Geri Dön

Karbapenem duyarlı olmayan klebsiella pneumoniae izolatlarının MLSt, maldı-tof, PFGE ile moleküler epidemiyolojisinin incelenmesi

Evaluating molecular epidemiology of carbapenem nonsusceptible klebsiella pneumoniae isolates with MLST, malditof, PFGE

PDF İndir

  1. Tez No: 709188
  2. Yazar: YUNUS EMRE İBİK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞEGÜL ÇOPUR ÇİÇEK
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: K. pneumoniae, karbapenem, PFGE, MLST, MALDI-TOF, K. pneumoniae, carbapenem, PFGE, MLST, MALDI-TOF MS
  7. Yıl: 2022
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 92

Özet

Giriş ve Amaç: Bu çalışmada Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde tedavi gören hastaların çeşitli klinik örneklerinden izole edilen karbapenem duyarlı olmayan K.pneumoniae suşlarında antibiyotik direnç genleri ile virülans genleri ve suşlar arası klonal ilişkisinin epidemiyolojik verilerle birlikte moleküler yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: VITEK-2 (BioMerieux, Fransa) otomatize sistemi ile karbapenem grubu duyarlı olmayan 32 adet K. pneumoniae izolatı çalışmaya dahil edildi. Kolistin dirençli 13 adet suş kolistin sıvı mikrodilüsyon test edildi. Karbapenem dirençli suşlarda sık görülen çeşitli antibiyotik direnç genleri ve virülans genleri PCR ile tarandı. Karbapenemazların hızlı tanısında kullanılan immunokromatografik testler ile PCR sonucu uyumlulukları karşılaştırıldı. Ayrıca hastanemizden izole edilen karbapenem duyarlı olmayan K. pneumoniae suşlarının klonal ilişkisini belirlemek amacıyla PFGE, MLST ve MALDI-TOF MS yöntemleri kullanıldı. Bulgular: Tüm suşlar için en yüksek direnç TZP, CAZ, FEP ve MEM'e karşı gösterildi. En duyarlı antibiyotik olarak ise gentamisin (%78,1) olarak bulundu. Suşların 31'inin karbapenemaz genlerinden en az birini taşıdığı PCR ile gösterildi. Bir suşta ise OXA-48+NDM birlikteliği gösterildi. Direnç genlerinden en sık SHV (%84,3) olmak üzere sırayla CTX-M-1(%46,8), OXA-48(%40,6), KPC(%40,6), TEM(%31,2), NDM(%18,8) olduğu bulundu. Virülans genlerinden en sık magA(%68,7) olmak üzere sırayla kpn(%59,3) ve K2(%9,3) tespit edildi. İmmünokromatografik testler PCR sonuçları ile %100 uyumlu bulundu. VITEK-2 otomatize sistem sonuçlarına göre kolistin dirençli bulunan tüm izolatlar kolistin sıvı mikrodilüsyon ile de dirençli bulundu. PFGE ile yapılan analizde izolatların 19'unun Tenover kriterlerine göre 6 farklı küme içinde kümelendiği gösterildi, diğer izolatlar ise birbirleriyle ilişkisiz olarak saptandı. MLST analizlerinde ST101 tipi %29 oranında en yaygın ST tipi olarak belirlendi. ST101'i sırasıyla ST16, ST307, ST14, ST147, ST309, ST377, ST395 ve ST2096 tipleri takip etmektedir. MALDITOF MS ile yapılan bakteriyel tanımlamada VITEK-2 ile arasındaki uyum %94,3 olarak bulundu. Moleküler tiplendirme değerlendirme sonucu suşlar arasındaki maksimum benzerlik %70'i geçmedi. Sonuç: Ülkemizde endemik olan OXA-48'in yanı sıra, dünya genelinde daha sık görülen KPC'nin giderek yaygınlaştığı tespit edildi. İmmünokromatografik testler maliyet iii etkinliği açısından değerlendirilerek laboratuvarlarda kullanılabilir. Moleküler tiplendirmede MLST ile PFGE sonuçlarının uyumlu olduğu gösterildi. Ancak MALDITOF MS ile uyumlu bulunmadı. Moleküler tiplendirme yöntemleri arasında PFGE en iyi yöntem olarak görülmektedir. Bakteriyel tanımlamada VITEK-2, MALDI-TOF MS ve MLST arasında farklılıklar bulunmaktadır. Karbapeneme dirençli bakterilerin enfeksiyon kontrolü açısından her kurum tarafından takip edilmesi, hem tüm dünyada global bir halk sağlığı sorunu haline gelen antibiyotik direnci ile mücadele için akılcı antibiyotik kullanım politikalarına hem de enfeksiyon kontrol önlemlerine katkı sağlayacaktır.

Özet (Çeviri)

Introduction and Purpose: This study aimed to evaluate antibiotic resistance genes and virulence genes and the clonal relationship of the carbapenem-nonsusceptible K.pneumoniae strains by molecular methods with epidemiological data which are isolated from various clinical specimens from patients treated at Recep Tayyip Erdogan University Training and Research Hospital. Materials and Methods: Thirty-two carbapenem non-susceptible K. pneumoniae isolates were included in the study with the VITEK-2 (BioMérieux, France) automated system. Thirteen colistin-resistant strains were tested with colistin microdilution method. Various antibiotic resistance genes and virulence genes frequently seen in carbapenem-resistant strains were screened by PCR. Immunochromatographic tests used in the rapid diagnosis of carbapenemases were compared with PCR results. In addition, PFGE, MLST and MALDI-TOF MS methods were used to determine the clonal relationship of carbapenemnonsuscetible K. pneumoniae strains isolated from our hospital. Results: For all strains, the highest resistance was demonstrated against TZP, CAZ, FEP and MEM. Gentamicin (78.1%) was found to be the most sensitive antibiotic. PCR demonstrated that 31 of the strains carried at least one of the carbapenemase genes. In one strain, the coexistence of OXA-48+NDM was shown. The most common resistance genes were determined as SHV (84.3%), CTX-M-1(46.8%), OXA-48(40.6%), KPC(40.6%), TEM(31.2%), NDM(18.8%) respectively. Among the virulence genes; magA (68.7%) was the most common, followed by kpn(59.3%) and K2(9.3%). Immunochromatographic tests were found to be 100% compatible with PCR results. According to the results of VITEK-2 automated system, all isolates found to be resistant to colistin were also found to be resistant by colistin broth microdilution. In PFGE analysis, it was shown that 19 of the isolates clustered in 6 different clusters according to the Tenover criteria, while the other isolates were found to be unrelated to each other. In MLST analysis, ST101 type was determined as the most common ST type with a rate of 29%. ST101 is followed by ST16, ST307, ST14, ST147, ST309, ST377, ST395 and ST2096, respectively. The compatibility rate between MALDI-TOF MS and VITEK-2 was found 94.3%, in bacterial identification. v As a result of the molecular typing evaluation, the maximum similarity between the strains was less than 70%. Conclusion: In addition to OXA-48, which is endemic in our country, it has been determined that KPC, which is more common in the world, is becoming increasingly common. In molecular typing, MLST and PFGE results were shown to be compatible. However, they were not compatible with MALDI-TOF MS. Among the molecular typing methods, PFGE is seen as the best method. There are differences between VITEK-2, MALDI-TOF MS and MLST in bacterial identification. Monitoring of carbapenemresistant bacteria by each institution in terms of infection control will contribute to rational antibiotic use policies and infection control measures to combat antibiotic resistance, which has become a global public health problem all over the world.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    882645

    Klebsiella pneumoniae suşlarında antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve karbapenemaz direnç allellerinin araştırılması

    Determination of antibiotic resistance profiles and investigation of carbapenemase resistance alleles in Klebsiella pneumaniae strains

    ESİN KARAMAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH ŞABAN BERİŞ

  2. Tez No

    510598

    Kan kültürlerinde üreyen klebsıella pneumonıae suşlarında, karbapenemaz direncinin matriks destekli lazer desorpsiyon/ iyonizasyonu-uçuş zamanı kütle spektrometresi ile belirlenmesi

    Determination of carbapenemase profiles of klebsiella pneumoniae isolated from blood cultures using matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry

    ABDULLAH YÜCEL BABA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    MikrobiyolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. METİN DOĞAN

  3. Tez No

    713685

    Deneysel karbapenemaz üreten klebsiella pneumoniae sepsisi modelinde, kolistin ve meropenem monoterapisi ile meropenem/ertapenem kombinasyonunun etkinliğinin karşılaştırılması

    Comparison of the efficiency of colistin and meropenem monotherapy and meropenem/ertapenem combination in the experimental carbapenemase-producing klebsiella pneumoniae sepsis model

    DENİZ YÜCE YILDIRIM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALPAY ARI

    PROF. SELMA TOSUN

  4. Tez No

    784245

    Yenidoğan yoğunbakım ünitesinden gönderilen örneklerden izole edilen bakteriyel ve fungal etkenlerin tanımlanması, antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi ve olası direnç genlerinin moleküler analizi

    Description of bacterial and fungal agents isolated from the samples sent from the newborn intensive care unit, determination of their antimicrobial sensitivity, and molecular analysis of possible resistance genes

    ERGİN KARACAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiKafkas Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH BÜYÜK

    PROF. DR. YASEMİN BAYRAM

  5. Tez No

    91753

    TEM-1 ve SHV-5 üreten bir klebsiella pneumoniae (ESBL) suşu ile oluşturulan nötropenik fare infeksiyon modelinde çeşitli antibiyotiklerin etkinliklerinin karşılaştırılması

    Başlık çevirisi yok

    ZEKAVER ODABAŞI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2000

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıMarmara Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

Geri Dön