Kan kültürlerinden izole edilen Klebsiella pneumoniae izolatlarında otomatize sistem ile belirlenen karbapenem duyarlılık profilinin referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon ile doğrulanması ve karbapenemaz genlerinin multipleks qPZR ile saptanması
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 934574
- Danışmanlar: PROF. DR. NİLAY ÇÖPLÜ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Mikrobiyoloji, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, karbapenem direnci, karbapenemaz genleri, Klebsiella pneumoniae, carbapenem resistance, carbapenemase genes
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Ankara Bilkent Şehir Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 147
Özet
Giriş ve Amaç: Klebsiella pneumoniae, özellikle immün yetmezlikli bireylerde ve hastane kaynaklı enfeksiyonlarda ciddi morbidite ve mortaliteye yol açan, gram-negatif bir patojendir. Son yıllarda artan karbapenem direnci, bu bakterinin neden olduğu enfeksiyonların tedavisini küresel ölçekte tehdit eden kritik bir sorun haline gelmiştir. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ), karbapenem dirençli K. pneumoniae (KDKp) izolatlarını“öncelikli patojen”olarak sınıflandırmış ve yeni tedavi stratejilerinin acilen geliştirilmesi gerektiğini vurgulamıştır. Türkiye, Avrupa'da KDKp insidansının en yüksek olduğu ülkelerden biridir. Ulusal Sağlık Hizmeti İlişkili Enfeksiyonlar Sürveyans Ağı (USHİESA) 2022 verilerine göre, K. pneumoniae izolatlarının %66.6'sı karbapenem dirençli olarak raporlanmıştır. Bu durum, enfeksiyon kontrol önlemleri ve doğru antimikrobiyal yönetiminin önemini artırmaktadır. Bu çalışmanın temel amacı, kan kültürlerinden izole edilen K. pneumoniae izolatlarında otomatize sistemle belirlenen ertapenem ve meropenem duyarlılık sonuçlarının, referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon testi ile doğrulamaktır. Ayrıca izolatlardaki olası karbapenemaz genlerini, (blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP, blaOXA-48) multipleks qPZR ile saptayarak örneklemimizdeki gen dağılımını ortaya koymak ve karbapenemaz gen varlığı ile karbapenem duyarlılık profili arasındaki korelasyonu analiz etmektir. Gereç ve Yöntem: Temmuz-Aralık 2023 arasında Ankara Bilkent Şehir Hastanesi'nde, kan kültürlerinden izole edilen 151 K. pneumoniae suşu üzerinde karbapenem direnci ve karbapenemaz genleri araştırılmıştır. İzolatların tanımlaması MALDI-TOF MS (BioMérieux, France) cihazında yapılmıştır. Antibiyotik duyarlılık testleri VITEK-2 ® ADT N420 (BioMérieux, France) kartı kullanılarak VITEK-2 Compact® (BioMérieux, France) cihazında yapılmış, sıvı mikrodilüsyon test (SMD) yöntemiyle doğrulanmıştır. VITEK-2® ADT ve sıvı mikrodilüsyon yöntemlerine ait karbapenem minimum inhibitor konsantrasyonu (MİK) değerleri, EUCAST, MİK ve zon çaplarını yorumlamada kullanılan sınır değerleri (v.15) rehberine göre değerlendirilmiştir. xiii İzolatların DNA izolasyonu Hızlı Nükleik Asit Ekstraksiyon Kiti (Bioeksen, Türkiye) kullanılarak Zybio EXM3000 (Zybio, Çin) cihazında yapılmıştır. Karbapenemaz genleri (KPC, NDM, VIM, IMP, OXA-48 vb.), Bio Speedy Carbapenem Resistance qPZR Kit (Bioeksen, Türkiye) ile Bio-Rad CFX96 cihazında analiz edilmiştir. Bulgular: VITEK-2 ADT'nin SMD yöntemine kıyasla ertapenem için kategorik uyumu (KU) %98, esansiyel uyumu (EU) %88; meropenem için KU %85,4 ve EU %86,7 olarak bulunmuştur. Çalışmaya dahil edilen 151 K. pneumoniae izolatının %51,7'sinde en az bir karbapenemaz geni (blaOXA-48, blaNDM, blaKPC, blaOXA-23, blaIMP) tespit edilmiş olup; en sık gözlenen karbapenemazlar blaOXA-48 (%41,9) ve blaNDM (%37,8) olarak saptanmıştır. Çalışmamızda, ertapenem için VITEK-2 ADT'nin, blaKPC ve blaOXA-48 saptanan izolatlardaki KU oranı %100, blaNDM üreten izolatlardaki KU oranı %88,8 olarak saptanmıştır. VITEK-2 ADT'nin SMD'ye kıyasla meropenem için KU ise %86 olarak bulunmuştur. Bu oran, KPC-üreten izolatlarda 10/12 (%83,3) ve blaNDM-üreten izolatlarda 15/18 (%83,8) ile uyumlu iken, OXA-48-üreten izolatlarda 10/22 (%45,4) şeklinde kaydedilerek heterojen bir dağılım sergilemiştir. Sonuç: Çalışmamızda, VITEK-2 ADT ile referans SMD yöntemi arasında ertapenem ve meropenem duyarlılık testlerinde yüksek KU (%88-98) sağlanmış olmakla birlikte, OXA-48-üreten izolatlarda meropenem için küçük hata oranlarının görece fazlalığı dikkat çekmiştir. Otomatize sistemlerinin, karbapenemaz gen varlığında karbapenem duyarlılık profilinde farklılıklar olabileceği gösterilmiştir. xiv Karbapenemaz üreten Enterobacterales (KÜE) izolatlarında karbapenemazların klonal yayılımının hızlı olması, bu grubun yüksek salgın riski taşımasına neden olmakta; bu nedenle enfeksiyon kontrol önlemleri, karbapenemaz üretmeyen izolatlara kıyasla daha etkin ve istikrarlı stratejilerle uygulanmalıdır. Bu yüzden KÜE yönetiminde, yalnızca fenotip bazlı sınıflandırma yeterli olmayabilir; fenotipik testler, genotipik doğrulama ile desteklenmelidir. Sonuç olarak, direnç mekanizmalarının moleküler epidemiyolojisinin aydınlatılması ve yerel tedavi rehberlerinin bu verilerle güncellenmesi, antimikrobiyal yönetim stratejilerinin standartlaştırması için kritik öneme sahiptir.
Özet (Çeviri)
Introduction and Objective: Klebsiella pneumoniae constitutes a Gram-negative pathogen associated with substantial morbidity and mortality, particularly among immunocompromised populations and in healthcare-associated infections. The emergence of carbapenem resistance has escalated into a critical global challenge, complicating therapeutic interventions against infections caused by this organism. The World Health Organization (WHO) designates carbapenem-resistant K. pneumoniae (CRKP) as a priority pathogen, underscoring the urgent necessity for novel therapeutic strategies. Turkey reports among the highest CRKP incidences in Europe, with 66.6% of K. pneumoniae isolates classified as carbapenem-resistant per 2022 data from the National Healthcare-Associated Infections Surveillance Network (USHİESA). This underscores the imperative for robust infection control protocols and antimicrobial stewardship. This study aimed to validate automated susceptibility testing results (ertapenem and meropenem) for CRKP isolates from bloodstream infections against the reference broth microdilution (BMD) method, while concurrently characterizing the distribution of carbapenemase-encoding genes (blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP, blaOXA-48) via multiplex qPZR and correlating genotypic profiles with phenotypic susceptibility. Materials and Methods: A cohort of 151 K. pneumoniae isolates recovered from blood cultures at Ankara Bilkent City Hospital (July–December 2023) underwent phenotypic and genotypic analysis. Bacterial identification was performed via MALDI-TOF mass spectrometry (BioMérieux, France). Antimicrobial susceptibility testing utilized the VITEK-2® Compact system (AST N420 card; BioMérieux, France), with Broth microdilution (BMD) serving as the reference standard. Minimum inhibitory concentrations (MICs) for carbapenems were interpreted per EUCAST guidelines (v.15). Genomic DNA was extracted using the Rapid Nucleic Acid Extraction Kit (Bioeksen, Turkey) on the Zybio EXM3000 platform (Zybio, China), followed by detection of carbapenemase genes via multiplex qPZR (Bio Speedy Carbapenem Resistance qPZR Kit; Bioeksen, Turkey) on a Bio-Rad CFX96 thermocycler xvi Results: Comparative analysis demonstrated categorical agreement (CA) and essential agreement (EA) between VITEK-2 ADT and BMD of 98% and 88%, respectively, for ertapenem, and 85.4% (CA) and 86.7% (EA) for meropenem. Carbapenemase genes were detected in 51.7% (78/151) of isolates, with blaOXA-48 (41.9%) and blaNDM (37.8%) predominating. VITEK-2 ADT exhibited 100% CA for ertapenem in blaKPC and blaOXA-48-positive isolates, versus 88.8% in blaNDM producers. For meropenem, CA was 86% overall, with 83.3% concordance in blaKPC-positive isolates (10/12), 83.8% in blaNDM-positive isolates (15/18), and 45.4% in blaOXA-48-positive isolates (10/22), indicating heterogeneous discordance. Conclusion: While automated susceptibility testing demonstrated high concordance (88– 98%) with BMD for ertapenem and meropenem, discrepancies in meropenem categorization among blaOXA-48-harboring isolates necessitate heightened scrutiny. Phenotypic susceptibility profiles may vary depending on the underlying carbapenemase genotype, emphasizing the limitations of relying solely on automated systems for carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE). The rapid clonal dissemination of CPE isolates underscores their heightened epidemic potential, mandating stringent infection control measures augmented by molecular surveillance. Phenotypic susceptibility testing should be complemented by genotypic confirmation to optimize therapeutic decision-making. Elucidating the molecular epidemiology of resistance mechanisms and integrating these insights into localized treatment guidelines are pivotal for advancing evidence-based antimicrobial stewardship and mitigating the public health threat posed by CRKP.
Benzer Tezler
- Hastanemizde klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli klebsiella pneumoniae suşlarındaki fosfomisin direnç durumlarının araştırılması
Başlık çevirisi yok
UĞUR KÜÇÜKSU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜNEVVER UFUK HASDEMİR
- Kan kültüründen izole edilen karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae ve Escherichia coli suşlarında karbapenemaz varlığının fenotipik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Investigation of the presence of carbapenemase in K. pneumoniae and E.coli strains isolated from blood culture by phenotypic and molecular methods
ASİYE BIÇAKÇIGİL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BANU SANCAK
- Yoğun bakım hastalarının kan kültürlerinden izole edilen çoklu ilaca dirençli acinetobacter baumannii ve klebsiella pneumoniae'nin tüm genom dizileme analizi ile karşılaştırılması
Comparison of multiple drug resistant acinetobacter baumannii and klebsiella pneumoniae isolated from blood cultures of intensive care patients by whole genome sequencing analysis
NOOR ABDULLAH HUSSAIN HUSSAIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA KÖKSAL ÇAKIRLAR
- Kan kültürlerinden izole edilen K. pneumoniae, K. oxytoca, E. coli izolatlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamaz enzimi varlığının araştırılması
Investigation of existence of extended spectrum beta lactamase enzyme in K. pneumoniae, K. oxytoca, E. coli isolated from blood culture
ZERRİN DEMİRÖZÜ
- Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae suşlarındaki karbapenem direnci ile virülans faktörleri arasındaki ilişkinin moleküler yöntemlerle araştırılması
The investigation of the relationship between carbapenem resistance and virulence factors of Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae strains by using molecular methods
ESRA DENİZ CANDAN