Geri Dön

Türkiye ve Irak hasta örneklerinden izole edilen karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae izolatlarının moleküler karakterizasyonu

Molecular characterization of carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae isolates obtained from patient samples in Turkey and Iraq

PDF İndir

  1. Tez No: 661295
  2. Yazar: AYBİKE BAŞER
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MİKAİL AKBULUT, DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR SAĞIROĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, PCR, Plazmit Tiplendirmesi, Karbapenem Direnci, Klebsiella pneumoniae, PCR, Plasmid Typing, Carbapenem Resistance
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 71

Özet

Bu çalışmada, çeşitli klinik örneklerden elde edilen 50 Klebsiella pneumoniae izolatının moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Karbapenem direnci, meropenem mikrodilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. Test edilen izolatların 50 tanesinde (25 Türkiye, 25 Irak), blaOXA, blaGES, blaVIM, blaKPC, blaNDM ve blaIMP karbapenem direnç genleri ve blaCTX-M, blaTEM, blaSHV genişlemiş spektrumlu direnç genleri spesifik primerler kullanılarak PCR yöntemi ile taranmıştır. Bu direnç genlerine ek olarak, OmpK35, OmpK36 porin genleri de PCR ile amplifiye edilmiş ve incelenmiştir. Amplikonlar dizilenmiş, pasteurre web sitesi ve uygun yazılımlar kullanılarak analiz edilmiştir. Βeta-laktamaz genlerinin oranı, blaTEM, blaNDM, blaOXA, blaSHV, blaGES ve blaKPC için sırasıyla 70, 50, 40, 34, 32 ve 4 olarak bulunmuştur. Çalışılan izolatlar arasında blaCTX-M, blaVIM ve blaIMP β-laktamaz genleri saptanmamıştır. İzolatların tamamında OmpK35 ve OmpK36 porin genleri PCR ile çoğaltılmış ve beklenilen boyutta ürün vermiştir. Bu izolatların antibiyotik direncinden sorumlu plazmitlerin sıklığını belirlemek için plazmit bazlı replikon tiplemesi yapılmıştır. Replikon tiplemesi için sadece 25 izolat çalışılmış ve incelenen tüm izolatlarda birden fazla tipte replikon tespit edilmiştir. İncelenen izolatlarda üçden dokuza kadar değişen sayıda çeşitli plazmid tipi tespit edilmiştir. İzolatların çoğunun aynı zamanda birden fazla tipte direnç genine sahip olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, OmpK35 ve OmpK36 porin genlerinde çeşitli varyasyonlar tespit edilmiştir.

Özet (Çeviri)

In this study Molecular characterization of 72 putative Klebsiella pneumoniae isolates obtained from various clinical specimens were carried out. MIC values of meropenem were determined by broth microdilution test to determine karbapenem resistance of those isolates. Of the tested isolates 50 of them further studied for presence of carbapenem resistance genes including blaOXA, blaGES, blaVIM, blaKPC, blaNDM, blaIMP and extended spectrum beta-lactamase genes including blaCTX-M, blaTEM, blaSHV by PCR. In addition to those resistance genes, OmpK35, OmpK36 porin genes were also studied. Amplicons were sequenced and analyzed by using pasterurre website and appropriate softwares. The ratio of β-lactamase genes was found to be 70, 50, 40, 34, 32, and 4, for blaTEM, blaNDM, blaOXA, blaSHV, blaGES and blaKPC respectively. blaCTX-M, blaVIM and blaIMP β-lactamase genes were not detected among the studied isolates. All isolates were found to be positive for OmpK35 and OmpK36 porin genes and expected size PCR product was obtained. Plasmid based replicon typing of those isolates were also carried out to determine the type of plasmids responsible from antibiotic resistance. Only 25 isolates were studied for replicon typing and more than one type of replicon was detected in all the studied isolates. Replicon types were ranging from three to nine among the studied isolates. Most of the Isolates were also carrying out more than one type of resistance genes. Also, several variations were detected in OmpK35 and OmpK36 porin genes.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    772260

    Serological investigation of peste des petits ruminants in lambs in Iraq-Kirkuk region

    Irak–Kerkük bölgesinde kuzularda küçük ruminant vebası (pestedes petits ruminants ppr)'ın seroprevalansı

    SARWAT KHORSHED RAHEEM

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Sağlık YönetimiVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    Sağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜLEYMAN KOZAT

  2. Tez No

    585606

    Türkiye'de göçmen sağlığı hizmetleri & bir merkez örneği

    Immigrant health services in Turkey & example of a center

    TUĞBA BABACAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Aile HekimliğiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Aile Hekimliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TARIK EREN YILMAZ

  3. Tez No

    562019

    Investigation of novel genes in autosomal dominant Behçet syndrome

    Otozomal dominant Behçet sendromunda özgün genlerin araştırılması

    GAMZE TURAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  4. Tez No

    90721

    Deniz suyu ve sedimentinde petrol kirliliği araştırmaları

    The Researchhes on oil pollution in sea water and sediment

    VESİLE SELMA ÜNLÜ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Su Ürünleriİstanbul Üniversitesi

    Deniz Biyolojisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ERDOĞAN OKUŞ

  5. Tez No

    577356

    Türkiye'de bulunan suriyeli sığınmacıların ulusal sağlık sistemi üzerine etkisinin değerlendirilmesi

    Assessment of Turkish health system resilience;the impact of syrian refugees on the turkish health system

    KEREM KINIK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Halk SağlığıBezm-i Alem Vakıf Üniversitesi

    Afet Tıbbı Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALPASLAN MAYADAĞLI

Geri Dön