Beyin tümörlerinde uzun kodlamayan rna' ların fonksiyonlarının araştırılması
Investigation of long non-coding rnas functions in brain tumours
- Tez No: 433137
- Danışmanlar: PROF. DR. CUMHUR GÜNDÜZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Uzun kodlamayan RNA, Beyin tümörü, Beyin tümörü kök hücre, Long non-coding RNA, Brain tumors, Brain tumour stem cell
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 163
Özet
Primer beyin tümörleri, çocukluk çağında görülme sıklığı yüksek olup kansere bağlı ölümler arasında yer almaktadır. Uzun kodlamayan RNA' lar (lncRNA), ncRNA' ların yeni bir sınıfıdır. LncRNA' lar, imprinting, epigenetik regülasyon, apoptoz, hücre döngüsü kontrolü, transkripsiyonel ve translasyonel regülasyon, splicing, hücre gelişimi, farklılaşması ve yaşlanması gibi çeşitli biyolojik rollerle ilişkilendirilmiştir. LncRNA' ların hatalı ifade edilenlerinin kanseri de içeren çeşitli hastalıkların progresyonu ve gelişiminde kritik rol oynadığı düşünülmektedir. Bu çalışmada; uzun kodlamayan RNA ekspresyon değişimlerine bağlı olarak farklı beyin tümörü hücre hatlarının moleküler patogenezindeki rolünün belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda, beyin tümörü hücreleri ve beyin tümörü kök hücre hatlarının; insan lncRNA ve hastalıkla ilişkilendirilmiş insan lncRNA aray plakları ile ekspresyon profilleri belirlenmiştir. Bu amaçla hücre hatlarından U118MG-U87MG; glioblastoma; astrositoma (grade IV), LN18; glioblastoma; glioma (grade IV), Daoy; medullablastom, SW 1088; astrositoma ve insan parental beyin kanseri kök hücresi kullanılmıştır. Kontrol grubu olarak da insan nöronal kök hücre (korteks) ve Normal İnsan Astrosit hücre hatları kullanılmıştır. Total RNA izolasyonu RNeasy Plus Mini Kit ile izole edilmiştir. Reverz transkriptaz prosüdürü LncProfiler cDNA sentez kit kullanılarak cDNA sentezi yapılmıştır. Hastalıkla ilişkilendirilmiş lncRNA ve insan lncRNA ekspresyonları lncRNA ekspresyonları LightCycler ® 480 real-time PCR ile çalışılmıştır. LncRNA genlerinin ekspresyon profilleri kontrol hücreleri ile karşılaştırıldığında anlamlı azalış ya da artış göstermişlerdir. Sonuç olarak; insan lncRNA profilleri ve hastalıkla ilişkilendirilmiş lncRNA aray plakları ile anti-kanser gen ekspresyon değişimleri belirlendi. Bu bulguların tümörogenez sürecinde etkili olabileceği ve beyin tümörü tedavisi için ek bir tedavi protokolü gerçekleştirilebileceğini düşündürmektedir.
Özet (Çeviri)
Primary brain tumors are the leading cause of cancer-related deaths with the high incidence rate in childhood. Long noncoding RNAs (IncRNA) are being described as a new class for ncRNA. lncRNAs are associated with various biological roles such as imprinting, epigenetic regulation, apoptosis, cell cycle control, transcriptional and translational regulation, splicing, cell growth, differentiation, and aging. Aberrant expression of lncRNAs are thought to play a critical role in progression of various diseases and development including cancer. In this study; due to the long non-coding RNA expression changes, difference of brain tumor cell lines was aim to determine the role of the molecular pathogenesis. In this context, the expression profiles with human lncRNA and disease related human lncRNA array plate was determined in brain cancer cells and brain cancer stem cell line. U118MG-U87MG; glioblastoma; astrositoma (grade IV), LN18; glioblastoma; glioma (grade IV), Daoy; medullablastoma, SW 1088; astrositoma and human parental brain cancer stem were used. As a control group; human neural stem cells (cortex) and normal human astrocyte cell lines were used. Total RNA was isolated from the cells RNeasy Plus Mini Kit. Reverse transcription procedure was performed for cDNA synthesis by using LncProfiler cDNA synthesis kit. the expressions of disease related human lncRNA and human lncRNA profiles were studied by LightCycler ® 480 real-time PCR. expression profiles of lncRNA genes showed a significant decrease or increase, compared to the control Cells. As a result, fold changes for anti-cancer gene expressions were detected with human lncRNA and disease-related human lncRNA array plates. Data from our experiments indicate that expression profiles of lncRNA may influence tumorigenesis process and that may be useful for additional treatment protocols of human brain tumors.
Benzer Tezler
- Investigation of the effect of long non-coding RNA MEG3 expression on cancer-related behaviors of cells in glial tumors
Uzun kodlamayan RNA MEG3 ekspresyonunun glial tümörlerde hücrelerin kanserle ilgili davranışlarına etkisinin incelenmesi
ZEHRA DEĞİRMENCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiBahçeşehir ÜniversitesiSağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TİMUÇİN AVŞAR
- Systems biomedicine oriented multi-omics data integration to unveil molecular signatures and repositioned therapeutics in pituitary neuroendocrine tumors
Hipofiz nöroendokrin tümörlerde moleküler işaretçilerin ve yeniden konumlandırılmış terapötiklerin sistem biyotıp odaklı çoklu omik veri entegrasyonu ile araştırılması
BÜŞRA AYDIN
Doktora
İngilizce
2021
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Primer beyin tümörlerinde BCL-2, MEG3 ve NRF2 genlerinin ifade profillerinin araştırılması
Primary brain tumors BCL-2, MEG-3 and NRF2 investigation of gene expression profile
AYSEL ÇÖMERTMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
GenetikErciyes ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUNİS DÜNDAR
- Önemli zeytin (Olea europaea L.) çeşitlerinin izoenzim polimorfizmleri ve genetik özellikleri
Isoenzyme polymorphisms and genetic characteristics of important olive (Olea europaea L.) cultivars and types
SEVDA DÜLGER
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT ŞEKER
- İnsan beyin tümörlerinde, tümör hücresi membranında araşidonik asid düzeylerinin ve tümör dokusunda araşidonik asid metaboliti olan progtaglandin E2 düzeylerinin araştırılması
Prostaglandin E2 levels in human brain tumor tissue and arachidonic acid levels in the plasma membrane of human brain tumors
YEŞİM TÜTER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1997
Biyokimyaİstanbul ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE KÖKOĞLU