Quikchange nokta mutasyonu tekniği ile elde edilentolaııı-eunag geninin escherıchıa colı'de ekspresyonuve enerji uygulamaları
Generation and expression of tola iii-eunag gene byquikchange site directed mutation technique in escherichiacoli and energy applications
- Tez No: 672419
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YAKUP ULUSU, PROF. DR. SAVAŞ SÖNMEZOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyomühendislik, Biochemistry, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karamanoğlu Mehmetbey Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Floresans proteinler ilk 1960'lı yıllarda keşfedilirken üzerinde yapılan mutasyon çalışmaları ile birçok varyantları elde edilmiştir. UnaG floresans proteini ligand (Un-konjuge Bilirubin) ile aktive olabilen, bilirubine yüksek afinite ve özgünlükle bağlanarak UV ışık altında ışıma yapan bir floresans proteindir. Üzerinde yapılan mutasyon çalışmaları sonucunda geliştirilmiş (eUnaG) UnaG floresanss proteini, yabani tip (Wild type) UnaG floresans proteine göre % 230 floresans ışıma yaptığı, kuantum veriminin arttığı görülmüştür. Bu tez çalışmasında yabani tip UnaG geni üzerinde QuikChange Site Directed Mutagenesis (Nokta mutasyonu) tekniği ile V2L mutasyonu gerçekleştirilerek Escherichia coli pTolT heterolog protein ekspresyon sisteminde üretilmiş, afinite kromatografisiyle saflaştırılmış ve karakterizasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Protein üretim verimini artırmak ve inklüzyon cisimciği oluşumlarını engellemek amacıyla eUnaG, E.coli'nin intermembran proteini olan TolAIII ile birlikte kimerik olarak ifade edilmiştir. Yabani tip ve mutant UnaG proteinleri SDS-PAGE jel sonuçlarına göre yüksek çözünürlük ve konsantre halde saf olarak elde edilmiştir. Yapılan mutasyon sonucu, füzyon olarak üretilen ve saflaştırılan V2L UnaG floresans proteini yabani tiple karşılaştırmalı olarak incelendiğinde sırasıyla eksitasyon 495 nm, 498,6 nm; emisyon 532,8 nm, 531,8 nm olarak belirlenmiştir. Her iki proteine ait BR afinitelerinin belirlenmesi amacıyla titrasyon çalışmaları gerçekleştirilerek, Lineer doyğunluk eğrileri çizilmiştir. Sonuç olarak TolAIII-eUnaG, yabani tip UnaG'a göre % 200'ün üzerinde bir emisyon göstermiştir. Yabani tip UnaG ve V2L UnaG floresans biyomalzemelerinin tek başına boya molekülü olarak kullanıldığı fotovoltaik hücreler dikkate alındığında V2L UnaG + BR temelli fotovoltaik hücreler % 0.26 verimlilik ile en yüksek verimi göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Fluorescent proteins were first discovered in the 1960s and many variants have been obtained by mutation studies on them. UnaG is a fluorescent protein that can be activated by ligand (Unconjugated Bilirubin), binds to bilirubin with high affinity and specificity and radiates under UV light. eUnaG developed as a result of mutation studies on it was observed to emit 230 % fluorescence compared to wild type UnaG fluorescence protein and increase the quantum efficiency. In this thesis study, V2L mutation was performed on the wild type UnaG gene by Quikchange site directed mutagenesis technique, produced in Escherichia coli pTolT heterologous protein expression system, purified by affinity chromatography and characterization studies were carried out. In order to increase protein production efficiency and prevent inclusion body formation, eUnaG was expressed chimerically with TolAIII, the intermembrane protein of E. coli. Wild type and mutant UnaG proteins were obtained pure in high resolution and concentrated form according to SDS-PAGE gel results. As a result of the mutation, when the V2L UnaG fluorescence protein produced and purified as fusion was compared with wild type, excitation was 495 nm, 498.6 nm, emission was determined to be 532.8 nm, 531.8 nm respectively. Titration studies were carried out in order to determine the BR affinity of both proteins and linear saturation curves were drawn. As a result, TolAIII-eUnaG showed an emission of over 200 % compared to wild type UnaG. Considering the photovoltaic cells where wild type UnaG and V2L UnaG fluorescence biomaterials were used as dye molecules alone, V2L UnaG + BR based photovoltaic cells showed the highest efficiency with 0.26 % efficiency.
Benzer Tezler
- pTOLT vektörünün modifikasyonu ve UnaG floresans proteininin Escherichia coli de üretilmesi
Modification of pTOLT vector and production of UnaG fluorescent protein in E.coli
ERMAN KORKMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyokimyaGaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSA GÖKÇE
- UnaG proteini varyantının (R112/132Q) rekombinant dna teknikleriyle üretilmesi
Production of variant UnaG protein (R112/132Q) via recombinant DNA techniques
ZEYNEP DEDE
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyokimyaKaramanoğlu Mehmetbey ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAKUP ULUSU
- Engineering geranyl diphospate c-methyltransferase for the development of new diterpenoid precursors
Yeni diterpen öncülleri geliştirmek amacıyla geranil difosfat c-metiltransferaz enziminin değiştirilmesi
CANER AKIL
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyokimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA KÖKSAL
- Alanine scanning on the active site of a novel esterase
Yeni bir esteraz enziminin aktif bölgesinde alanin taraması
SEDA KARAKAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER
- Deletion mutagenesis of fusarium graminearum NRRL 2903 galactose oxidase in Escherichia coli to study structure-function relations and for prospective biosensor applications
Fusarium graminearum nrrl 2903 galaktoz oksidazının yapı-işlev ilişkilerinin ve ileriye dönük biyosensör uygulamalarının araştırılması için Escherichia coli'de delesyon mutajenezi çalışmaları
BURÇAK KOCUKLU
Doktora
İngilizce
2013
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL
PROF. DR. UFUK BÖLÜKBAŞI