Identification of powdery mildew disease and genetic improvements in hazelnut
Fındıkta külleme hastalığının tanımlanması ve genetik olarak iyileştirilmesi
- Tez No: 658449
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Genetik, Bioengineering, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
Corylus avellana L. (fındık), besleyici ve nutrasötik özellikleri nedeniyle dünya çapında ekonomik açıdan önemli bir kuruyemiş türüdür. Külleme hastalığı, tüm dünyaya yayılan zorunlu biyotrofik mantar bitki patojenlerinin neden olduğu bir mantar enfeksiyonudur ve çeşitli bitkileri enfekte eder. Ürün kalitesini etkileyen oldukça bulaşıcı bir patojen olduğu için hızlı ve doğru bir genetik tanımlama yönteminin geliştirilmesi gerekmektedir. Bu tez çalışmasının içeriğinde, Türkiye'deki fındık yapraklarını etkileyen iki külleme patojeninin türlerini ve özelliklerini belirlemek için çalışılmıştır. Mikroskopi analizi ve genetik tanımlama sonucunda, bu patojenler Erysiphe corylacearum ve Phylactinia guttata olarak tanımlanmışlardır; patojenlerden ilki daha çok rastlanılan ve hasata zara verirken ikincisi daha az sıklıkla görülür. Sahada patojen tipini teşhis edebilmek için, yeni tasarlanmış E. corylacearum ve P. guttata'ya özgü primerlerin kullanımına dayanan yeni, hızlı ve uygun maliyetli bir metodoloji geliştirilmiştir. Sonuçlar, önerilen yaklaşımın, geleneksel ITS primerlerinin kullanımı ile tanıya kıyasla patojen tanı süresini 10 günden 1 güne düşürmüştür. Özellikle E. corylacearum'a özgü primerler saptama sınırına odaklanıldığında, patojen kopya sayısının hesaplanmasıyla kantitatif olarak tanımlanır. Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon (LAMP) yöntemi, adapte edilebilicek mekanizma ile patojenin sahada tanımlanmasını sağlayan E. corylacearum'a özgü 28S-LAMP primerleri ile kullanılabilir. Son olarak, Corylus avellana cv. Tombul genomu kullanılarak, küllemeye dirençli fındık ekinlerinin yolunu açan gen familyası Mildew Locus O (MLO) biyoinformatik olarak tesbit edilip, Genomda kopyalarının bulunduğu deneysel olarak kanıtlanılmıştır.
Özet (Çeviri)
Corylus avellana L. (hazelnut) is an economically important nut crop worldwide due to its nutritional and nutraceutical properties. Powdery mildew is a fungal infection caused by obligate biotrophic fungal plant pathogens distributed nearly worldwide and infects a wide range of plants. Being a highly contagious pathogen that effects the crop quality, a fast and correct genetic diagnosis efforts are highly demanded. In the content on this thesis work initial effort is given to identify the types and characteristics of two pathogens of powdery mildews that mostly infects hazelnut leaves in Turkey. As a result of unique microscopy analysis and genetical ancestor tracing they have been identified as Erysiphe corylacearum and Phylactinia guttata where first is more abundant and destructive and latter is less frequently observed. In order to be able to diagnose the type of pathogen on-field, a novel fast and cost-effective methodology based on the use of newly designed E. corylacearum and P. guttata specific primers is developed. Results suggest that the proposed approach reduces the pathogen diagnosis time 10 to 1 when compared with diagnosis with the use of conventional ITS primers. Focusing specifically on E. corylacearum specific primers limit of detection is identified quantitatively with calculation of pathogen copy number. Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) method is employed with E. corylacearum specific 28S-LAMP primers that enables the on-field identification of pathogen. Lastly, the genome sequencing of Corylus avellana cv. Tombul have been correctly sequenced that enabled the identification of resistant gene family Mildew Locus O (MLO) that paves way to powdery mildew resistant hazelnut crops.
Benzer Tezler
- Yerel, yabani ve ticari kabakgillerde külleme hastalık etmenleri, Podosphaera xanthii (=Sphaerotheca fuliginea Pollachi) ve Golovinomyces cichoracearum (=Erysiphe cichoracearum D.C)'nin belirlenmesi, tanılanması ve bu patojenlere karşı dayanıklı genotiplerin araştırılması
Determination and identification of Podosphaera xanthii (=Sphaerotheca fuliginea Pollachi) and Golovinomyces cichoracearum (=Erysiphe cichoracearum D.C) causal agents of powdery mildews on domestic, wild and commercial cucurbits and searching resistant cucurbit genotypes against these pathogens
MUSTAFA YÜCESON
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZER ÇALIŞ
- Çilekte külleme hastalığına neden olan fungal etmenin moleküler yöntemlerle tanısı ve alternatif kimyasallar kullanarak mücadele olanaklarının araştırılması
Identification of causal agent of strawberry powdery mildew disease with molecular techniques and research for control possibilities using alternative chemicals
BARBAROS ÇETİNEL
Doktora
Türkçe
2012
MikrobiyolojiEge ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİN ERSİN ONOĞUR
- Doğu Marmara Bölgesinde ayva bahçelerinde görülen külleme hastalık etmeninin tanılanması ve yaygınlığının belirlenmesi
Determination of incidence and identification of powdery mildew pathogen in quins orchards in East Marmara Region
HAKAN ERDOĞDU
- Biyoajan bakterileri kullanılarak bağ küllemesi (Uncinula Necator(Schw.)) hastalığının kontrolü
Control of powdery mi̇ldew (Uncinula Necator (Schw.)) by usi̇ng bacteri̇al bi̇ocontrol agents
GÜLŞİN DEMİR
- Bazı yerel ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.) çeşitlerinde küllemeye (Erysiphe graminis f. sp. tritici) dayanıklılığın belirlenmesi
Identification of powdery mildew (Erysiphe graminis f. sp. iritici) resistance in some bread wheat (Triticum aestivum L.) landraces
BUĞRA ERDEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
ZiraatGaziosmanpaşa ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET YILDIRIM