Geri Dön

The roles of long noncoding RNA DANCR in cellular biological pathways

Hücresel biyolojik yolaklarda uzun kodlanamayan RNA DANCR'ın rolleri

PDF İndir

  1. Tez No: 666639
  2. Yazar: NURDENİZ NALBANT
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRE DENİZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Moleküler Tıp, Biotechnology, Genetics, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler ve Translasyonel Biyotıp Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 156

Özet

İnsan genomunun %2'sinin proteini kodlayan genlerden oluştuğu gösterilmiştir. Bu genomun %80'i transkript edilse de bu RNA'lar proteine çevrilmemektedir. Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNAs) 200 nükleotidden daha uzundur ve genellikle doku veya hücre tipine spesifik ifade edilir. Çoğunlukla sitoplazmada bulunan DANCR (Farklılaşma Antagonize Edici Protein Kodlamayan RNA), onko-lncRNA olma potansiyeline sahiptir. Çalışmalar, DANCR'nin aşırı ifadesinin hücre proliferasyonunu, tümör gelişimini ve metastazını etkileyerek farklı kanser türlerinin oluşumunda rol oynayabileceğini göstermiştir. Bununla birlikte, tümör ilerlemesindeki potansiyel rolleri hakkında hala bilmediğimiz sorular var. Önceden, insan kolorektal kanser (HCT116) ve fare embriyo fibroblast (MEF) hücrelerini doksorubisinle muamele edip RNA-dizileme yapmıştık. Hücrelerinin doksorubisin ile farklı zamanlar boyunca muamele edilmesinin DANCR ifadesini değiştirdiğini bulmuştuk. Bu bulgudan sonra, DANCR gen lokusunu, CRISPR/Cas9 teknolojisi ile HCT116'dan silmiştik. Bu tez çalışmasındaysa, hücresel süreçte DANCR rolünü araştırmak için, DANCR'ın aşırı ifade edildiği yabanıl tip (WT) ve DANCR ifadesinin geri konduğu DANCR'ı silinmiş hücreleri (KO) oluşturularak sırasıyla OE ve Rescue olarak isimlendirildi. DANCR rolünü analiz etmek için çeşitli hücresel deneyler yapıldı. Bu bulgulara göre DANCR, hücre proliferasyonunu, 3D sferoid ve ankrajdan bağımsız özellikleri artırmaktadır. Ayrıca, DANCR aşırı ifadesi S fazını artırır, ancak DANCR'ın silinmesi G1 fazını artırır. DANCR eksikliği ve fazlalığı, parental hücrelere kıyasla doksorubisine direnç geliştirir. DANCR'nin yarışan endojen RNA rolünü araştırmak için RNA-dizileme ve biyoinformatik analizi yapıldı ve aday miRNA'lar ve DANCR yokluğunda ifadesi değişen miRNA hedefli mRNA'lar bulundu. Bu yüksek lisans tez çalışması, DANCR'nin kolorektal kanser hücre hattındaki hücresel biyolojik yollardaki rollerini belgeler.

Özet (Çeviri)

It has been shown that 2% of the human genome comprised of genes encoding protein. Although 80% of this genome is transcribed, these transcripts are not translated into protein. Long non-coding RNAs (lncRNA), which are longer than 200 nucleotides, are more specifically expressed for tissue or cell types. DANCR (Differentiation Antagonizing Non-Protein Coding RNA) is mostly located in the cytoplasm and has potential to be a potential onco-lncRNA. Studies have shown that overexpression of DANCR may play a role in the formation of various cancers by affecting cell viability, cell proliferation, tumor development, stemness and metastasis. However, there are still issues that we do not know about DANCR's true roles in tumor progression. We, previously, had treated human colorectal cancer (HCT116) and mouse embryo fibroblast (MEF) cells with doxorubicin and performed RNA-seq analysis. We had found that doxorubicin treatment deregulates DANCR expression depending on treatment durations. After that finding, DANCR gene locus had been deleted from HCT116 by CRISPR/Cas9 technology. In this Thesis, to examine DANCR's role in cellular process, DANCR overexpressing WT cells and and DANCR expression restored KO cells were created and named OE and Rescue, respectively. Cellular assays were performed to analyze DANCR role. According to these findings, DANCR increases cell proliferation, 3D spheroid and anchorage independent features. Also, DANCR overexpression increases S phase but DANCR knock out increases G1 phase. DANCR deficiency and redundancy cause resistant to doxorubicin compared to corresponding parental cells. RNA seq and bioinformatics analyses were done to investigate competing endogenous RNA roles of DANCR and candidate miRNAs and mRNAs targets of these miRNAs were identified in differentially expressed genes in DANCR deficiency. This Master's thesis study documents the roles of DANCR in cellular biological pathways in a colorectal cancer cell line.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    648101

    The role of long non-coding RNA DANCR in the DNA damage response

    Uzun kodlamayan RNA DANCR'ın DNA hasarına karşı rolü

    GÜLİN BARAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyolojiAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi

    Tıp Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRE DENİZ

  2. Tez No

    607482

    LNCRNA'ların pankreas kanserinin tanı ve prognozundaki önemi

    Significance of LNCRNA's in diagnosis and prognosis of pancreatic cancer

    NEVİN ORUÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    GastroenterolojiEge Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATMA ZUHAL EROĞLU

  3. Tez No

    873997

    Kolon poliplerinde ve kolon adenokanserlerinde uzun kodlamayan RNA'ların ekspresyon düzeylerinin karşılaştırılması

    Comparison of expression levels of long non-coding RNAs in colon polyps and colon adenocarcinomas

    SAMET EBİNÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESRA GÜZEL TANOĞLU

  4. Tez No

    447197

    Kodlama yapmayan uzun RNA HOTTIP' in periampuller bölge tümörlerindeki klinik öneminin araştırılması

    Investigation of the long noncoding RNA hottip for clinic implications in the periampullary region tumors

    ÖZKAN BALÇIN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Genel CerrahiUludağ Üniversitesi

    Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EKREM KAYA

  5. Tez No

    544205

    Uzun kodlamayan RNA ZEB2NAT‟ın MCF7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücre hatlarında EMT, metastaz ve apoptoz üzerinden etkilerinin araştırılması

    Investigation of the effects of long noncoding RNA ZEB2NAT via EMT, metastasis and apoptosis in MCF7 and MDA-MB-231 breast cancer cell lines

    CANAN EROĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Tıbbi BiyolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERCAN KURAR

Geri Dön