Integrative and comparative omic approaches to identify molecular signatures of rheumatoid arthritis
Romatoid artrit hastalığında moleküler işaretçiler belirlemede bütüncül ve karşılaştırmalı omik yaklaşımlar
- Tez No: 641386
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ESRA GÖV
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Adana Alparslan Türkeş Bilim Ve Teknoloji Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 185
Özet
Romatoid artrit (RA) sıklıkla kronik sinovyal inflamasyonun eklem yıkımına, kronik sakatlığa ve yaşam beklentisinin azalmasına neden olduğu görülür. RA'nın patogenezi tam olarak bilinmemektedir. Bu çalışmada, sinovyal doku ve makrofaj hücreleri, kan hücreleri, T hücreleri, 〖CD4〗^+ T hücreleri, 〖CD8〗^+ T hücreleri, doğal öldürücü T (NKT) hücreleri, doğal öldürücü (NK) hücreleri, nötrofiller ve monosit hücreleri dahil olmak üzere çeşitli gen ekspresyon verileri bütüncül bir bakış açısıyla analiz edilerek RA'daki moleküler hedefler ve imzalar belirlendi. Farklı olarak ifade edilen genler (DEG'ler), hastalıklı ve sağlıklı numunelerin karşılaştırılmasıyla her bir veri kümesinden tanımlandı. Daha sonra, RA'ya özgü protein-protein etkileşimi (PPI) ve hub proteinler tanımlandı. Moleküler imzalar, transkripsiyonel düzenleyiciler ve PPI 'in fiziksel etkileşimleri kullanılarak hipergeometrik olasılık yoğunluk fonksiyonunu kullanan bir istatistiksel test yoluyla belirlendi. RA'lı her dokunun raportör metabolitleri, genom ölçekli metabolik ağ ve DEG'ler kullanılarak belirlendi. Ortak hub proteinleri, yeni raportör biyomolekülleri (yani reseptör, transkripsiyon faktörleri ve miRNA'lar), veya daha fazla doku tipindeki metabolitler belirlendi. SOCS2 Cullin ailesi üyeleri CUL1 ve CUL3, HDAC ailesi üyeleri HDAC2, HDAC4, HDAC9, RAS üyeleri KRAS, HRAS ve NRAS, OCS aile üyeleri SOCS1 ve SOCS2, hub protein olarak, AR, FOXP3 ve GATA2, TFs olarak NADP, NADPH, muhabir biyomolekül olarak ADP, piruvat ve Asetil-CoA üyeleri belirlendi. Önemli olarak, miR-155-5p tüm dokularda ortak miRNA' dır. Bulgularımız, RA' nın moleküler mekanizmasinin anlaşılması için çok önemli bir kaynak olabilir ve ilaç hedefleri ve yeni tanı stratejilerinin geliştirilmesi olarak düşünülebilir. İlgili genler ve miRNA'lar deneysel çalışmalarla doğrulanmalıdır.
Özet (Çeviri)
Rheumatoid arthritis (RA) frequently seen chronic synovial inflammation causing joint destruction, chronic disability, and reduced life expectancy. The pathogenesis of RA is not completely known. In this study, several gene expression data including synovial tissue and macrophages cells, blood cells, T cells, 〖CD4〗^+ T cells, 〖CD8〗^+ T cells, natural killer T (NKT) cells, natural killer (NK) cells, neutrophils, and monocyte cells were analyzed with a holistic perspective and the molecular targets and signatures in RA were determined. Differentially expressed genes (DEGs) were identified from each dataset by comparing diseased and healthy samples. Afterward, the RA-specific protein-protein interaction (PPI) and hub proteins were identified. Molecular signatures were determined through a statistical test employing the hypergeometric probability density function by using the physical interactions of transcriptional regulators and PPI. Reporter metabolites of each tissue with RA were determined by using genome-scale metabolic networks and DEGs. It was determined the common hub proteins, novel reporter biomolecules (i.e. receptor, transcription factors, and miRNAs), metabolites in two or more tissue types. It was identified SOCS2 Cullin family members CUL1 and CUL3, HDAC family members HDAC2, HDAC4, HDAC9, RAS members KRAS, HRAS and NRAS, OCS family members SOCS1 and SOCS2, as hub proteins, AR, FOXP3 and GATA2 as TFs, NADP^+ NADPH, ADP, pyruvate, and Acetyl-CoA members as a reporter biomolecule. Importantly, miR-155-5p is common miRNAs in all tissues. Our findings could be a crucial resource for the understanding of RA molecular mechanisms and may be considered as drug targets and development of novel diagnostic strategies. Corresponding genes and miRNAs should be validated via experimental studies.
Benzer Tezler
- Systems biology approaches to identify novel biomarkers for diagnosis, prognosis and therapeutics in ovarian cancer
Yumurtalık kanserinin tanı, prognoz ve tedavisine yönelik yeni biyobelirteçlerin belirlenmesinde system biyolojisi yaklaşımları
ESRA GÖV
Doktora
İngilizce
2017
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Tanzimat Döneminde Trabzon
Trabzon in the Period of Tanzimat
ÖZGÜR YILMAZ
Doktora
Türkçe
2012
TarihKaradeniz Teknik ÜniversitesiTarih Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ALAADDİN YALÇINKAYA
- Nationalist movements and the international system: A comparative study with particular reference to Turkey
Ulusal hareketler ve uluslararası sistem
EMİN GÜRSES
- Seçilmiş bazı kamu ve özel kuruluşlarda karşılaştırmalı bir yönetim modeli uygulaması
A comparative management model practice in selected some public and private institutions
FAZİLET ALBAŞ
- Comparative transcriptome analyses of a standard strain and clavulanic acid overproducing industrial strain of s. Clavuligerus
S. Clavulirus'un standart bir suşu ile klavulanik asiti çok yüksek miktarda üreten bir endüstriyel suş arasında karşılaştırmalı transkriptom analizi
GÖZDE ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON