In silico antibody design against Bacillus anthracis protective antigen
Bacıllus antrasis koruyucu antijenine karşı in siliko antikor tasarımı
- Tez No: 649396
- Danışmanlar: PROF. DR. TAMER YAĞCI, DR. HASAN ÜMİT ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Şarbon hastalığına gram pozitif bakteri Bacillus anthracis neden olur. Koruyucu antijen (PA), şarbon hastalığının önemli bir bileşenidir. PA, ödem faktörünün ve öldürücü faktörün, bir zar boyunca uzanan bir gözenek oluşumu yoluyla konakçı hücreye girmesine sağlar. Bu konuda yapılan ilk çalışmalar, koruyucu antijenin konakçı hücreler ile etkileşime giren bileşen olduğunu ileri sürmüştür. Antikorlar, konakçı hücreler ile etkileşime giren PA'yı bloke ederek koruyucu antijenin toksik etkilerini ortadan kaldırmak için kullanılan adaptif bağışıklık sisteminin proteinleridir. Anti-PA antikorları, profilaksi sırasında enfeksiyonun erken evresinde etkili olurken, enfeksiyonun fulminan aşamasında toksin düzeyinin artmasıyla etkinlikleri azalır. Düşük afinite ve yüksek antikor agregasyon profili bu duruma neden oluyor olabilir. Hesaplamalı tasarım yöntemleri bu soruna çözüm olabilir. Hesaplamalı tasarım yöntemlerini kullanarak, biyofizik ve temel termodinamik kurallarını temel alarak antikor bölgelerini rasyonel olarak seçerek yeniden modelledik. In silico çalışmalarımızın sonuçlarına göre, daha yüksek afiniteye ve daha düşük agregasyon profiline sahip, in vitro çalışmalarda denenebilecek bir antikor düzenledik.
Özet (Çeviri)
Anthrax disease is caused by the gram-positive bacterium Bacillus anthracis. The protective antigen (PA) is a key component of the anthrax disease, that allows entry of edema factor and lethal factor into the host cell, through the formation of a membrane spanning pore. Early studies suggested that protective antigen was the component that interacted with host cells. Antibodies are proteins of the adaptive immune system which used to remove toxic effects of protective antigen by blocking the PA interaction with host cells. Anti-PA antibodies are efficient during prophylaxis at the early stage of the infection, while their efficiency decreases with the increase in toxin level at the fulminant stage of infection. The low affinity and high antibody aggregation profile may be the cause of this condition. Computational design methods can be the solution to this problem. We used computational design methods, and remodels to rationally select antibody parts by using biophysics and basic thermodynamics laws. According to the results of our in-silico studies we suggest an antibody, which has higher affinity and lower aggregation profile redesigned antibody that can be utilized in vitro studies.
Benzer Tezler
- Memeli süspanse HEK293F hücrelerinde aşı adayı toxoplasma gondiirekombinant GRA1 ve ROP6 proteinlerinin ekspresyonu ve saflaştırılması
Expression and purification of vaccine candidate toxoplasma gondiirecombinant GRA1 and ROP6 proteins in mammalian suspension HEK293Fcells
SELMA GÜNGÖR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
GenetikEge ÜniversitesiAşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYSU DEĞİRMENCİ DÖŞKAYA
- Discovery of small molecule: Regulates the cryptochrome stability and controls blood glucose levels in diabetic mice
Küçük molekülün keşfi: Diyabetik farelerde kriptokrom kararlılığını düzenler ve kan şekeri seviyesini kontrol eder
SALİHA SÜRME
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI
- Synthesis of peptidomimetic based imaging agents against lung cancer
Peptidomimetik tabanlı kanser görüntüleme ajanlarının sentezlenmesi
GÖZDE SARIOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ONUR ALPTÜRK
DR. ÖZGÜR YILMAZ
- Structure-based drug design studies for the discovery of novel carbonic anhydrase IX-selective inhibitors
Karbonik anhidraz IX'a seçici yeni inhibitörlerin yapı bazlı bilgisayar destekli tasarımı
VUSLAT ÖYKÜ SAYIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Çok duvarlı karbon nanotüp bağlanmış ve kesme gerilimi altında kalınlaşan sıvı emdirilmiş kumaşların ve bunlar ile üretilen hibrit tabakalı kompozitlerin mekanik ve balistik özelliklerinin araştırılması
Investigation of mechanical and ballistic properties of multi-walled carbon nanotube bonded and shear thickening fluid impregnated fabrics and hybrid laminated composites
HAMZA TAŞ
Doktora
Türkçe
2021
Makine MühendisliğiManisa Celal Bayar ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM FADIL SOYKÖK