marT as a global regulatory gene for biofilm formation in Salmonella Typhimurium
Salmonella Typhimurium'da biyofilm oluşumu için yeni bir regülatör gen: marT
- Tez No: 649176
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Bu çalışmada, Salmonella enterica serotip Typhimurium 14028'de marT geni ile ilgili olabileceği düşünülen ve her biri biyofilm oluşumunda rol alan 14 farklı gen (fimA, fimD, fimF, fimH, stjB, stjC, csgA, csgD, ompC, sthB, sthE, rmbA, fliZ ve yaiC) ve bunların yanısıra aynı suşun marT geni bakımından bozulmuş olan bir türevi olan MZ1627 suşu marT ile regülasyon özelliklerine göre incelenmiştir. Adı geçen aday genlerin karşılaştırmalı analizleri için herbir gen antibiyotik kaset mutajenezi (insersiyonu) yoluyla ayrı ayrı mutasyona uğratılmış, aynı işlem, otoregülatör fonksiyonun test edilmesi amacıyla marT geni için de tekrarlanarak toplam 15 farklı mutant suş elde edilmiştir. Daha sonra bu suşların her biri marT geninin arabinoz ile indüklenen BAD promotoru altına klonlanarak ekspresyonunun kontrol altına alındığı rekombinant plasmid (pBAD24+marT) ile transforme edilerek her bir tekli genin ekspresyon seviyesinin marT indüksiyonu varlığında ve yokluğunda nasıl değiştiği belirlenmiştir. QRT-PCR sonuçlarına göre, marT geni, incelenen 14 genin regülasyonu açısından önemli bir role sahiptir. Yine bu sonuçlar, marT geni tarafından kodlanan proteinin aynı zamanda kendi promotorunu da pozitif olarak düzenleyen bir oto-regülatör olduğuna işaret etmiş, genel anlamda da MarT proteininin sadece ototransporter bir protein kodlayan misL gen ekspresyonunu düzenlemekle kalmayıp aynı zamanda Salmonella'da global bir regülatör görevi gördüğünü düşündürmüştür.Bu çalışmada, MarT regülasyonuna tabi tutulan mutant genleri taşıyan suşlar, parental suş 14028'e kıyasla, polistiren yüzeylerde biyofilm oluşturma kapasiteleri de incelenmiştir. 24 ve 48 saatlik inkübasyonlar sonucunda, her bir mutant suşa ait biyofilm oluşum kapasitelerinde istatistiksel açıdan (p< 0.05) dikkate değer bir düşüş olduğu gözlenmiştir. fliZ, ompC, rmbA, stjB ve stjC genlerinin Salmonella'da biyofilm oluşumuyla doğrudan ilişkili oldukları ve yokluklarında biyofilm oluşumunda ciddi bir düşüş olduğu anlaşılmıştır. Bir sonraki aşamada mutant suşların parental suşa kıyasla hücre yüzeylerine tutunma özellikleri incelenmiş ve bunun için Caco-2 ve HEp-2 hücreleri kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlara gore, tutunmanın etkili bir şekilde gerçekleşmesi için tek gen mutasyonları yeterli olmamaktadır. Global regülatör MarT'nin, biyofilm oluşumu için başlıca düzenleyici gen olan csgD ekspresyonunu da kontrol etmesi, bu çalışmanın en önemli bulgularından birisidir. Giderek artan antibiyotik dirençliliği krizinin neden olduğu“antibiyotikler sonrası”çağımızda, MarT'ye spesifik kimyasal inhibitörlerin geliştirilmesiyle Salmonella Typhimurium enfeksiyonları özelinde biyofilm oluşumunu hedef alan yeni çözümler bulunması yönünde öncü bir rol oynayacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study 14 different genes (fimA, fimD, fimF, fimH, stjB, stjC, csgA, csgD, ompC, sthB, sthE, rmbA, fliZ ve yaiC) thought to be related to marT gene at Salmonella enterica serotype Typhimurium 14028 and each involved in the biofilm formation and besides this, MZ1627, a derivative of the same strain that is disrupted in terms of marT gene was examined according to its regulation characteristics with marT. For the comparative analysis of the target genes, each of the gene was mutated through antibiotic gene cassette insertion separately, as repeating the same process to test the autoregulation function of marT gene, 15 different mutant genes in total were obtained. Then, each of these strain's expression level was determined in the presence and absence of the marT induction by transforming recombinant plasmid (pBAD24+marT) into these strains where marT gene's expression is controlled by cloning it into the arabinose-induced BAD promoter. According to QRT-PCR results, marT gene has an important role in terms of regulation of the examined 14 genes. Again these results indicated that, the protein encoded by marT gene is at the same time an autoregulator which organize its own promoter positively, also in general, it suggested that, MarT protein not only regulates the expression of the misL gene encoding an autotransporter protein, but also acts as a global regulator in Salmonella. In this study, strains carrying mutant genes subjected to MarT regulation, compared to parental strain 14028, have also been investigated for their biofilm-forming capacity on polystyrene surfaces. As a result of 24 and 48 hours of incubation, it was observed that there was a statistically significant (p
Benzer Tezler
- İdarenin takdir yetkisi bağlamında covid-19 döneminde seyahat özgürlüğünün kısıtlanması
Restriction of freedom of travel during the covid-19 period in the context of the discretion of the administration
DİLAN SAĞIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Uluslararası İlişkilerKarabük ÜniversitesiUluslararası Politik Ekonomi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ABDÜLAZİM İBRAHİM
- Türkiye ekonomisinde termik santrallerin yeri: Marmara bölgesi örneği
The role of thermal power plants in the Turkish economy: The case of the Marmara region
OSMAN ALİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
EnerjiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesiİktisat Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ERKAN AKTAŞ
- Bankacılık sektöründe dış kaynak çalışan yönetiminin iyileştirilmesinde bilgi teknolojileri kullanımına yönelik bir uygulama
An application to use information technologies to improve management of outsourced employee in the banking industry
SEREN AKBABA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
İşletmeİstanbul Teknik Üniversitesiİşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİHAN YILDIRIM
- Yenilenebilir enerji kaynağı sübvansiyonları: Türkiye ve Avrupa Birliği karşılaştırması
Renewable energy subsidies: the comparison of Turkey and the European Union
HİLAL ÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
EkonomiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiMaliye Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SABRİ SAMİ TAN
- Contribution a la recherche d'un cadre juridique pour un droit international de laconcurrence plus efficace
Daha etkin bir uluslararası rekabet için hukuki çerçeve arayışı
ALİ CENK KESKİN
Doktora
Fransızca
2009
HukukGalatasaray ÜniversitesiKamu Hukuku Ana Bilim Dalı
PROF. DR. JEAN MARC SOREL
PROF. DR. HALİL ERCÜMENT ERDEM