Investigation of IRF4-MEF2D protein-protein interaction inmelanoma cells
Melanoma hücrelerinde IRF4-MEF2D protein-protein etkileşiminin incelenmesi
- Tez No: 656351
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Moleküler Tıp, Biochemistry, Biology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 211
Özet
Kanser, dunya capnda onde gelen bir olum nedenidir. Protein-protein etkile simleri (PPE'ler), kanser hucrelerinin hayatta kalmasn, buyumesini ve cogalmasn uyaran onkojenik sinyal yollarnn temel birimini olusturur. Bu nedenle, kanserde PPE'lerin karakterizasyonu, onkojenik mekanizmalarn anlaslmasna yardmc olabilir ve olas terapotik hede ere sk tutabilir. _Interferon duzenleyici faktor 4 (IRF4), DNA'y baglamak ve islevini yerine getirmek icin PPI'lere buyuk olcude bagl olan bir transkripsiyon faktorudur. Uzun bir sure, IRF4'un lenfoid spesi k protein oldugu dusunuluyordu ve dolaysyla etkilesim ortaklarnn kes calsmalar bagsklk hucreleriyle snrlyd. Ancak, IRF4, melanositler ve melanom hucreleri de dahil diger hucre hatlarnda da ifade edilmektedir. C esitli genom capnda iliskilendirme calsmalar IRF4 genotiplerini pigmentasyon fenotipleri ve melanom tumorleri gelistirme riski ile iliskilendirdirmistir. Buna ragmen IRF4'un melanom hucrelerindeki rolu tam olarak anlaslamamstr. PPI'lere bagmllg nedeniyle, IRF4'un melanomdaki rolunu anlamaya yonelik ana yaklasmlardan biri, etkilesim ortaklarn belirlemektir. Arastrma grubumuzdaki baz onceki gozlemler, melanomda IRF4'un potansiyel bir ortag olarak MEF2D'ye isaret etmekteydi. Bu calsmann amac, melanom hucrelerinde IRF4 ve MEF2D arasndaki etkilesimi arastrmak ve bu etkilesimin melanom hucrelerinin tumorijenik ozellikleri icin kritik olup olmadgn belirlemektir. Hesaplamal tahmin algoritmalar kullanlarak, IRF4-MEF2D PPI'nin ziksel olarak mumkun oldugu bulundu. Bunu koimmuncokturme deneyleri, yaknlk-temelli ligasyon deneyleri (PLA) ve kromatin immuncokturme analizi izledi. PLA deneyleri, melanom hucrelerinde bir IRF4-MEF2D PPI'ya isaret etse de, ek dogrulama deneylerine ihtiyac bulunmaktadr. Ek olarak, tripan mavisi dslama ve GFP rekabet deneylerini kapsayan fenotipik on deneyler, MEF2D'nin melanom hucrelerinde onemli bir rol aldgn gostermektedir.
Özet (Çeviri)
Cancer is a leading cause of death worldwide. Protein-protein interactions (PPIs) constitute a fundamental unit of the oncogenic signaling pathways that stimulate survival, growth and proliferation of cancer cells. Therefore, characterization of PPIs in cancer can help in understanding oncogenic mechanisms and shed the light on possible therapeutic targets. Interferon regulatory factor 4 (IRF4) is a transcription factor that highly depends on PPIs to bind DNA and execute its function. For a long time, IRF4 was thought to be lymphoid speci c protein, limiting the discovery of its interaction partners to immune cells. On the contrary, IRF4 is expressed in other cell lines including melanocytes and melanoma cells. Several genome wide association studies linked IRF4 genotypes with pigmentation phenotypes and the risk of developing melanoma tumors. Despite that, the role of IRF4 in melanoma cells is poorly understood. Due to its dependency on PPIs, one of the main approaches to understand its role in melanoma is identifying its interaction partners. Previous observations in our group pointed towards MEF2D as a potential partner of IRF4 in melanoma. The purpose of this study was to investigate the interaction between IRF4 and MEF2D in melanoma cells and to determine if this interaction is critical for the tumorigenic characteristics of melanoma cells. Using computational prediction algorithms. IRF4-MEF2D PPI was found to be physically plausible. This was followed by co-immunoprecipitation (co-IP) experiments, proximity ligation assay (PLA) experiments and chromatin immunoprecipitation analysis. PLA experiments point toward an IRF4-MEF2D PPI in melanoma cells although further veri cations are warranted. In addition, preliminary phenotypic assays, including trypan blue exclusion and GFP competition assays, indicated that MEF2D itself may play a signi cant role in melanoma cells.
Benzer Tezler
- CD30 eksprese eden kutanöz T hücreli lenfoma olgularında FISH ve immünhistokimyasal yöntemlerle IRF4 geninde yeniden düzenlenme ve protein ekspresyonunun araştırılması
The investigation of IRF4 gene rearrangement and protein expression of CD30+ cutaneous T cell lymphomas with FISH and immunohistochemical methods
TUĞÇE ESEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Patolojiİstanbul ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CUYAN DEMİRKESEN
- Kırım kongo kanamalı ateşi tanısı konulan hastaların interferon regülatör faktör, interferon-alfa ve beta düzeylerinin araştırılması
Investigation of interferon regulator factor, interferon-alpha and beta levels in patients diagnosed with crimean-congo hemorrhagic fever
CANER ÖKSÜZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSivas Cumhuriyet ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEYİT ALİ BÜYÜKTUNA
- BMPR1A'nın plazma hücrelerinin gelişimine etkisinin ve germinal merkez dinamiklerindeki öneminin araştırılması
Investigation of the effect of bmpr1a in plasma cell development and its importance in germinal center dynamics
SELDA KARAASLAN
Doktora
Türkçe
2021
Allerji ve İmmünolojiHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE LALE DOĞAN
- Nodal diffüz büyük B- hücreli lenfoma olgularında Zap-70 ekspresyonunun morfolojik varyant ve fenotipik altgruplar ile ilişkisi
The relationship of Zap-70 expression with morphological variant and phenotypic subgroups in nodal diffuse large B-cell lymphoma cases
MELTEM ÖZNUR
- Bumetanid'in voltametrik yöntemle elektroanalitik davranışının incelenmesi
Investigation of electroanalytical behaviour of Bumetanide by voltammetry
ZERRİN ACAR
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiAnalitik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜHRE ŞENTÜRK