Geri Dön

Isolation and Genotyping of adherent-invasive Escherichia coli (AIEC) strains from Crohn's patients and quantification by qPCR

Crohn hastalarından adherent-invaziv Escherichia coli (AIEC) suşlarının izolasyonu, genotiplendirilmesi ve qPCR ile miktar tayini

PDF İndir

  1. Tez No: 645011
  2. Yazar: KHALID ABDALLA ABDELHALIM MOHAMED
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ATAÇ UZEL, DR. NALAN GÜLŞEN ÜNAL
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 113

Özet

Amaç: Adherent invaziv Escherichia coli (AIEC), özellikle Crohn hastalığı (CD) olmak üzere enflamatuar bağırsak hastalıklarının (IBD) patogenezinde rol oynar. Bu çalışmanın amacı, klinik önemi olan AIEC suşlarının virülans faktörlerini izole etmek, tanımlamak, genotiplendirmek ve karakterize etmektir. Yöntemler: 24 aktif CD hastasından ve 15 sağlıklı kontrolden (HC) ileal ve kolon biyopsileri toplanmıştır. E. coli suşları standart biyokimyasal testlerle tanımlanmıştır ve MALDI-TOF (bioMerieux, Fransa) sistemi ile doğrulanmıştır. AIEC fenotipleri, yapışma, invazyon ve makrofaj içinde hayatta kalma deneyleri ile belirlenmiştir. Genetik virülans faktörleri ve genotipleme özellikleri sırasıyla PCR ve PFGE ile belirlenmiştir. E. coli suşlarının bolluğu ve antibiyogram profili sırasıyla qPCR ve VITEK® 2 (bioMerieux, Fransa) otomatik sistemi ile belirlenmiştir. Bulgular: 17 CD hastasından ve 14 HC'den E. coli suşları izole edilmiştir, bunların 10'u (%59) ve 7'si (%50) AIEC suşu olarak belirlenmiştir. CD'lardan izole edilen AIEC olmayan suşlara kıyasla sırasıyla chuA ve ratA genlerinin AIEC ile ilişkili en önemli genetik belirteçler olduğunu ve HC p = 0.0119, 0.0094 olduğu bulunmuştur. CD hastalarından elde edilen E. coli suşlarının çoğu, en az bir antibiyotiğe karşı HC'ye (%29) kıyasla antibiyotik direnci (%71) göstermiştir. AIEC benzeri suşlar, AIEC benzeri olmayan suşlara (%53) ve (%21) kıyasla antibiyotiklere karşı daha dirençlidir. Sonuçlar: AIEC suşları ile AIEC olmayan suşlar arasında chuA ve ratA virülans genlerinin prevalansı ve antibiyotik direnç profilleri açısından önemli farklılıklar belirlenmiştir. Ek olarak, CD hastalarından izole edilen AIEC suşlarının, sırasıyla %80, %14 HC'den izole edilen AIEC suşlarına göre penisilin/beta laktam ve aminoglikozit antibiyotiklere karşı daha dirençli olduğu bulunmuştur.

Özet (Çeviri)

Background: Adherent invasive Escherichia coli (AIEC) are implicated in the pathogenesis of inflammatory bowel diseases (IBD) particularly Crohn‟s disease (CD). The aim of this study is to isolate, identify, genotype, and characterize the virulence factors and the clinical significance of AIEC strains. Methods: Ileal and colonic biopsies from 24 active CD patients and 15 healthy controls (HC) were collected. E. coli strains were identified by standard biochemical tests and confirmed by MALDI-TOF (bioMerieux, France) system. The AIEC phenotypes were determined by the adhesion, invasion, and survival within macrophages assays. The genetic virulence factors and genotyping characteristics were determined by PCR and PFGE respectively. The abundance and the antibiogram profile of E. coli strains was determined by qPCR and VITEK®2 (bioMerieux, France) automated system respectively. Results: E. coli strains from 17 CD patients and 14 HC were isolated, 10 (59%) and 7 (50%) of them were identified as AIEC strains, respectively. We found that chuA and ratA genes were the most significant genetic markers associated with AIEC compared to non-AIEC strains isolated from CD patients and HC p = 0.0119, 0.0094 espectively. The majority of E. coli strains obtained from CD patients showed antibiotic resistance (71%) compared to HC (29%) against at least one antibiotic. The AIEC-like strains were more resistant to antibiotics compared to non-AIEC-like strains (53%) and (21%) respectively. Conclusions: We have determined significant differences between AIEC strains and non-AIEC strains in terms of the prevalence of chuA and ratA virulence genes and the antibiotic resistance profiles. In addition, AIEC strains isolated from CD patients were found to be more resistant to penicillin/beta lactam and aminoglycoside antibiotics than AIEC strains isolated from HC 80%, 14% respectively.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    768702

    Erzurum ilinde süt sığırları ve risk grubu insanlarda mycobacterium avium subspecies paratuberculosis'in izolasyonu ve MİRU-VNTR yöntemiyle genotiplendirilmesi

    Isolation and genotyping of mycobacterium avium subspecies paratuberculosis in dairy cattle and risk group humans in Erzurum province and genotyping by MİRU-VNTR method

    YASEMİN ERDOĞAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    MikrobiyolojiAtatürk Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN USLU

  2. Tez No

    396293

    Broiler piliçlerden campylobacter izolasyonu ve genotiplendirilmesi

    Isolation and genotyping of campylobacter from broiler chickens

    SEDA TURTAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    MikrobiyolojiFırat Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASAN BASRİ ERTAŞ

  3. Tez No

    513090

    Tavuk parçalama hattında listeria monocytogenes ile kontaminasyon kaynaklarının belirlenmesi ve genotiplendirilmesi

    Identification and genotyping of sources of contamination with listeria monocytogenes in chicken cutting line

    KADİR EMRE GİRGİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Besin Hijyeni ve TeknolojisiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZGÜR ÇADIRCI

  4. Tez No

    430155

    Faklı kaynaklardan Enterococcus faecalis ve Enterococcus faecium izolasyonu, moleküller tanısı ve genotiplendirilmesi

    The isolation of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium from different sources and their molecular diagnosis and genotyping

    KEREM DİKEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyolojiDumlupınar Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUBA İÇA

  5. Tez No

    203820

    Entansif broyler işletmeleri ile kırsal tavukçuluk işletmelerindeki hayvanlardan izole edilen enterokokların fenotipik ve genotipik özellikleri üzerinde çalışmalar

    Studies on phenotyping and genotyping characterization of enterococcus spp. isolated from entansive broiler farm and rural poultry establishment

    ZAHİDE DİLİK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    MikrobiyolojiKırıkkale Üniversitesi

    Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERSİN İSTANBULLUOĞLU

Geri Dön