Homogeneous time resolved fluorescence assay with candida auris BDF1 for inhibitor screening
Inhibitör taraması için candida auris BDF1 ile homojen zaman çözümlü floresans deneyi
- Tez No: 670631
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP KANLIDERE, DR. DİMİTRİOS SKOUFİAS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Antifungal ajanlar, Bromodomain, Candida auris, Histonlar, İnhibitör, Antifungal agents, Bromodomain, Candida auris, Histones, Inhibitor
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yeni ortaya çıkan bir Candida türü olan Candida auris, sebep olduğu hastane içi salgınlar ve bağışıklık sistemi zayıflamış hastalarda yüksek ölüm oranı nedeniyle sağlık uzmanlarını alarma geçirdi. Candida auris, günümüzde bilinen tüm antifungal ilaç sınıflarına dirençlidir. Bu çalışma, bir DNA modülatörü olan bromodomain içeren protein Bdf1'i hedefleyen yeni bir epigenetik stratejiye dayanmaktadır. Çalışmanın temel amacı bu proteine karşı bileşiklerin bulunması için yüksek verimli taramaya gerekli araçları geliştirmektir. Bu hedef doğrultusunda, C. auris varsayılan Bdf1 bromodomainleri spesifik olarak ifade edildi, saflaştırıldı ve homojen zamanla çözümlenmiş floresan deneyleri için optimize edildi. Ek olarak testte kullanılacak asetil ve butiril içeren modifiye histon kuyruk peptidleri sentezlendi. Elde edilen sonuçlar, C. auris bromodomainlerine karşı inhibitörlerin bulunması için hazırlanan reaktiflerin yüksek verimli tarama ile kullanılabileceğini göstermiştir. Bir ön çalışma olarak, C. glabrata Bdf1 inhibitörü olan 409 isimli bileşiğin etkisi test edildi. C. auris Bdf1'in yalnızca bir bromodomaininin 409 bileşiğine duyarlı olduğu görüldü. Bu çalışma ile ayrıca, asetil dışındaki translasyon sonrası modifikasyonlara bromodomain afinitesi, ilk kez mantar türleri üzerinde değerlendirilecek ve ilerideki in vitro ve in vivo deneylerde mantarlara karşı daha spesifik bileşiklerin seçilmesine yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Candida auris, a newly emerging Candida species, has put the healthcare professionals on alert because of the endonosocomial outbreaks it causes and its high mortality rate with immune compromised patients. To date, Candida auris is resistant to all known classes of available antifungal drugs. This work is based on a novel epigenetic strategy targeting Candida auris Bdf1 bromodomain containing protein, a DNA modulator protein and has its main goal to develop the necessary tools for high throughput screening of compounds against it. In that goal C. auris putative Bdf1 bromodomains were specifically expressed, purified and optimized for homogeneous time resolved fluorescence assays. Additionally modified histone tail peptides bearing acetyl and butyryl to be used in the assay were synthesized. The results have shown that the reagents prepared can be used for high throughput screening of inhibitors against C. auris bromodomains. As a preliminary study C. glabrata Bdf1 inhibitor compound 409 was tested. Only one bromodomain of C. auris Bdf1 seemed sensitive to compound 409. Furthermore bromodomain affinity to post-translational modifications other than acetyl will be monitored for fungal species for the first time that will help select more specific antifungal compounds to be assessed for later in vitro and in vivo assays.
Benzer Tezler
- Biointerfacial mechanical modulation of model lipid membranes by gramicidin D: A quartz crystal microbalance with dissipation analysis
Gramisidin D'nin model lipid membranlarda biyoarayüzeysel mekanik modülasyonunun disipasyonlu kuvars kristal mikroterazi analizi
ŞEBNEM SEHERLER
Doktora
İngilizce
2026
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ ABDULHALİM KILIÇ
- Structural, optical and mechanical properties of polyacrylamide hydrogels doped with multiwalled carbon nanotubes
Çok duvarlı karbon nanotüp katkılı poliakrilamit hidrojellerin yapısal optik ve mekanik özelliklerinin incelenmesi
MERT CAN ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DEMET AKTAŞ
- White-emitting conjugated polymer nanoparticles:Tuning emission via förster resonance energy transfer in nanostructures assembled through click reactions
Beyaz ışıma yapan konjuge polimer nanoparçacıkları: Çıtçıt tepkimeleriyle oluşturulan nanoyapıların ışımalarının förster rezonans enerji transferi ile ayarlanması
HAMİDOU KEİTA
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Kimyaİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DÖNÜŞ TUNCEL
- Constructing a reynolds stress model of decaying homogeneous isotropic turbulence using physics informed neural network
Fizik bilgisiyle desteklenmiş sinir ağı kullanarak sönümlenen homojen izotropik türbülans için bir reynolds gerilme modelinin oluşturulması
DENİZ GÜNSEREN
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Havacılık ve Uzay MühendisliğiÖzyeğin ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL ARI
DOÇ. DR. ÖZGÜR ERTUNÇ
- Türkiye Cumhuriyeti'nin azınlık politikası kapsamında Türk Musevi Cemaati'nin durumu ve faaliyetleri
The situation and activities of the Turkish Jewish Society under the minority policy of the Turkish Republic
ELİF KANDÖKER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
TarihAnkara Hacı Bayram Veli ÜniversitesiTarih Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN ŞERİF KAYMAZ