Keratinosit farklılaşmasında rol alan reseptörle etkileşen serin treonin kinaz 4 (RIPK4) ve keratin 14 (KRT14) proteinleri arasındaki etkileşimin araştırılması
Investigation of interactions between receptor interacting serine/threonine protein kinase 4 (RİPK4) and keratin 14 (KRT14) proteins that have a role in keratinocyte differentiation
- Tez No: 541984
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TUBA DİNÇER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: GST pull down, immünofloresan, immünopresipitasyon, KRT14, RIPK4, GST pull down, immunofluorescence, immunoprecipitation, KRT14, RIPK4
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Epidermal farklılaşma dış çevreye karşı koruyucu bir bariyer görevi sağlayan epidermisin oluşumu için gereklidir. Eksikliği epidermal farklılaşma bozuklukları ile ilişkilendirilmiş RIPK4 proteininin bu süreçteki fonksiyonu tam olarak bilinmemektedir. RIPK4'ün epidermal farklılaşmadaki rolünün belirlenmesine yönelik yapılan çalışmalarımız kapsamında insan keratinosit cDNA kütüphanesi RIPK4'ün yem olarak kullanıldığı büyük ölçek maya ikili hibrit yöntemiyle taranmıştır. Tarama sonucunda epidermal farklılaşmada kritik bir öneme sahip olan RIPK4'ün epidermisin bazal tabaka markörü olan KRT14 proteini ile etkileştiği ön verisine ulaşılmıştır. Bu ön veri bu iki proteinin bu süreçte hücresel bir fonksiyonu yerine getirmek için bir araya gelebileceği hipotezini ortaya çıkarmıştır. Bu çalışma ile amaçlanan maya ikili hibrit sonucunda elde edilen RIPK4-KRT14 etkileşiminin immünopresipitasyon, immünofloresan ve in vitro pull down yöntemleri kullanılarak doğrulanması ve detaylı olarak analiz edilmesidir. İmmünopresipitasyon deney sonuçlarımız, RIPK4'ün KRT14 ile etkileştiğini doğrulamakla birlikte, bu etkileşimin RIPK4'ün N terminalinde bulunan kinaz domaini üzerinden gerçekleştiğini gösterdi. RIPK4'ün KRT14 ile sitoplazmada ve belirgin olarak çekirdeği saran yapıda birlikte yerleştiğini ortaya çıkaran immünoflorasan deney sonuçlarımız ise iki protein arasında tanımladığımız etkileşimi destekler nitelikteydi. Bunun yanında, bakteride ürettirilen RIPK4 ve KRT14 proteinlerini kullanarak gerçekleştirdiğimiz in vitro pull down analizi, bu iki proteinin aracı bir protein olmadan da etkileştiğini ortaya çıkardı. Sonuçlarımız ile epidermal farklılaşma sürecinin iki önemli proteini RIPK4 ve KRT14'ün etkileştiği ilk kez gösterilmiş oldu.
Özet (Çeviri)
Epidermal differentiation is required for generation of epidermis that provides a protective barrier against environment. The function of RIPK4 gene, whose deficiency is associated with severe epidermal differentaition related abnormalities, is not fully known yet. Thereby, to investigate the role of RIPK4 in epidermal differentiation, human keratinocyte cDNA library was screened with large scale yeast two hybrid using RIPK4 kinase domain as a bait and it was found that RIPK4 interacted with KRT14 which is a basal layer marker of epidermis. Identified interaction between RIPK4 and KRT14 raised the hypothesis that these two proteins might come together to perform a cellular function during epidermal differentiation process. The aim of this study is to verify and analyse the RIPK4-KRT14 interaction obtained from yeast two hybrid assay by using immunoprecipitation, immunofluorescence and in vitro pull down methods in detail. Our immunoprecipitation assay results showed that RIPK4 interacted with KRT14 and this interaction was mediated by the kinase domain located at the N terminus of RIPK4. The results of immunofluorescence assay, which showed the co-localization of RIPK4 and KRT14 in the cytoplasm particularly on the structure surrounding the nucleus, supported the interaction result identified by immunoprecipitation assay. Additionally, in vitro pull down analysis that was performed by using the RIPK4 and KRT14 proteins produced in bacteria revealed that the interaction between RIPK4 and KRT14 was direct. With our results the interaction between RIPK4 and KRT14, which are the two important proteins of epidermal differentiation, was demonstrated for the first time.
Benzer Tezler
- Psoriazisde, Peroksizom Proliferatörleri ile Aktive Olan Reseptör beta (PPAR beta) Gen İfadesinin Düzenlenmesinde Rol Alan Gen İfadelerinin Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Analizi.
Analysis of Gene Expressions in the Regulation of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor beta (PPAR beta) in Psoriasis with Real Time Polymerase Chain Reaction
NEŞE ÜNVER
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP EMRE
- Role of IRF6 as a mediator of notch signaling in breast cancer cell lines
Notch yolağının meme kanseri hücre hatları üzerindeki etkisinin düzenlenmesinde IRF6'nın rolü
TALİP ZENGİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Genetikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZDEN YALÇIN ÖZUYSAL
- Telomer uzunluğunun ve telomeric repeat containing RNA (TERRA)'nın psöriasis etyolojisindeki rolü
Role of telomere length and telomeric repeat containing RNA (TERRA) in etiology of psoriasis
SEVİM ECMEL MEHMETBEYOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SERPİL TAHERİ
- Aslan tip multiple pterygium sendromunun genetik etiyolojisinin araştırılması
Investigation of the genetic etiology of aslan type multiple pterygium syndrome
ORHAN SEZGİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Tıbbi BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERSAN KALAY
- Psoriaziste, Peroksizom Proliferatörleri ile Aktive olan Reseptör Beta/Delta (PPAR Beta/Delta) ile düzenlenen Integrin Bağımlı Kinaz (ILK) ve 3-Fosfoinositid Bağımlı Kinaz (PDK1) genlerinin ifadelerinin gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile analizi
Analysis of Integrin linked Kinase (ILK) and 3-Phosphoinositide-dependent Kinase (PDK1) Gene Expressions Regulated by Peroxisome Proliferator Activated Receptor Belta/Delta (PPAR Beta/Delta) by Real Time Polymerase Chain Reaction in Psoriasis
FİLİZ SARIKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP EMRE