Epigenetic determinants of nucleotide excision repair efficiency
Kesip çıkarmalı DNA onarım etkinliğinin epigenetik belirleyicileri
- Tez No: 658448
- Danışmanlar: DR. OGÜN ADEBALİ, DR. ÖZNUR TAŞTAN OKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 65
Özet
Atmosferden geçerek güneş ışığının UV bileşenleri yeryüzüne ulaşır. Hücrelerin UVA ve UV-B'ye uzun süre maruz kalması, DNA hasarına neden olarak hücresel işlev bozukluklarına neden olur. Nükleotid eksizyon onarımı (NER), UV ile indüklenen dipirimidinler gibi büyük DNA eklentilerini tanımlayan ve ortadan kaldıran bir mekanizmadır. NER, hasar tanıma adımına bağlı olarak iki alt yolaktan oluşur: global (G-NER) ve transkripsiyona bağlı onarım (TC-NER). TCR, genlerin transkripsiyon zincirinde yer alırken, G-NER genom boyunca iki DNA zincirinde de aktiftir. Bazı kromatin yapıları, G-NER ve TC-NER'den oluşan NER'in işleyişinin etkilediği bildirilmiştir. TC-NER, yapıları transkripsiyon ve ilgili genomik aktivitelerle ilişkilidir. Bununla birlikte, G-NER verimliliğini etkileyen epigenetik faktörler yeterince araştırılmamıştır. Bu çalışmada, DNA hasarı ve onarım haritalarından ve üç hücre hattının histon modifikasyon haritalarından türetilen genom çapında veri kümelerini isledik. Genomik DNA hasarı, onarımı ve histon modifikasyon veri kümeleriyle, NER ve özellikle G-NER'in etkinliğini tahmin edebilecek epigenetik faktörleri ortaya çıkarmak için makine öğrenimi modelleri oluşturduk. Modellerimiz, genomik bölgelerin DNA onarım potansiyelini tahmin etmede yüksek doğruluk sağladı. Makine öğrenmesi yaklaşımımız, histon modifikasyonlarının kromatine, hasar türüne ve hücre tipine bağlı olarak, NER işleyişine etkisini göstermiştir. Hücrelerin epigenetik mimarisinin muhtemel global DNA onarım eğiliminin, dolayısıyla kanserde mutagenezin belirleyicisi olduğunu öne sürüyoruz.
Özet (Çeviri)
Passing through the atmosphere, UV components of sunlight reach the earth's surface. Long exposures of cells to UV-A and UV-B result in cellular dysfunctionalities by causing DNA damage. Nucleotide excision repair (NER) is a mechanism that identifies and removes bulky DNA adducts such as UV-induced dipyrimidines. NER consists of two sub-pathways with respect to its damage recognition step: global (G-NER) and transcription-coupled repair (TC-NER). TC-NER takes place on the transcribed strand of the genes, whereas G-NER is globally active throughout the genome. It has been reported some chromatin states affect the efficiency of NER which consists of G-NER and TC-NER, in combination. TC-NER is associated with transcription and related genomic features. However, epigenetic factors affecting the G-NER efficiency has been underexplored. Here, we processed the genome-wide datasets derived from DNA damage and repair maps as well as histone modification maps of the three cell lines. With the genomic DNA damage, repair, and histone modification datasets, we built machine learning models to reveal epigenetic factors that can be predictive of NER and particularly G-NER efficacy. Our models resulted in high accuracy prediction of DNA repair potential of the genomic regions. We suggest that cells' epigenetic architecture is likely the key determinant of global DNA repair bias, therefore, mutagenesis in cancer.
Benzer Tezler
- Epigenetics of the mesenchymal to epithelial transition
Mezenkimal epitelyal dönüşümün epigenetiği
İNCİ YAPRAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiGenom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ
- Tuz stresi altında indol bütürik asit uygulamasının mısır (Zea mays L.) bitkisinde epigenetik değişimlerinin moleküler yöntemlerle belirlenmesi
Determination of epigenetic changes by molecular methods of indole buyric acid application under salt stress in corn (Zea mays L.)
MUSTAFA HAŞİMOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiIğdır ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BARIŞ EREN
- Prostat kanserli bireylerde tümör baskılayıcı (Gstp1, pten ve nkx3.1) genlerin ekspresyonu ile beslenme ve yaşam tarzı belirleyicilerinin ilişkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of the association between expression of tumor suppressor (Gstp1, pten and nkx3.1) genes and nutrition and lifestyle determinants in individuals with prostate cancer
TEVFİK KOÇAK
Doktora
Türkçe
2023
Beslenme ve DiyetetikGazi ÜniversitesiBeslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLÜFER TEK
- Expression analysis of hla-b gene in sporadic behcet syndrome patients
Sporadik behçet sendromlu bireylerde hla-b geninin ekspresyon analizi
ESRA KIZILTEPE KISAKESEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyoistatistikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Investigating the interactions of poly(A)-coralyne in crowded environments and the effect of DNA methylation on DDD-lysine and DDD-arginine interactions
Kalabalık ortamda poly(A)-coralyne etkileşimlerinin ve DNA metilasyonunun DDD-lizin ve DDD-arginin etkileşimlerine etkisinin incelenmesi
ZEYNEP SUVACI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL