Geri Dön

Epigenetic determinants of nucleotide excision repair efficiency

Kesip çıkarmalı DNA onarım etkinliğinin epigenetik belirleyicileri

PDF İndir

  1. Tez No: 658448
  2. Yazar: ARDA ÇETİN
  3. Danışmanlar: DR. OGÜN ADEBALİ, DR. ÖZNUR TAŞTAN OKAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 65

Özet

Atmosferden geçerek güneş ışığının UV bileşenleri yeryüzüne ulaşır. Hücrelerin UVA ve UV-B'ye uzun süre maruz kalması, DNA hasarına neden olarak hücresel işlev bozukluklarına neden olur. Nükleotid eksizyon onarımı (NER), UV ile indüklenen dipirimidinler gibi büyük DNA eklentilerini tanımlayan ve ortadan kaldıran bir mekanizmadır. NER, hasar tanıma adımına bağlı olarak iki alt yolaktan oluşur: global (G-NER) ve transkripsiyona bağlı onarım (TC-NER). TCR, genlerin transkripsiyon zincirinde yer alırken, G-NER genom boyunca iki DNA zincirinde de aktiftir. Bazı kromatin yapıları, G-NER ve TC-NER'den oluşan NER'in işleyişinin etkilediği bildirilmiştir. TC-NER, yapıları transkripsiyon ve ilgili genomik aktivitelerle ilişkilidir. Bununla birlikte, G-NER verimliliğini etkileyen epigenetik faktörler yeterince araştırılmamıştır. Bu çalışmada, DNA hasarı ve onarım haritalarından ve üç hücre hattının histon modifikasyon haritalarından türetilen genom çapında veri kümelerini isledik. Genomik DNA hasarı, onarımı ve histon modifikasyon veri kümeleriyle, NER ve özellikle G-NER'in etkinliğini tahmin edebilecek epigenetik faktörleri ortaya çıkarmak için makine öğrenimi modelleri oluşturduk. Modellerimiz, genomik bölgelerin DNA onarım potansiyelini tahmin etmede yüksek doğruluk sağladı. Makine öğrenmesi yaklaşımımız, histon modifikasyonlarının kromatine, hasar türüne ve hücre tipine bağlı olarak, NER işleyişine etkisini göstermiştir. Hücrelerin epigenetik mimarisinin muhtemel global DNA onarım eğiliminin, dolayısıyla kanserde mutagenezin belirleyicisi olduğunu öne sürüyoruz.

Özet (Çeviri)

Passing through the atmosphere, UV components of sunlight reach the earth's surface. Long exposures of cells to UV-A and UV-B result in cellular dysfunctionalities by causing DNA damage. Nucleotide excision repair (NER) is a mechanism that identifies and removes bulky DNA adducts such as UV-induced dipyrimidines. NER consists of two sub-pathways with respect to its damage recognition step: global (G-NER) and transcription-coupled repair (TC-NER). TC-NER takes place on the transcribed strand of the genes, whereas G-NER is globally active throughout the genome. It has been reported some chromatin states affect the efficiency of NER which consists of G-NER and TC-NER, in combination. TC-NER is associated with transcription and related genomic features. However, epigenetic factors affecting the G-NER efficiency has been underexplored. Here, we processed the genome-wide datasets derived from DNA damage and repair maps as well as histone modification maps of the three cell lines. With the genomic DNA damage, repair, and histone modification datasets, we built machine learning models to reveal epigenetic factors that can be predictive of NER and particularly G-NER efficacy. Our models resulted in high accuracy prediction of DNA repair potential of the genomic regions. We suggest that cells' epigenetic architecture is likely the key determinant of global DNA repair bias, therefore, mutagenesis in cancer.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    854802

    Epigenetics of the mesenchymal to epithelial transition

    Mezenkimal epitelyal dönüşümün epigenetiği

    İNCİ YAPRAK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ

  2. Tez No

    841628

    Tuz stresi altında indol bütürik asit uygulamasının mısır (Zea mays L.) bitkisinde epigenetik değişimlerinin moleküler yöntemlerle belirlenmesi

    Determination of epigenetic changes by molecular methods of indole buyric acid application under salt stress in corn (Zea mays L.)

    MUSTAFA HAŞİMOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyoteknolojiIğdır Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BARIŞ EREN

  3. Tez No

    791223

    Prostat kanserli bireylerde tümör baskılayıcı (Gstp1, pten ve nkx3.1) genlerin ekspresyonu ile beslenme ve yaşam tarzı belirleyicilerinin ilişkisinin değerlendirilmesi

    Evaluation of the association between expression of tumor suppressor (Gstp1, pten and nkx3.1) genes and nutrition and lifestyle determinants in individuals with prostate cancer

    TEVFİK KOÇAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Beslenme ve DiyetetikGazi Üniversitesi

    Beslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİLÜFER TEK

  4. Tez No

    502614

    Expression analysis of hla-b gene in sporadic behcet syndrome patients

    Sporadik behçet sendromlu bireylerde hla-b geninin ekspresyon analizi

    ESRA KIZILTEPE KISAKESEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyoistatistikİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  5. Tez No

    713355

    Investigating the interactions of poly(A)-coralyne in crowded environments and the effect of DNA methylation on DDD-lysine and DDD-arginine interactions

    Kalabalık ortamda poly(A)-coralyne etkileşimlerinin ve DNA metilasyonunun DDD-lizin ve DDD-arginin etkileşimlerine etkisinin incelenmesi

    ZEYNEP SUVACI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyokimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL

Geri Dön