Yüksek çözünürlüklü genomik veri ve numerik taksonomik yöntemlerle Noccaea aucheri (Brassicaceae) tür kompleksi için tür sınırlandırması
Species delimitation of Noccaea aucheri (Brassicaceae) species complex using high-throughput genomic data and numerical taxonomy
- Tez No: 650989
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BARIŞ ÖZÜDOĞRU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
Bu çalışma kapsamında Türkiye'nin serpantin bölgelerine endemik ve kısa bir süre önce Pseudosempervivum cinsinden Noccaea cinsine transfer edilmiş üç türü (N. aucheri, N. mummenhoffiana ve N. sempervivum) içeren N. aucheri Tür Kompleksi'nin tür sınırları incelenmiştir. Kompleks içerisindeki türlerin sınırlarını kesin bir şekilde çizebilmek, taksonomik problemleri gidermek, hatalı dağılım verilerini güncellemek için gerçekleştirilen arazi çalışmalarıyla birlikte, yüksek çözünürlüklü genomik veri ve numerik taksonomik yöntemler kullanılmıştır. Çalışma materyalini oluşturan örnekler, çalışma kapsamında gerçekleştirilen arazi çalışmalarından ve çeşitli herbaryumlardan temin edilmiştir. Numerik taksonomik analizler için, literatürde verilen ve bu türlerin ayrımında kullanılan karakterlere ek olarak birçok farklı karakter ölçülmüş ve incelenmiştir. Bunun yanı sıra Restriction site associated DNA markers (RADseq) dizileme yöntemiyle tüm genomun farklı bölgelerinden rastgele dizilenmiş 200 lokusla popülasyon seviyesinde gerçekleştirilen çok türlü koalesent tabanlı filogenomik analizler ve tür sınırlandırma analizlerinin morfolojik, coğrafi ve ekolojik bilgilerle değerlendirilmesi sonucunda bu tür kompleksini oluşturan türlerin tek bir poliformik türü temsil ettiği anlaşılmıştır. Sonuç olarak; N. mummenhoffiana ve N. sempervivum türlerinin öncelik kuralı gereği N. aucheri türünün sinonimi olarak değerlendirilmesi önerilmiş ve bu polimorfik tür için yeni bir betim hazırlanmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, species limits of N. aucheri species complex which is endemic to serpentine areas of Turkey and transferred from Pseudosempervivum to Noccaea recently were investigated. High-throughput genomic data and numeric taxonomical methods have been used together with the field studies carried out to accurately draw the boundaries of the species in the complex, to solve taxonomic problems, and to update suspiciously distribution data. Study materials were obtained from both field and herbarium studies. For numeric taxonomical analysis, in addition to the characters given in the literature and used to distinguish these species, many different characters have been measured and studied. In addition, coalescent-based phylogenomic analyzes and species delimitation methods were performed at the population level with 200 loci sequenced randomly from different regions of the genome using the restriction site associated DNA markers (RADseq) sequencing method. All results were integrating with morphological, geographic, and also ecological data and eventually, it has been found that the members of this species complex represent a single polymorphic species. As a result, N. mummenhoffiana and N. sempervivum were placed under the name N. aucheri because of the priority rule, and the new description was prepared for this polymorphic species.
Benzer Tezler
- İnflamatuar bağırsak hastalarındatiopurin metiltransferaz varyantları
TPMT gene variants in inflammatory bowel disease patients
AMIN DAEMI
- Particle detection and signal analysis in nanopores
Nanogözeneklerde parçacık algılama ve sinyal analizi
DÜRDANE YILMAZ
Doktora
İngilizce
2023
Biyokimyaİstanbul Medeniyet ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ DİNLER
DOÇ. DR. KAAN KEÇECİ
- SERPING1 mutasyonu olmayan Herediter Anjioödem hastalığının moleküler patogenezinde genetik faktörlerin araştırılması
Investigation of genetic factors in molecular pathogenesis of Hereditary Angioedema disease without SERPING1 mutation
AYCAN AŞIK
Doktora
Türkçe
2022
Allerji ve İmmünolojiEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CUMHUR GÜNDÜZ
- Prematür over yetmezliği olgularında genomik kopya sayısı değişikliklerinin array CGH yöntemi ile değerlendirilmesi
Assessing copy number variations by array CGH in cases with premature ovarian failure
HALİME KÜÇÜK
Doktora
Türkçe
2015
GenetikEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN
- Nöroblastomların segmentasyon derin öğrenme algoritmaları kullanarak patolojik görüntü analizi ile MYCN durumu entegre sınıflandırması
MYCN status integrated classification of neuroblastomas by pathological image analysis using segmentation deep learning algorithms
SÜMEYYE EKMEKCİ
Doktora
Türkçe
2023
PatolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDENER ÖZER