Yapay tükürük içerisinde kuvars kristal mikrodenge sensör ile Escherichia coli bakterisi ATCC 25922 suşunun direkt tespiti
The direct detection of Escherichia coli ATCC 25922 bacteria strain in simulated saliva based on quartz crystal microbalance (QCM) sensor.
- Tez No: 637314
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET ÇAĞRI SOYLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mühendislik Bilimleri, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Biyosensör, QCM, Bakteri Tespiti, Biosensor, QCM, Bacteria Detection
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 88
Özet
YAPAY TÜKÜRÜK İÇERİSİNDE KUVARS KRİSTAL MİKRODENGE SENSÖR İLE ESCHERICHIA COLI BAKTERİSİ ATCC 25922 SUŞUNUN DİREKT TESPİTİ Azzam AL-TAIRI Erciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Yüksek Lisans Tezi, Temmuz 2020 Danışman: Dr. Öğr. Üyesi Mehmet Çağrı SOYLU ÖZET Escherichia coli çoğunlukla patojenik ve toksik olmayan bir bakteri olmasına rağmen, bazı suşları patojenik ve toksik özellikler gösterirler ve bu suşlar ciddi sorunlara neden olmaktadır. Bunun yanı sıra biyolojik bir sıvı olan tükürük non-invaziv olarak önemli avantajlara sahiptir. Özellikle, örnekleme, nakliye ve depolama açısından seruma göre daha ekonomiktir. Ayrıca, küresel bir halk sağlık problemi haline gelen antibiyotik-dirençli bakterilerin tükürükte hızlı tespiti ve sonuca göre tedavi planlaması yapılması mortalite oranını ve test maliyetini ciddi oranda düşürecektir. Bu amaçla tasarlanmış olan tespit sistemi oldukça önem arz etmektedir. Tez çalışmasında, Kuvars Kristal Mikrodenge (QCM) sensörü ile E.coli bakterisinin yapay tükürük içerisinde serolojik tespiti amaçlanmaktadır. E.coli bakterisini direkt tespit etmek için anti-E.coli antikoru kullanılmıştır. Bu antikor E.coli bakterisi ile spesifik bir şekilde bağlanmaktadır. Fakat QCM sensör yüzeyinin kaplama ve bloklama işlemine tabii tutulması gerekmektedır. Kaplama aşamasında, QCM sensörü 11-Mercaptoundecanoic acid (MUA) kaplama solüsyonu içerisinde bir gece inkübe edilmiştir. Daha sonra, MUA üzerindeki karboksilat grubu ve anti-E.coli antikor yüzeyindeki amin grubu ile konjuge edilmesi için EDC/NHS kullanılmıştır. Böylelikle anti-E.coli antikoru sensör yüzeyinde biyoreseptör olarak immobilize edilmiştir. Ancak tükürük numunesinden kaynaklı oluşabilecek spesifik olmayan bağlantıları engellemek için QCM sensör yüzeyi, Büyükbaş Serum Albümini bloklama ajanına maruz bırakılmıştır. Sonra, yapay tükürükteki E.coli bakterisi, farklı konsantrasyonlarda (107, 106,104 ve 102 cfu/mL) 3 tekrarlı olarak uygulanmıştır. Sonuçlar, sistem için en düşük tespit konsantrasyonu olan Tespit Sınırı (Limit of Detection (LOD)) 104 cfu/mL'de bile hassas bir şekilde kaydedilmiştir ve bu yöntemle E.coli bakterisinin tespit edilebildiği gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
THE DIRECT DETECTION OF ESCHERICHIA COLI ATCC 25922 BACTERIA STRAIN IN SIMULATED SALIVA BASED ON QUARTZ CRYSTAL MICROBALANCE (QCM) SENSOR. Azzam AL-TAIRI Erciyes University, Graduate School of Natural and Applied Sciences Master Thesis, July 2020 Supervisor: Assist. Prof. Dr. Mehmet Çağrı SOYLU ABSTRACT Escherichia coli is mostly non-pathogenic and non-toxic bacteria, but some strains show pathogenic and toxic properties, and these strains cause serious problems. Moreover, saliva is a non-invasively procurable biomarker medium which has very important advantages. In particular, saliva is more economical than serum for taking, transportation and storage of samples. In addition, the rapid detection in saliva of antibiotic-resistant bacteria that have become a global public health problem and treatment planning according to the result will significantly reduce mortality rate and test cost. Therefore, designing a system that can rapidly detect a pathogenic bacterium in saliva is very significant. In this study, the serological detection of Escherichia coli (E.coli) bacteria in simulated saliva was investigated by using QCM sensor. In order to detect E.coli bacteria directly, an anti-E.coli antibody was used because it can bind specifically to E.coli bacteria. But firstly, QCM sensor surface needs to be modified, and non-specific binding must be blocked. During the coating phase, the QCM sensor was incubated overnight in 11-Mercaptoundecanoic acid (MUA) coating solution. After that, EDC / NHS were used to conjugate the carboxylate group on the MUA and the amine group on the anti-E.coli antibody surface. So, the anti-E.coli antibody was immobilized on the sensor surface as a bioreceptor. However, the QCM sensor surface was exposed to Bovine Serum Albumin (BSA) blocking agent to prevent non-specific connections that may occur from the saliva sample. Finally, E.coli bacteria in the simulated saliva were given at four different concentrations (107, 106, 104 and 102 CFU/mL) and repeated at least three times. The results showed that E.coli bacteria were detected at the minimum concentration (104 CFU/mL) by this system.
Benzer Tezler
- Kuvars kristal mikroterazi sensör kullanılarak yapay tükürükte Escherichia coli ATCC 25922 bakterisinin sentetik DNA ile genetik tespiti
Genetic detection of Escherichia coli ATCC 25922 bacteria by synthetic DNA in artificial saliva using a quartz crystal microbalance sensor
KÜBRA CERAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyomühendislikErciyes ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET ÇAĞRI SOYLU
- Çocuk diş hekimliğinde kullanılan güncel restoratif materyallerden fluorid salınımı, yeniden yüklenmesi ve antimikrobiyal etkilerinin in vitro olarak incelenmesi
In vitro fluoride release/recharge pattern and antimicrobial effetcs of current restorative materials, used in pediatric dentistry
BELEN ŞİRİNOĞLU ÇAPAN
Doktora
Türkçe
2015
Diş HekimliğiMarmara ÜniversitesiPedodonti Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP HATİCE AKYÜZ
- Paslanmaz çelik braketlerin farklı teller ile yaptığı kombinasyonlarda streptococcus mutans ile korozyon ilişkisinin incelenmesi
Investigation of corrosion relationship with streptococcus mutans in the combination of stainless steel brackets with different wires
SERAP TİTİZ
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2016
Diş HekimliğiEge ÜniversitesiOrtodonti Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYNUR ARAS
PROF. DR. ELİF ESİN HAMEŞ
- Evaluation of Bisphenol-A release from different fissure sealant materials In Vitro
Farklı fissür örtücü materyallerinde Bisfenol-A salınımının In Vitro olarak incelenmesi
GÜLFEM ÇAVUŞOĞLU ÇARPAR
Doktora
İngilizce
2024
Diş HekimliğiYeditepe ÜniversitesiÇocuk Diş Hekimliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİDEM ÖZDEMİR ÖZENEN
- Kitosan modifiye cam iyonomer siman üzerine gastrik asit etkisinin araştırılması
Investigation of gastric acid effect on chitosan modified glass ionomer cement
ARZU SOYGUN
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2019
Diş HekimliğiÇukurova ÜniversitesiPedodonti Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHARREM CEM DOĞAN