Uzun kodlamayan RNA HIF1A-as2'nin küçük hücreli akciğer kanserinde otofaji ile ilişkili kemoterapötik dirençteki etkinliğinin araştırılması
Investigation of the efficiency of long-noncoding RNA hif1a-AS2 on drugresistance associated with autophagy in small cell lung cancer
- Tez No: 634242
- Danışmanlar: PROF. DR. HASİBE VURAL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: HIF1A-AS2, İlaç direnci, Otofaji, Autophagy, Drug resistance, HIF1A-AS2
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Necmettin Erbakan Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
Küçük hücreli-dışı akciğer kanseri (KHDAK) ve küçük hücreli akciğer kanseri (KHAK) olmak üzere histolojik olarak iki sınıfa ayrılan akciğer kanseri, tüm dünyada kansere bağlı ölümlerin en yaygın sebeplerinden biridir. KHAK; kemoterapötik ajanlara karşı direncin gözlendiği en agresif akciğer kanseri türüdür. İlaç direnci, temel mekanizmaların yanı sıra kodlamayan RNA profili, hipoksi ve otofaji gibi faktörlerle de ilişkilendirilen bir süreçtir. Bu tez çalışmasında hipoksi ile indüklendiği bilinen bir lncRNA olan HIF1A-AS2'nin KHAK hücrelerinde otofaji üzerinden kemoterapötik dirençteki olası etkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Doksorubisine duyarlı H69 ve doksorubisine dirençli H69AR KHAK hücrelerinde HIF1AAS2 ifadesi siRNA yöntemi ile susturulmuştur. Ardından, normoksik ve CoCl2 ile indüklenen hipoksik ortamdaki hücrelerde doksorubisin duyarlılığını belirlemeye yönelik sitotoksisite ve apoptoz analizleri gerçekleştirilmiştir. HIF1A-AS2'nin susturulmasının doksorubisin varlığında ve yokluğunda otofaji üzerine etkisi otofaji analizi ile değerlendirilmiştir. HIF1A-AS2'nin susturulmasının normoksik ve hipoksik ortamda ilaç direnci ve otofaji ile ilişkili genlerin ekspresyon seviyeleri üzerine etkisi qPZR analizi ile belirlenmiş; MRP1, HIF-1α ve Beclin-1 proteinlerinin seviyeleri western blot yöntemi ile analiz edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre; kontrol grupları ile karşılaştırıldığında H69 ve H69AR hücrelerinde HIF1A-AS2'nin susturulması, normoksik ve hipoksik ortamda doksorubisinin IC50 değerlerini azaltmış, doksorubisine bağlı apoptozu artırmıştır. Ayrıca, doksorubisin varlığında ve yokluğunda HIF1A-AS2'nin susturulması normoksik ve hipoksik ortamda otofajinin azalması ile sonuçlanmıştır. qPZR analizi sonuçlarına göre; HIF1A-AS2'nin susturulması, normoksik ve hipoksik ortamda her iki hücre hattında da ilaç duyarlılığını artıracak ve otofajiyi inhibe edecek şekilde çok sayıda genin ekspresyonunu etkilemiştir. Western blot analizi sonuçlarına göre, HIF1A-AS2'nin susturulması ile normoksik ve hipoksik ortamda her iki hücre hattında da HIF-1α ve Beclin-1 proteinlerinin seviyeleri azalmıştır. H69AR hücrelerinde MRP1 protein seviyesinde de azalma tespit edilmiştir. Ayrıca, hipoksik ortam H69 hücrelerinin ilaç duyarlılığını azaltmıştır, HIF1A-AS2'nin susturulması ile hipoksinin bu etkisi baskılanmıştır. H69AR hücrelerinde ise hipoksinin ilaç direncini daha da artırıcı bir etkisi tespit edilmemiştir. Sonuç olarak, KHAK hücrelerinde HIF-1α'yı pozitif yönde düzenlediği ve hipoksi ile indüklendiği belirlenen HIF1A-AS2 lncRNA'nın susturulması, KHAK hücrelerinin ilaç duyarlılığını otofaji ile ilişkili olarak artırmıştır. Dolayısıyla, bu hücrelerde ilaç duyarlılığında hipoksi-HIF1AAS2- otofaji etkileşiminin belirleyici olduğu düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Lung cancer, which is histologically divided into two classes as non-small cell lung cancer (NSCLC) and small cell lung cancer (SCLC), is one of the most common causes of cancer-related deaths in worldwide. SCLC, where resistance against chemotherapeutic agents is observed, is the most aggressive type of lung cancer. Drug resistance is a process associated with factors such as noncoding RNA profile, hypoxia and autophagy as well as basic mechanisms. In this thesis, it is aimed to investigate the possible effect of HIF1A-AS2, a lncRNA known to be induced by hypoxia, on drug resistance associated with autophagy in SCLC cells. The expression of HIF1A-AS2 was silenced by siRNA method in doxorubicin sensitive H69 and doxorubicin resistant H69AR cells. Then, cytotoxicity and apoptosis analyzes were carried out to determine the doxorubicin sensitivity of the cells in the normoxic and CoCl2-induced hypoxic environment. The effect of silencing of HIF1A-AS2 on autophagy in the presence and absence of doxorubicin was evaluated by autophagy analysis. The effect of silencing of HIF1A-AS2 on the expression levels of genes, which are associated with drug resistance and autophagy, in the normoxic and hypoxic environment was determinated by qPCR analysis, the levels of MRP1, HIF-1α and Beclin-1 proteins were analysed by western blot method. According to the results; when compared to control groups, the silencing of HIF1A-AS2 in H69 and H69AR cells decreased IC50 values of doxorubicin and increased doxorubicin-related apoptosis in normoxic and hypoxic environment. In addition, the silencing of HIF1A-AS2 in the presence and absence of doxorubicin resulted in the reduction of autophagy in the normoxic and hypoxic environment. According to the results of qPCR analysis, the silencing of HIF1A-AS2 in normoxic and hypoxic environment has affected the expression of many genes that will increase drug sensitivity and inhibit autophagy in both cell lines. According to results of western blot analysis, the levels of HIF-1α and Beclin-1 proteins decreased in both cell lines in the normoxic and hypoxic environment by silencing of HIF1A-AS2. And, a decrease was also detected in level of MRP1 protein in H69AR cells. In addition, the hypoxic environment reduced drug sensitivity of H69 cells, this effect of hypoxia was suppressed by silencing of HIF1A-AS2. In the H69AR cells, hypoxia did not increase the drug resistance. As a result, the silencing of HIF1A-AS2, which was determined to positively regulate HIF- 1α and was induced by hypoxia in SCLC cells, increased drug sensitivity of cancer cells in relation to autophagy. Therefore, hypoxia-HIF1A-AS2-autophagy interaction is thought to be determinative in drug sensitivity of these cells.
Benzer Tezler
- Küçük hücreli olmayan akciğer kanserinde uzun kodlamayan RNA HIF1A-AS1 'in apoptoz üzerine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of non-long-coding RNA HİF1A-AS1 on apoptosis in NON-small cell lung cancer
SERKAN KAPANCIK
Doktora
Türkçe
2020
BiyokimyaSivas Cumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VEYSEL KENAN ÇELİK
- Hepatosellüler kanserde önemli bir LncRNA olan MIR100HG'nin transkripsiyonel regülasyonu
Transcriptional regulation of MIR100HG, an important LncRNA, in hepatocellular cancer
AYLİN TÜRKOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Moleküler TıpBalıkesir ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERAY KÖÇKAR
- The role of long non-coding RNA DANCR in the DNA damage response
Uzun kodlamayan RNA DANCR'ın DNA hasarına karşı rolü
GÜLİN BARAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyolojiAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiTıp Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRE DENİZ
- Beyin tümörlerinde uzun kodlamayan rna' ların fonksiyonlarının araştırılması
Investigation of long non-coding rnas functions in brain tumours
TUĞÇE BALCI
- Discovering coding lncRNAs using deep learning training dynamics
Derin öğrenme eğitim dinamiklerini kullanarak kodlama lncRNA'larını keşfetme
AFSHAN NABI
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSabancı ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZNUR TAŞTAN OKAN