PAMOGK-Web: A framework for cancer sub-type identification using copy number variations
PAMOGK-Web: Gen kopya sayısı ile kanser alt-tip sınıflandırma platformu
- Tez No: 656392
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ABDULLAH ERCÜMENT ÇİÇEK, YRD. DOÇ. DR. ÖZNUR TAŞTAN OKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 44
Özet
Genetik faktörlerden kaynaklı hastalıklarda farklı hasta alt-gruplarının tespit edilmesi hem tedavi yöntemlerinin geliştirilmesi hem de hastalığın asıl sebeplerinin bulunması için önemlidir. Yıllar boyunca yapılan kanser araştırmaları sonucu genom, transkriptom, metabolom, ve proteom gibi farklı omik veri tiplerini içeren geniş bir veri havuzu oluşmuştur. Multiomik de denilen bu veri tipleri, tek veri yapısının yeterli olmadığı yerlede kanser tiplerinin altında yatan sebeplere farklı görüş açılarından izlenim verebilir. Daha önceki çalışmalarımızda farklı omik veri tiplerini kullanarak kanser alt-gruplarını tespit eden PAMOGK sistemini geliştirdik. PAMOGK gen yolaklarını temel alarak, multiomik veri tiplerinden gelen bilgilerle hastaları bilgi verici alt-gruplara ayırmaktadır. PAMOGK multiomik veri tiplerinin bir araya getirilmesi için genişletilebilir bir şekilde tasarlanmıştır ve bu çalışmanın ilk kısmında PAMOGK genişletilerek gen kopya sayısı veri yapısı eklenmiştir ve bu sayede algoritmanın sonuçlarının geliştirilmesi amaçlanmaktadır. İkinci bir katkı olarak PAMOGK-Web isminde bir online platform tanıtılmaktadır ve bu platform ile hem deneylerin yapılmasının kolaylaştırılması hem de daha geniş bir kullanıcı kitlesine hitap etmesi amaçlanmaktadır. PAMOGK-Web kullanıcılarının PAMOGK sistemini direk kullanmasına gerek kalmadan basit bir arayüz sağlamayı amaçlamaktadır ve halihazırda tanımlanmış deneyler içermektedir.
Özet (Çeviri)
Detection of molecular sub-groups of cancer is important for developing cancer therapeutics and to understand the underlying causes of the molecular differences in these groups. The cancer sequencing projects made multi-omics data available for large cancer cohorts. The multi-omics data provides multiple views into the cancer which can be used to find underlying causes from different perspectives and capture relations not possible with a single view approach. Previously, we developed a pipeline that uses multi-omics data to detect sub-groups of patients called PAMOGK. PAMOGK forms multiple views of the patients using pathways and multi-omics data and assess patient similarities under these views. PAMOGK was designed as a general framework that can be used to map many different omics data but was experimented with mutation, transcriptome, and proteome. In this work, we extend the use of PAMOGK with copy number variation data which shows comparable results to experiments without it. As a second contribution, we provide a web framework designed for PAMOGK easier to make it accessible to general users: PAMOGK-Web. This new web based framework is able to abstract the PAMOGK pipeline and provide a simple interface to run experiments and return results to the users. PAMOGK-Web will be using the generic design of PAMOGK to provide ready to use experiments that include setups using different omics data.
Benzer Tezler
- A pathway graph kernel based multi-omics approach for patient clustering
Hasta kümelemesi için yolak çizge çekirdeği bazlı bir çoklu-omik yaklaşımı
YASİN İLKAĞAN TEPELİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSabancı ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZNUR TAŞTAN OKAN
- Pamoik asit içeren tek kristallerin sentezi ve molekül yapılarının X –ışını kırınımı ile aydınlatılması
Synthesis of single crystal containing pamoic acid and structural characterisation by X-ray diffraction
TUĞBA ŞİMŞİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Fizik ve Fizik MühendisliğiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSA GÖGEBAKAN
- Pamoik asit ve bazı alifatik diamin türevleri ile koordinasyon polimerlerinin sentezi ve yapısal karakterizasyonu
Synthesis and structural characterization of coordination polymers with pamoic acid and some aliphatic diamine derivatives
AHMED KAREEM KHALAF KHALAF
- Linyitlerin şişmelerinin, çözünürlüklerine etkisi
The Effect of the swelling of lignites on their solubilities
SADIK ÇALIŞKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1992
Kimya MühendisliğiAnkara ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TANER TOĞRUL