The role of long non-coding RNA DANCR in the DNA damage response
Uzun kodlamayan RNA DANCR'ın DNA hasarına karşı rolü
- Tez No: 648101
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRE DENİZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik, Biology, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıp Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 119
Özet
İnsan Genom Projesi'ni takip eden gelişmeler, yeni nesil dizileme teknolojisinin gelişmesiyle birlikte yeni genleri tanımlayarak aydınlattı. Bu, insan genomunun %70'inden daha fazla bir kısmının transkribe olan gen lokusuna sahip olduğunu, fakat bu transkriptlerin sadece %2'sinin moleküler yolda işlevsel olan proteinlere transle olduğunu ortaya çıkardı, Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), 200'den fazla nükleotitten daha uzun olup, kodlamayan transkriptlerin önemli bir bölümünü oluşturur. Araştırmacılar, literatürdeki lncRNA'ların hücresel yolaklar ve çeşitli hastalıklardaki görevleri hakkında eksikliklere odaklanmalarına rağmen, liste tamamlanamayacak kadar büyüktür. Farklılaşmaya Antagonize Protein Kodlamayan RNA (DANCR), çeşitli kanserlerde onko-lncRNA olma potansiyeline sahip bu faktörlerden biridir. Bu özelliğin, DANCR'a proliferasyon, istila ve metastaz yapma yeteneği verdiği bilinmektedir. Bu bulgulardan farklı olarak, araştırmamızda, DANCR'ın DNA hasarına cevap verdiği kanıtlanmıştır. Doksorubisin ile muamele edilmiş insan kolorektal kanseri (HCT116) ve fare embriyo fibroblast (MEF) hücreleri ile yapılmış RNA-seq analizine göre, DANCR ifadesi, DNA hasar sonucunda baskılandı. HCT116 hücrelerinin uzun süreli muamelesi, DANCR ifadesinin değiştirdi. DANCR'ın HCT116 hücrelerinin büyüme davranışını nasıl etkilediğinin yorumlanması amacıyla CRISPR/Cas9 gen düzenleme teknolojisi kullanılarak gen hücrelerden silindi. Silme işleminin genotipleme PZR, qRT-PZR ve Sanger dizileme ile onaylanmasından sonra; DANCR nakavt hücrede proliferasyonun, kolonizasyonun ve göçün yavaşlamasına rağmen, bu hücrelerin doksorubisine karşı ebeven hücreye göre daha dirençli olduğu belirlendi. Bu yüksek lisans çalışması, DANCR'ın kolorektal kanserde DNA hasarı tepkisinin varlığında hücresel süreçteki sorumluluklarını belgelemektedir.
Özet (Çeviri)
The subsequent developments after Human Genome Project brightened new genes by identifying them with the advancement of next generation sequencing technology. This uncovered the truth that human genome has more than 70% transcribed gene locus, but only 2% of these transcripts can be actually translated into proteins being functional in molecular pathways. Long non-coding RNAs (lncRNAs) effectuates an important part of untranslated transcripts owing longer than 200 nucleotides. Although researchers focus on the missing knowledge in the literature about missions of lncRNAs in cellular pathways and various diseases, the list is too large to be completed. Differentiation Antagonizing Non-Protein Coding RNA (DANCR) is one of these gene products having potential to be onco-lncRNA in various cancer. This quality gives DANCR the ability to control proliferation, invasion, and metastasis. As distinct from these findings, it was documented in our research that DANCR gene is DNA damage responsive. According to an RNA-seq analysis from our research group, in doxorubicin treated human colorectal cancer (HCT116) and mouse embryo fibroblast (MEF) cells, DANCR was repressed upon DNA damage. The prolonged treatment of HCT116 cells alternated DANCR expression. For the interpretation of how DANCR influences the growth behavior of HCT116 cells, the gene was deleted with CRISPR/Cas9 gene editing technology. After the confirmation of the deletion with genotyping PCR, qRT-PCR and Sanger sequencing approaches; it was documented that proliferation, colonization and migration were slowed down in the DANCR knock-out cells whereas they were additionally more resistant to doxorubicin compared to parental cells. This Master's thesis study documents for the first time the roles of DANCR in the cellular processes during DNA damage response in colorectal cancer cell line.
Benzer Tezler
- The roles of long noncoding RNA DANCR in cellular biological pathways
Hücresel biyolojik yolaklarda uzun kodlanamayan RNA DANCR'ın rolleri
NURDENİZ NALBANT
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyoteknolojiAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiMoleküler ve Translasyonel Biyotıp Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRE DENİZ
- Suisid düşüncesi olan hastalarda uzun kodlanmayan rna norad düzeyi ve inflamasyonun rolü
The role of long non-coding rna norad level and inflammation in patients with suicide ideations
GİZEM YILMAZ SAYGILI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
PsikiyatriGaziantep ÜniversitesiÇocuk Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET KARADAĞ
- Mesane kanserli hastalarda uzun kodlamayan RNA-ATB ve MiR-200c ekspresyonlarının incelenmesi
Investigation of long non-coding RNA-ATB and MiR-200c expressions in bladder cancer patients
ARİF MURAT KAYTAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Biyokimyaİstanbul ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA DOĞRU ABBASOĞLU
- Beyin tümörlerinde uzun kodlamayan rna' ların fonksiyonlarının araştırılması
Investigation of long non-coding rnas functions in brain tumours
TUĞÇE BALCI
- Multipl miyeloma hastalarında uzun kodlama yapmayan RNA (lncRNA) ifade düzeylerinin incelenmesi
Investigation of experession levels of long non-coding RNA (lncRNA) in multiple myeloma
ELVİN ERÖKSÜZ ÖZDİNÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyomühendislikSüleyman Demirel ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KUYAŞ HEKİMLER ÖZTÜRK