Association of single nucleotide polymorphisms with type 2 diabetes mellitus
Tek nükleotid polimorfizmlerinin tip 2 diyabet ile ilişkilendirilmesi
- Tez No: 636426
- Danışmanlar: PROF. DR. DİLEK BALIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Diyabet Mellitus eski çağlardan beri mücadele edilen bir hastalıktır. Tip 2 Diyabet (T2DM), diyabetik hastaların yaklaşık %90'ında görülen en yaygın diyabet türüdür. Hem genetik hem de çevresel faktörler T2DM'nin gelişiminde rol oynar. Çevre ve gen birbirini etkiler, çünkü genler veya varyasyonlar çevreye nasıl tepki verdiğimizi tanımlar. Bu çalışmada, T2DM ile ilişkili SNP'lerin, genlerin ve metabolik yolakların rolü T2DM'yi etkileyen genetik faktörler bağlamında tartışılmıştır. Bu çalışmanın amacı T2DM ile ilişkili olabilecek bir aday gen önermek ve T2DM ile diğer hastalıkları gen düzeyinde ilişkilendirebilmektir. Bu amaçla, T2DM ile ilişkili tek nükleotid polimorfizm (SNP) havuzu GWAS'tan ve SNP-hastalık ilişkisi ise DisGeNET veritabanlarından elde edilmiştir. SNP verileri tarafımızdan belirlenen seçim kriterlerine göre iki kez azaltılmış ve oluşturulan her veri farklı bir şekilde analiz edilmiştir. Bu verilerden biri, DisGeNET'in gen hastalığı ilişkilendirmeleri seçenekleri aracılığıyla T2DM ve diğer hastalıklar arasında ilişki kurmak için kullanılmıştır. Bu verilerden diğeri ise missense varyantlarından oluşmaktadır. Missense varyantların bulunduğu genlerin farklı kombinasyonlardaki fonksiyonel ilişkileri Pathway.net web-tabanlı interferans ile analiz edildiğinde, CILP-1 (veya CILP) geninin özellikle tüm kombinasyonlarda açıkça yer aldığı görülmüştür. Bu nedenle, CILP-1'i T2DM ile ilişkilendirebilmek için T2DM'deki olası rolü ayrıntılı olarak incelenmiştir. Literatür incelemesi ile, CILP-1'in T2DM ile ilişkili olan TGFβ1 ile etkileşime girdiğini ve aktivitesini inhibe ettiği bilgisine ulaşılmıştır. Veritabanları yoluyla elde edilen bütün genlerin ağ analizleri yapılmış olup bu ağlardaki etkileşimler CILP-1 etrafında şekillendirilmiştir. Etkileşimler, genlerin rol oynadığı metabolik yolak bilgilerine göre incelenmiştir. İkinci bir düşünce olarak, TGFβ-1'in hem T2DM hastalarında insidansı %45 olan diyabetik nöropati (DN) ile hem de multipl skleroz (MS) ile ilişkili olması ve bu hastalıkların sinir sistemine zarar vermelerinden dolayı, T2DM ve MS arasında TGFβ1 ve CILP-1 genleri yoluyla gen aracılı bir ilişki olabileceği varsayılmaktadır.
Özet (Çeviri)
Diabetes Mellitus is a disease that has been struggled since ancient times. Type 2 Diabetes (T2DM) is the most common type of diabetes observed in about 90% of diabetic patients. Both genetic and environmental factors play a role in the development of T2DM. The environment and gene affect each other because genes or variations describe how we react to the environment. In this study, the role of SNPs, genes and metabolic pathways associated with T2DM were discussed within the context of genetic factors that affect T2DM. The aim of this study is to may relate a candidate gene with T2DM and to may relate T2DM with other diseases at the gene level. For this purpose, the pool of single nucleotide polymorphism (SNP) associated with T2DM was constructed from GWAS and SNP-disease association was obtained from DisGeNET databases. SNP data has been filtered twice according to selection criteria specified by us and each formed data has been analyzed in a different manner. First data was used to establish a relationship between T2DM and other diseases via DisGeNET's gene-disease associations options. The second data consisted of missense variants. When the functional relationships of these genes in different combinations were analyzed via Pathway.net web-based interference, the CILP-1 (or CILP) gene was notably present in all combinations. Therefore, to may relate CILP-1 with T2DM, its possible role in T2DM was examined thoroughly. A literature review showed that CILP-1 interacts with T2DM-associated TGFβ-1 and inhibits its activity. The whole genes obtained via databases were analyzed with networks and interactions in these networks were shaped around CILP-1. Interactions were examined according to the metabolic pathway information in which the genes play a role. As a second thought, it is hypothesized that there may be a gene-mediated association between T2DM-induced diabetic neuropathy (DN) and multiple sclerosis (MS) by TGFβ1 and CILP-1 genes due to damage to the nervous system and due to the information of that TGFβ1 has been associated with both DN, which has incidence of 45% in T2DM patients, and MS.
Benzer Tezler
- İki önemli diyabet komplikasyonunun Nrf2 gen polimorfizmleri ile ilişkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of relationship between Nrf2 polymorphisms and two important microvascular complications of diabetes mellitus
AYGÜL ÇELTİK
Doktora
Türkçe
2022
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA ZUHAL EROĞLU
- Tip 2 diabetes mellitus'ta periodontal hastalıkların gelişimi üzerinde HIF-1α, VEGF, TNF-α genlerinin rolü
Role of HİF-1α, VEGF, TNF-α genes on development of periodontal disease in TYPE 2 diabetes mellitus
SELİN KÜÇÜKYURT KAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıHacettepe Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE TOMRİS ERBAŞ
- Tip 2 diabetes mellitus ile CTLA-4 polimorfizmlerinin ilişkisi
Relationship of type 2 diabetes mellitus and CTLA-4 polymorphisms
DİDEM ÖZKAHRAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLÜFER ŞAHİN CALAPOĞLU
- A predictive model for type 2 diabetes mellitus based on genomic and phenotypic risk factors
Tip 2 diyabet için genomik ve fenotipik risk faktörlerine dayalı prediktif bir model
HÜSAMETTİN GÜL
Doktora
İngilizce
2014
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
- Konya bölgesinde tip 2 diabetes mellitus hastalarında TCF7l2 (Transcription factor 7 like-2) gen polimorfizmlerinin taranması ve hastalık ile ilişkilerinin ortaya konulması
Screening of TCF7l2 (transcription factor 7 like-2) gene polymorphisms and its association with disease among type 2 diabetes mellitus patients in konya region
DUDU ERKOÇ KAYA
Doktora
Türkçe
2012
Moleküler TıpSelçuk ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HİLAL ARIKOĞLU