İnterferon yolağı ile ilişkili hücresel proteinlerin influenza a virüsü konak özgüllüğüne etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of interferon pathway-related cellular proteins on influenza A virus host specificity
- Tez No: 657950
- Danışmanlar: PROF. DR. KADİR TURAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Genetik, Biochemistry, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 213
Özet
Amaç: Bu çalışmada İnfluenza A virüsleriyle enfekte ya da viral RNA polimeraz enzimini kodlayan plazmitler ile transfekte edilen HEK293 hücrelerinde interferonlarla ilişkili genlerin transkript düzeylerinin saptanması ve virüsler ile konak interferon savunma mekanizmaları arasındaki ilişkinin ve viral patogenezin aydınlatılmasına ışık tutacak verilerin elde edilmesi amaçlandı. Gereç ve yöntem: Çalışmada HEK293 hücreleri kullanıldı. Hücreler İnfluenza A/WSN/33/H1N1 (WSN) veya A/Duck/Pennsylvania/10,218/84/H5N2 (DkPen) virüsleriyle enfekte edildi ya da viral protein kodlayan plazmitlerle transfekte edildi. Hücrelerde interferonlar ile ilişkili genlerin transkript düzeyleri gerçek zamanlı PZR ile saptandı. Deneylerde 89 farklı gen için tasarlanan plakalar (PAHS-016ZD-6/Qiagen) kullanıldı. Genler için belirlenen rölatif transkript değerleri STAT3 geni değerleriyle normalize edildi ve farklı gruplarda transkript düzeyleri karşılaştırdı. Belirlenen bazı genler tarafından kodlanan proteinlerinin viral RNA polimeraz enzimine etkileri araştırıldı. Bulgular: Virüs enfeksiyonunun HEK293 hücrelerinde interferonlarla ilişkili genlerin transkript düzeylerinde büyük değişime neden olduğu görüldü. DkPen virüsleriyle enfekte hücrelerde WSN virüslerine göre daha fazla sayıda genin down-regüle olduğu saptandı (DkPen: 32 gen down-regüle, 18 gen up-regüle / WSN: 19 gen down-regüle, 32 genin up-regüle). Transfekte HEK293 hücrelerinde sentez edilen viral RNA polimeraz enzimi PA alt ünitesinin farklı yönlerde de olsa transkript düzeylerinde dramatik değişmelere neden olduğu görüldü. İnterferonlarla ilişkili seçilen proteinlerin çoğunun viral RNA polimeraz enzimini inhibe ettiği saptandı. Sonuç: İnsanlarda enfeksiyon yapan WSN virüsleri ile karşılaştırıldığında, kuş tipi DkPen virüslerinin HEK293 hücrelerinde daha fazla sayıda geni down-regüle ettiği saptandı. Özellikle viral polimeraz enzimi PA alt biriminin, hücrelerdeki genlerinin ekspresyonunu etkileyen önemli faktörlerden biri olduğu belirlendi. İnterferonlar ile ilişkili proteinlerin de virüs-konak spesifikliğini belirleyen etkenler arasında olduğu sonucuna varıldı.
Özet (Çeviri)
Objective: In this study, it was aimed to determine the transcript levels of genes related with interferons in HEK293 cells infected with influenza A viruses or transfected with plasmids encoding the viral RNA polymerase enzyme, and to obtain data for elucidation the relationship between viruses and host interferon defense mechanisms and viral pathogenesis. Material and methods: The HEK293 cells were used in the study. The cells were infected with Influenza A/WSN/33/H1N1 (WSN) or A/Duck/Pennsylvania/10,218/ 84/H5N2 (DkPen) viruses or transfected with plasmids encoding the viral proteins. Transcript levels of the genes related with interferons in the cells were quantified by real-time PCR. Plates designed for 89 different genes (PAHS-016ZD-6/Qiagen) were used in experiments. The relative transcript values of the genes were normalized with STAT3 gene values and transcript levels were compared in different groups. The effects of proteins encoded by defined genes on theviral RNA polymerase enzyme were investigated. Results: It was observed that the virus infection caused significant changes in transcript levels of the genes related with interferons in HEK293 cells. More genes were down-regulated in the cells infected with DkPen viruses than that of the WSN viruses (DkPen: 32 genes down-regulated, 18 genes up-regulated / WSN: 19 genes down-regulated, 32 genes up-regulated). The PA subunit of viral RNA polymerase enzyme expressed in transfected HEK293 cells, was shown to cause a dramatic change in transcript level, though in different ways. It was determined that most of the selected proteins related with interferons inhibit the viral RNA polymerase enzyme. Conclusion: A higher number of interferon-related genes were found to be down-regulated in the cells infected with avian type influenza A/DkPen viruses compared to the human type A/WSN. It was determined that especially the viral polymerase enzyme PA subunit is one of the important factors affecting the expression of genes in cells. It was concluded that proteins associated with interferons are also among the factors determining virus-host specificity.
Benzer Tezler
- Geriatrik popülasyonda immün sistem aktivasyonunun pteridin yolağı ilişkili parametrelerle değerlendirilmesi
Evaluation of immune system activation with pteridin pathway related parameters in geriatric population
HANDE SİPAHİ
Doktora
Türkçe
2011
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖNÜL ŞAHİN
PROF. DR. TERKEN BAYDAR
- Kan donörlerinde olası immün değişikliklerin pteridin yolağı ile ilişkili parametrelerle değerlendirilmesi
Evaluation of possible immune alterations in blood donors by pteridin pathway releated parameters
SONGÜL ÜNÜVAR
Doktora
Türkçe
2012
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TERKEN BAYDAR
- Hepatit B hastalarında klinik ile interferon yolağı genlerinin ilişkisinin değerlendirilmesi
Assessment of the relationship between clinical condition and interferon pathway genes in Hepatitis B patients
ÇİSEM ÇINAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA ARSLAN ATEŞ
- Investigation of baff expression and signaling pathway in Helicobacter-infected gastric epithelial cells on molecular level
Helikobakter – infekte mide epitel hücrelerinden baff üretiminin ve sinyal yolağının moleküler düzeyde araştırılması
MİRAY KARAYILAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Deciphering ikbke involvement in hepatocellular cancer hepg2 cells
Hepatoselüler kanser hepg2 hücrelerinde ıkbke'nin nasıl yer aldığının çözümlenmesi
ERTA XHAFA
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN İSMAİL GÖKTUNA