Characterization of the PATZ1 BTB domain
PATZ1 BTB alanının karakterizasyonu
- Tez No: 642040
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN, PROF. DR. CANAN ATILGAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: BTB alanı, PATZ1 transkripsiyon faktörü, Protein kristalizasyon, Dimerizasyon, Moleküler Dinamikler, BTB domain, PATZ1 transcription factor, Protein Crystallization, Dimerization, Molecular Dynamics
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 169
Özet
BTB bölgesi, iyon kanalları, degradasyon sinyal kompleksleri ve DNA transkripsiyon sistemi dahil olmak üzere çeşitli büyük protein komplekslerinin koordinasyonunda görev alan, çok fonksiyonlu ve korunmuş bir protein etkileşim alanıdır. ZBTB proteinleri bir N-terminal BTB alanına ve ardından değişken sayıda Çinko Parmaklarına sahiptir ve transkripsiyon faktörü olarak çalışır. Hücresel proliferasyon, immün hücre soy farklılaşması ve kanser gelişiminin düzenlenmesinde rol alan 49 insan ZBTB proteininin dizi ve yapı açısında oldukça benzer BTB bölgesi bulunur. Bunların arasında PATZ1 proteininin BTB bölgesinin merkezinde, eşsiz ve işlevi bilinmeyen 31 amino asit uzunluğundaki sekans ile öne çıkmaktadır. PATZ1'in merkezi sarımı memelilerde bulunmaktadır, ancak balıklarda yoktur. Her hücrede ifade edilen PATZ1, çok sayıda kanser türünde rol oynayan ve p53 tümör baskılayıcısına müdahale eden bir transkripsiyon faktörüdür. Bu tez çalışmasında, PATZ1 BTB alanının eşsiz yapısal özelliklerinin belirlenmesi, öncelikle hem fare hem de zebra balıklarında (PDB ID'leri: 6GUV ve 6GUW) bir homodimer olarak kristal yapısının çözümü ile gerçekleştirilmiştir. Merkezi sarım, nükleer co-repressor NCOR1'e bağlanma açısından test edildi. ZBTB'lerin dinamiklere dayalı bir sınıflandırmasını oluşturmak için, yeni protein yapılarının moleküler dinamikleri daha önce bilinen diğer proteinlerle karşılaştırarak incelendi. Son olarak, ZBTB proteinlerini ile BTB dimerizasyon potansiyeli, bağışıklık sistemi hücrelerininin mRNA ifade verileri kullanılarak hesaplamalı olarak araştırıldı.
Özet (Çeviri)
The BTB domain is a conserved, multi-functional protein interaction domain engaged in the coordination of various large protein complexes, including ion channels, degradation signaling complexes and DNA transcription factors. The ZBTB protein family of transcription regulators is characterized by an N-terminal BTB domain followed by a variable number of Zinc Fingers and it is involved in cellular proliferation, immune cell lineage differentiation, and cancer development. Among the 49 human ZBTB proteins, PATZ1 stands out with a unique extra 31-amino acids long sequence in the center of the BTB domain. The central loop of PATZ1 is an intrinsically disordered region (IDR) conserved in mammals but absent in fish and has high binding potential. PATZ1 is a ubiquitous transcription factor that plays a role in numerous cancer types and interferes with the p53 tumor suppressor. In this thesis work, the determination of the unique structural features of the PATZ1 BTB domain was primarily accomplished with the solution of its crystal structure as a homodimer in both mouse and zebrafish (PDB IDs: 6GUV and 6GUW). Although similar in the 3D fold and the dimerization interface to the BCL6 BTB domain, the new crystal structures suggest that the PATZ1 co-repressors binding site contains a divergent sequence. The molecular dynamics of the new protein structures compared to other previously known structures allowed us to classify ZBTBs family members. Finally, the formation of stable BTB heterodimers with selected ZBTB proteins was computationally demonstrated.
Benzer Tezler
- Isolation and characterization of nanobodies that bind the BTB domain of PATZ1 transcription factor
PATZ1 transkripsiyon faktörünün BTB domainine bağlanan nanokorların izolasyonu ve karakterizasyonu
SARAH BARAKAT
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER
- Borlanmış AISI M35 ve AISI M42 çeliklerinin karakterizasyonu ve aşınma davranışlarının incelenmesi
Characterization of the boronized AISI M35 & M42 steels and investigation of the wear behavior
MEHMET KÜÇÜKKURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Metalurji MühendisliğiAfyon Kocatepe ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HALİL AYTEKİN
- Characterization of the potential smoothness of one-dimensional Dirac operator subject to general boundary conditions and its Riesz basis property
Genel sınır koşulları altındaki Dirac operatörünün potansiyelinin türevlenebilirliğinin ve Riesz bazı özelliğinin karakterizasyonu
İLKER ARSLAN
- Kartal Belediyesi sınırları içerisinde oluşan ambalaj atıklarının karakterizasyonu ve ekonomik analizi
Characterization of the packaging waste and economic analysis in Kartal Municipality borderland
LOKMAN GÜVENÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Çevre Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN KURTULUŞ ÖZCAN
- Seçici lazer ergitme yöntemi kullanılarak farklı üretim parametrelerinde üretilen Ti6Al4V alaşımının yapısal ve tribolojik özelliklerinin karakterizasyonu
Characterization of the structural and tribological properties of Ti6Al4V alloy produced in different production parameters using selective laser melting
GÜRKAN KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Makine MühendisliğiErzurum Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİH YILDIZ