. This study was carried out to determine the weed hosts of phytoplasma disease in pepper production areas in Sanliurfa province. In total, 82 samples from the weeds such as Semizotu (Portulaca oleracea), Cutleaf groundcherry (Physalis angulata L.), bindweed (Convolvulus arvensis L.), Sow thistle (Sonchus oleraceus L.), Black nightshade (Solanum nigrum L.), Pigweed amaranth (Amaranthus album L.) and Cocklebur (Xanthium strumarium L.) exhibiting symptoms such as severe chlorosis, broom withches in many shoots, small leaf formation etc. were collected. The samples were tested for the possible phytoplasma identification. Total nucleic acid from the samples were tested via direct-PCR with R16F1/R16R0 universal primer pairs and with the nested-PCR with R16F2n/R2 primer pairs for the possible presence of phytoplasmas. A total of 19 positive results were obtained from 82 weed samples and the infestation rate was found to be 23.17% through the collected samples. Nested-PCR products were cut with EcoRI enzyme to confirm the presence of phytoplasma agent, then R16F2n/R2 products were subjected to DNA sequencing and it was checked by BLAST analysis in GenBank. According to BLAST analysis, the nucleotide sequence of phytoplasma from purslane (Portulaca oleracea) and bindweed (Convolvulus arvensis L.), samples were 99% similar to Candidatus Phytoplasma solani, the nucleotide sequence obtained from cutleaf groundcherry (Physalis angulata L.), sample showed 99% similarity with Candidatus phytoplasma asteris. Since these phytoplasmas constitute important infections in pepper plants, the early detection of the disease has prime importance in preventing the spread of phytoplasma diseases to other economically important crop plants. The presence of phytoplasma in purslane, bindweed and cutleaf groundcherry was determined for the first time in Turkey.

Benzer Tezler

  1. Şanlıurfa ili biber alanlarında tütün etch virüsü (TEV)'nün yabancı ot konukçularının saptanması

    The determination of tobacco etch virus (TEV) on weed plants in pepper fields in Şanliurfa

    CEYDA OKUYAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BotanikHarran Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. M. ERTUĞRUL GÜLDÜR

  2. Şanlıurfa ili biber yetiştirilen alanlarda fitoplazmaların moleküler yöntemlerle saptanması ve karakterizasyonu

    Detection and charcterization of phytoplasmas with molecular methods in the fields of pepper in Sanliurfa province

    ZEHRA MEZRELİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatHarran Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET ERTUĞRUL GÜLDÜR

  3. Biber üreticilerinin iyi tarım uygulamaları hakkında farkındalık düzeylerinin belirlenmesi: Şanlıurfa ili örneği

    Determination of awareness levels of pepper producers about good agricultural practices: A case of Sanliurfa

    MÜZEYYEN AKKOYUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatHarran Üniversitesi

    Tarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ REMZİYE ÖZEL

  4. Coğrafi planlama yönünden Şanlıurfa ilinin tarımsal yapısı

    The agricultural structural of province of Şanlıurfa terms of geographical planing

    SEDAT BENEK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    CoğrafyaAnkara Üniversitesi

    Coğrafya Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ALİ ÖZÇAĞLAR

  5. Oğuzeli bölgesinde (Barak Ovası) dolmalık biber ve patlıcan kurusu üretiminde aflatoksin oluşumunun belirlenmesi

    Determination of aflatoxin formation of dried pepper and aubergine production in Oğuzeli Region (Barak Plain)

    MEHMET BOZAN ÇERİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Gıda MühendisliğiHarran Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. HASAN VARDİN