Dynamic protein interaction network of YPEL2
YPEL2 proteinin dinamik protein etkileşim ağının tanımlanması ve öndoğrulanması
- Tez No: 644360
- Danışmanlar: PROF. DR. MESUT MUYAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Östrojen hormonları, özellikle 17β-estradiol (E2), meme dokusu dahil olmak üzere birçok organ ve dokunun fizyolojik ve pato-fizyolojik düzenlenmesinde rol oynar. E2, hücresel fenotipin tezahüründe yer alan gen ifadelerini düzenleyen transkripsiyon faktörü olan östrojen reseptörüne (ER) bağlanarak hedef hücrelerin çoğalmasını, farklılaşmasını ve ölümünü düzenler. Daha önce laboratuvarımızda yapılan ERE-bağımlı ve ERE-bağımsız sinyal yolaklarının düzenledikleri genlerin tanısına yönelik mikrodizin çalışmalarında, YPEL2 geninin bir ER hedef geni olduğunu bulgulanmış ve bu genin ifadesinin ERE-bağımlı sinyal yolağı aracılığı düzenlendiği gözlemlenmiştir. YPEL2, YPEL1, 3, 4 ve 5'i de içeren yüksek oranda korunmuş ökaryotik Yippee benzeri gen ailesinin bir üyesidir. Ökaryotlarda YPEL proteinleri üyeleri arasındaki yüksek dereceli homolojiler ortak ve temel fonksiyonlara işaret eder. YPEL2 gen ya da proteini üzerine yapılmış bir çalışma yoktur. Ancak, YPEL ailesinin diğer üyeleri ile yapılan sınırlı sayıda çalışmalarda, peri-nükleer ve nükleer proteinler olarak tanımlanan YPEL proteinlerinin hücre çoğalması, yaşlanması ve ölümünü hücre döngüsüne katılarak düzenledikleri önerilmiştir.YPEL proteinleri arasındaki yüksek düzeyde homoloji nedeniyle, YPEL2 proteinin de E2-ER-tarafından düzenlenen hücre çoğalması ve ölümünde önemli bir rol oynadığı öngörmekteyiz. Proteinler işlevlerini dinamik protein etkileşim ağları içinde yerine getirdikleri için, protein partnerlerinin belirlenmesi YPEL2 proteininin işlev mekanizmasına yönelik önemli bilgiler sağlayacaktır. Yakınlık-bağımlı biyotin ekleme (TurboID) yaklaşımı, proteinler arasında zaman-ve-alansal ilişkileri in cellula tanımlamakta kullanılmaktadır. Bu nedenle amacımız, YPEL2'nin olası protein partnerlerini dinamik TurboID yaklaşımıyla tanımlamak; tanımlanan proteinler aracılığıyla YPEL2'nin dinamik protein etkileşim ağı portresini in silico oluşturmak; olası ağ protein partnerlerinden seçilecek proteinlerle YPEL2 arasındaki etkileşimi ektopik ve endojen protein partnerleri senteze eden model hücrelerde çeşitli protein etkileşim yaklaşımlarıyla doğrulamaktır.
Özet (Çeviri)
Estrogen hormones, especially 17β-estradiol (E2), play critical roles in the physiological and pathophysiological regulation of many organs and tissues, including breast tissue. E2 regulates the proliferation, differentiation, and death of target cells by binding to the estrogen receptor (ER). ER is a transcription factor that regulates gene expression involved in the manifestation of the cellular phenotype. In previous microarray studies conducted in our laboratory for the determination of genes regulated by E2-ER signaling pathways, it was found that the YPEL2 gene is an ER target gene and the expression of this gene is regulated by the direct binding of E2-ER to DNA. YPEL2 is a member of the highly conserved eukaryotic Yippee-like gene family, including YPEL1, 3, 4, and 5. High-level homologies among members of YPEL proteins in eukaryotes indicate common and fundamental functions. To our knowledge, no study is yet conducted on the YPEL2 gene or protein. However, studies on the other members of the YPEL family suggest that Ypel proteins located at the peri-nucleus and in the nucleus participate in the modulation of cellular proliferation, senescence, and apoptosis by regulating cell cycle phases. Due to the high degree of homology among Ypel proteins, we predict that YPEL2 is also involved in cellular proliferation and death mediated by E2-ER signaling. Cellular proteins function within the context of a dynamically changing network of interacting protein partners. The identification of protein partners of YPEL2 could provide important information on the action mechanisms of the protein. Therefore, we aim to identify the interacting protein partners of YPEL2 using an inducible TurboID approach to generate dynamic protein interaction networks in a time-dependent manner and to verify some of these interactions in cell models synthesizing protein partners endogenously or ectopically with various protein-interaction assays.
Benzer Tezler
- Reconstruction of insulin signaling network in H. Sapiens
H. Sapiens?de insülin sinyalleşmesi ağ yapısının oluşturulması
PELİN ÜMİT
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Bölümü
PROF. KUTLU ÜLGEN
- From yeast to human: Unraveling sphingolipid metabolism through macroscopic and microscopic analyses
Mayadan insana: Makroskopik ve mikroskopik analizlerle sfingolipid metabolizmasının incelenmesi
FATMA BETÜL KAVUN ÖZBAYRAKTAR
Doktora
İngilizce
2011
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Bölümü
PROF. DR. KUTLU Ö. ÜLGEN
- Protein katlanması dinamiği: Transfer edilebilir etkileşim potansiyeli dizaynı ve farklı komplekslik seviyelerine sahip yeni monte carlo ve moleküler dinamik protein modellerinin geliştirilmesi
Protein folding dynamics: designing transferable interaction potentials and developing New monte carlo and molecular dynamic protein models with different level of complexities
GÖKHAN SELAMET
Doktora
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiGaziantep ÜniversitesiBiyoenformatik ve Bilişimsel Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUĞBA TAŞKIN TOK
PROF. DR. HÜSEYİN KAYA
- Comparative analysis of teafs and NP analysis to integrate interactome and transcriptome data to reveal response to C-pulse in Saccharomyces cerevisiae
Etkileşim ve anlatım verisinin bütünleştirilmesi yöntemleri olan teafs ve NP analizi ile Saccharomyces cerevisiae?nin glikoz vurumuna tepkisinin karşılaştırmalı analizi
MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. BETÜL KIRDAR
- Investigation of structural and functional properties of the betaine transporter BetP from Corynebacterium glutamicum by using infrared spectroscopy
Başlık çevirisi yok
GÜNNUR GÜLER
Doktora
İngilizce
2013
Fizik ve Fizik MühendisliğiJohann-Wolfgang-Goethe-UniversitätPROF. DR. WERNER MANTELE