Isolation and Genotyping of adherent-invasive Escherichia coli (AIEC) strains from Crohn's patients and quantification by qPCR
Crohn hastalarından adherent-invaziv Escherichia coli (AIEC) suşlarının izolasyonu, genotiplendirilmesi ve qPCR ile miktar tayini
- Tez No: 645011
- Danışmanlar: PROF. DR. ATAÇ UZEL, DR. NALAN GÜLŞEN ÜNAL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Adherent invaziv Escherichia coli (AIEC), özellikle Crohn hastalığı (CD) olmak üzere enflamatuar bağırsak hastalıklarının (IBD) patogenezinde rol oynar. Bu çalışmanın amacı, klinik önemi olan AIEC suşlarının virülans faktörlerini izole etmek, tanımlamak, genotiplendirmek ve karakterize etmektir. Yöntemler: 24 aktif CD hastasından ve 15 sağlıklı kontrolden (HC) ileal ve kolon biyopsileri toplanmıştır. E. coli suşları standart biyokimyasal testlerle tanımlanmıştır ve MALDI-TOF (bioMerieux, Fransa) sistemi ile doğrulanmıştır. AIEC fenotipleri, yapışma, invazyon ve makrofaj içinde hayatta kalma deneyleri ile belirlenmiştir. Genetik virülans faktörleri ve genotipleme özellikleri sırasıyla PCR ve PFGE ile belirlenmiştir. E. coli suşlarının bolluğu ve antibiyogram profili sırasıyla qPCR ve VITEK® 2 (bioMerieux, Fransa) otomatik sistemi ile belirlenmiştir. Bulgular: 17 CD hastasından ve 14 HC'den E. coli suşları izole edilmiştir, bunların 10'u (%59) ve 7'si (%50) AIEC suşu olarak belirlenmiştir. CD'lardan izole edilen AIEC olmayan suşlara kıyasla sırasıyla chuA ve ratA genlerinin AIEC ile ilişkili en önemli genetik belirteçler olduğunu ve HC p = 0.0119, 0.0094 olduğu bulunmuştur. CD hastalarından elde edilen E. coli suşlarının çoğu, en az bir antibiyotiğe karşı HC'ye (%29) kıyasla antibiyotik direnci (%71) göstermiştir. AIEC benzeri suşlar, AIEC benzeri olmayan suşlara (%53) ve (%21) kıyasla antibiyotiklere karşı daha dirençlidir. Sonuçlar: AIEC suşları ile AIEC olmayan suşlar arasında chuA ve ratA virülans genlerinin prevalansı ve antibiyotik direnç profilleri açısından önemli farklılıklar belirlenmiştir. Ek olarak, CD hastalarından izole edilen AIEC suşlarının, sırasıyla %80, %14 HC'den izole edilen AIEC suşlarına göre penisilin/beta laktam ve aminoglikozit antibiyotiklere karşı daha dirençli olduğu bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
Background: Adherent invasive Escherichia coli (AIEC) are implicated in the pathogenesis of inflammatory bowel diseases (IBD) particularly Crohn‟s disease (CD). The aim of this study is to isolate, identify, genotype, and characterize the virulence factors and the clinical significance of AIEC strains. Methods: Ileal and colonic biopsies from 24 active CD patients and 15 healthy controls (HC) were collected. E. coli strains were identified by standard biochemical tests and confirmed by MALDI-TOF (bioMerieux, France) system. The AIEC phenotypes were determined by the adhesion, invasion, and survival within macrophages assays. The genetic virulence factors and genotyping characteristics were determined by PCR and PFGE respectively. The abundance and the antibiogram profile of E. coli strains was determined by qPCR and VITEK®2 (bioMerieux, France) automated system respectively. Results: E. coli strains from 17 CD patients and 14 HC were isolated, 10 (59%) and 7 (50%) of them were identified as AIEC strains, respectively. We found that chuA and ratA genes were the most significant genetic markers associated with AIEC compared to non-AIEC strains isolated from CD patients and HC p = 0.0119, 0.0094 espectively. The majority of E. coli strains obtained from CD patients showed antibiotic resistance (71%) compared to HC (29%) against at least one antibiotic. The AIEC-like strains were more resistant to antibiotics compared to non-AIEC-like strains (53%) and (21%) respectively. Conclusions: We have determined significant differences between AIEC strains and non-AIEC strains in terms of the prevalence of chuA and ratA virulence genes and the antibiotic resistance profiles. In addition, AIEC strains isolated from CD patients were found to be more resistant to penicillin/beta lactam and aminoglycoside antibiotics than AIEC strains isolated from HC 80%, 14% respectively.
Benzer Tezler
- Çeltik kabuklarının yalıtım malzemesi olarak kullanılması
Başlık çevirisi yok
B.CİHAN ÇELEBİ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET KIRBIYIK
- Marmara bölgesindeki kavun ve karpuz yetiştiriciliğinin bugünkü durumu, sorunları ve öneriler
The Status of melon and water melongrowing in Marmara region at present and its Problems and recommedations
MEHMET GÜLER
- Traditional vernacular houses in Anatolia: The question of evaluative criteria
Anadolu geleneksel yöresel konut mimarlığında değerlendirme ölçütleri sorunu
OKAN ÜSTÜNKÖK
Doktora
İngilizce
1987
MimarlıkOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖNÜL TANKUT
- Bira ve alkol üretiminde kullanılan bazı enzimlerin mikrobiyal yolla eldesi
Başlık çevirisi yok
HÜSEYİN ÜSTÜNES
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ULGAR GÜVENÇ
- Balıkesir tavukçuluk işletmelerinin yapısal özellikleri üzerinde bir inceleme
Başlık çevirisi yok
MEHMET TOSUN