Geri Dön

Investigation of IRF4-MEF2D protein-protein interaction inmelanoma cells

Melanoma hücrelerinde IRF4-MEF2D protein-protein etkileşiminin incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 656351
  2. Yazar: LAILA SAMIR ABED HEDAYA
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biyoloji, Moleküler Tıp, Biochemistry, Biology, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 211

Özet

Kanser, dunya capnda onde gelen bir olum nedenidir. Protein-protein etkile simleri (PPE'ler), kanser hucrelerinin hayatta kalmasn, buyumesini ve cogalmasn uyaran onkojenik sinyal yollarnn temel birimini olusturur. Bu nedenle, kanserde PPE'lerin karakterizasyonu, onkojenik mekanizmalarn anlaslmasna yardmc olabilir ve olas terapotik hede ere sk tutabilir. _Interferon duzenleyici faktor 4 (IRF4), DNA'y baglamak ve islevini yerine getirmek icin PPI'lere buyuk olcude bagl olan bir transkripsiyon faktorudur. Uzun bir sure, IRF4'un lenfoid spesi k protein oldugu dusunuluyordu ve dolaysyla etkilesim ortaklarnn kes calsmalar bagsklk hucreleriyle snrlyd. Ancak, IRF4, melanositler ve melanom hucreleri de dahil diger hucre hatlarnda da ifade edilmektedir. C esitli genom capnda iliskilendirme calsmalar IRF4 genotiplerini pigmentasyon fenotipleri ve melanom tumorleri gelistirme riski ile iliskilendirdirmistir. Buna ragmen IRF4'un melanom hucrelerindeki rolu tam olarak anlaslamamstr. PPI'lere bagmllg nedeniyle, IRF4'un melanomdaki rolunu anlamaya yonelik ana yaklasmlardan biri, etkilesim ortaklarn belirlemektir. Arastrma grubumuzdaki baz onceki gozlemler, melanomda IRF4'un potansiyel bir ortag olarak MEF2D'ye isaret etmekteydi. Bu calsmann amac, melanom hucrelerinde IRF4 ve MEF2D arasndaki etkilesimi arastrmak ve bu etkilesimin melanom hucrelerinin tumorijenik ozellikleri icin kritik olup olmadgn belirlemektir. Hesaplamal tahmin algoritmalar  kullanlarak, IRF4-MEF2D PPI'nin ziksel olarak mumkun oldugu bulundu. Bunu koimmuncokturme deneyleri, yaknlk-temelli ligasyon deneyleri (PLA) ve kromatin immuncokturme analizi izledi. PLA deneyleri, melanom hucrelerinde bir IRF4-MEF2D PPI'ya isaret etse de, ek dogrulama deneylerine ihtiyac bulunmaktadr. Ek olarak, tripan mavisi dslama ve GFP rekabet deneylerini kapsayan fenotipik on deneyler, MEF2D'nin melanom hucrelerinde onemli bir rol aldgn gostermektedir.

Özet (Çeviri)

Cancer is a leading cause of death worldwide. Protein-protein interactions (PPIs) constitute a fundamental unit of the oncogenic signaling pathways that stimulate survival, growth and proliferation of cancer cells. Therefore, characterization of PPIs in cancer can help in understanding oncogenic mechanisms and shed the light on possible therapeutic targets. Interferon regulatory factor 4 (IRF4) is a transcription factor that highly depends on PPIs to bind DNA and execute its function. For a long time, IRF4 was thought to be lymphoid speci c protein, limiting the discovery of its interaction partners to immune cells. On the contrary, IRF4 is expressed in other cell lines including melanocytes and melanoma cells. Several genome wide association studies linked IRF4 genotypes with pigmentation phenotypes and the risk of developing melanoma tumors. Despite that, the role of IRF4 in melanoma cells is poorly understood. Due to its dependency on PPIs, one of the main approaches to understand its role in melanoma is identifying its interaction partners. Previous observations in our group pointed towards MEF2D as a potential partner of IRF4 in melanoma. The purpose of this study was to investigate the interaction between IRF4 and MEF2D in melanoma cells and to determine if this interaction is critical for the tumorigenic characteristics of melanoma cells. Using computational prediction algorithms. IRF4-MEF2D PPI was found to be physically plausible. This was followed by co-immunoprecipitation (co-IP) experiments, proximity ligation assay (PLA) experiments and chromatin immunoprecipitation analysis. PLA experiments point toward an IRF4-MEF2D PPI in melanoma cells although further veri cations are warranted. In addition, preliminary phenotypic assays, including trypan blue exclusion and GFP competition assays, indicated that MEF2D itself may play a signi cant role in melanoma cells.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    336417

    CD30 eksprese eden kutanöz T hücreli lenfoma olgularında FISH ve immünhistokimyasal yöntemlerle IRF4 geninde yeniden düzenlenme ve protein ekspresyonunun araştırılması

    The investigation of IRF4 gene rearrangement and protein expression of CD30+ cutaneous T cell lymphomas with FISH and immunohistochemical methods

    TUĞÇE ESEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Patolojiİstanbul Üniversitesi

    Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CUYAN DEMİRKESEN

  2. Tez No

    790755

    Kırım kongo kanamalı ateşi tanısı konulan hastaların interferon regülatör faktör, interferon-alfa ve beta düzeylerinin araştırılması

    Investigation of interferon regulator factor, interferon-alpha and beta levels in patients diagnosed with crimean-congo hemorrhagic fever

    CANER ÖKSÜZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSivas Cumhuriyet Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEYİT ALİ BÜYÜKTUNA

  3. Tez No

    666489

    BMPR1A'nın plazma hücrelerinin gelişimine etkisinin ve germinal merkez dinamiklerindeki öneminin araştırılması

    Investigation of the effect of bmpr1a in plasma cell development and its importance in germinal center dynamics

    SELDA KARAASLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Allerji ve İmmünolojiHacettepe Üniversitesi

    Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE LALE DOĞAN

  4. Tez No

    633150

    Nodal diffüz büyük B- hücreli lenfoma olgularında Zap-70 ekspresyonunun morfolojik varyant ve fenotipik altgruplar ile ilişkisi

    The relationship of Zap-70 expression with morphological variant and phenotypic subgroups in nodal diffuse large B-cell lymphoma cases

    MELTEM ÖZNUR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    PatolojiSağlık Bakanlığı

    Patoloji Ana Bilim Dalı

    UZMAN GÜLBEN ERDEM HUQ

  5. Tez No

    80086

    Bumetanid'in voltametrik yöntemle elektroanalitik davranışının incelenmesi

    Investigation of electroanalytical behaviour of Bumetanide by voltammetry

    ZERRİN ACAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Eczacılık ve FarmakolojiAnkara Üniversitesi

    Analitik Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZÜHRE ŞENTÜRK

Geri Dön