Characterization of the PATZ1 BTB domain
PATZ1 BTB alanının karakterizasyonu
- Tez No: 642040
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN, PROF. DR. CANAN ATILGAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: BTB alanı, PATZ1 transkripsiyon faktörü, Protein kristalizasyon, Dimerizasyon, Moleküler Dinamikler, BTB domain, PATZ1 transcription factor, Protein Crystallization, Dimerization, Molecular Dynamics
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 169
Özet
BTB bölgesi, iyon kanalları, degradasyon sinyal kompleksleri ve DNA transkripsiyon sistemi dahil olmak üzere çeşitli büyük protein komplekslerinin koordinasyonunda görev alan, çok fonksiyonlu ve korunmuş bir protein etkileşim alanıdır. ZBTB proteinleri bir N-terminal BTB alanına ve ardından değişken sayıda Çinko Parmaklarına sahiptir ve transkripsiyon faktörü olarak çalışır. Hücresel proliferasyon, immün hücre soy farklılaşması ve kanser gelişiminin düzenlenmesinde rol alan 49 insan ZBTB proteininin dizi ve yapı açısında oldukça benzer BTB bölgesi bulunur. Bunların arasında PATZ1 proteininin BTB bölgesinin merkezinde, eşsiz ve işlevi bilinmeyen 31 amino asit uzunluğundaki sekans ile öne çıkmaktadır. PATZ1'in merkezi sarımı memelilerde bulunmaktadır, ancak balıklarda yoktur. Her hücrede ifade edilen PATZ1, çok sayıda kanser türünde rol oynayan ve p53 tümör baskılayıcısına müdahale eden bir transkripsiyon faktörüdür. Bu tez çalışmasında, PATZ1 BTB alanının eşsiz yapısal özelliklerinin belirlenmesi, öncelikle hem fare hem de zebra balıklarında (PDB ID'leri: 6GUV ve 6GUW) bir homodimer olarak kristal yapısının çözümü ile gerçekleştirilmiştir. Merkezi sarım, nükleer co-repressor NCOR1'e bağlanma açısından test edildi. ZBTB'lerin dinamiklere dayalı bir sınıflandırmasını oluşturmak için, yeni protein yapılarının moleküler dinamikleri daha önce bilinen diğer proteinlerle karşılaştırarak incelendi. Son olarak, ZBTB proteinlerini ile BTB dimerizasyon potansiyeli, bağışıklık sistemi hücrelerininin mRNA ifade verileri kullanılarak hesaplamalı olarak araştırıldı.
Özet (Çeviri)
The BTB domain is a conserved, multi-functional protein interaction domain engaged in the coordination of various large protein complexes, including ion channels, degradation signaling complexes and DNA transcription factors. The ZBTB protein family of transcription regulators is characterized by an N-terminal BTB domain followed by a variable number of Zinc Fingers and it is involved in cellular proliferation, immune cell lineage differentiation, and cancer development. Among the 49 human ZBTB proteins, PATZ1 stands out with a unique extra 31-amino acids long sequence in the center of the BTB domain. The central loop of PATZ1 is an intrinsically disordered region (IDR) conserved in mammals but absent in fish and has high binding potential. PATZ1 is a ubiquitous transcription factor that plays a role in numerous cancer types and interferes with the p53 tumor suppressor. In this thesis work, the determination of the unique structural features of the PATZ1 BTB domain was primarily accomplished with the solution of its crystal structure as a homodimer in both mouse and zebrafish (PDB IDs: 6GUV and 6GUW). Although similar in the 3D fold and the dimerization interface to the BCL6 BTB domain, the new crystal structures suggest that the PATZ1 co-repressors binding site contains a divergent sequence. The molecular dynamics of the new protein structures compared to other previously known structures allowed us to classify ZBTBs family members. Finally, the formation of stable BTB heterodimers with selected ZBTB proteins was computationally demonstrated.
Benzer Tezler
- Isolation and characterization of nanobodies that bind the BTB domain of PATZ1 transcription factor
PATZ1 transkripsiyon faktörünün BTB domainine bağlanan nanokorların izolasyonu ve karakterizasyonu
SARAH BARAKAT
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER
- Characterization of the Küçük Menderes River basin aquifer system
Küçük Menderes Nehri Havzası akifer sisteminin karakterizasyonu
KORAY KAMİL YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN YAZICIGİL
- Çam kozalağının pirolizi ile elde edilen biyokömürün karakterizasyonu ve sulu çözeltilerden kongo kırmızısının gideriminde adsorpsiyon özelliklerinin incelenmesi
Characterization of the biochar obtained by pyrolysis of pine cones and investigation of adsorption properties in the removal of congo red from aqueous solutions
CEREN ALTUNCAN KESEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Kimya MühendisliğiHitit ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİHAN KAYA
- Characterization of the shape memory behavior of high strength nitihfpd shape memory alloys
Yüksek mukavemetli nitihfpd şekil hafızali alaşımların şekil hafıza davranışlarının karakterizasyonu
GÜHER PELİN TOKER
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Makine MühendisliğiUniversity of KentuckyMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALUK KARACA
- Türkiye'de cinsel saldırı vakalarında en çok kullanılan lubrikantların karakterize edilmesi ve lubrikant kütüphanesinin oluşturulması
Characterization of the most widely used lubricants in sexual assault cases in Turkey and creation of a lubricant library
SEVİM GİZEM GÜÇDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Adli TıpÜsküdar ÜniversitesiAdli Bilimler Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA ÜNSAL SAPAN