Investigation the effect of Val310Asn on NAD+ dependent Chateomium thermophilum formate dehydrogenase enzyme by site-directed mutagenesis
NAD+ bağımlı Chateomium thermophilum format dehidrojenaz enziminin üzerindeki sahaya yönelik mutajenez ile Val310Asn etkisinin araştırılması
- Tez No: 674875
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BARIŞ BİNAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 46
Özet
Bir oksidoredüktaz grubu enzimleri olan format dehidrogenazlar (FDH) format iyonunu (HCOO-) karbondioksite yükseltgeyip aynı zamanda NAD+ iyonunun da NADH'a indirgenmesini katalize ederler. NADH üretiminin oldukça pahalı ve zahmetli olması ve NAD+ bağımlı FDH enziminin ise daha kolay elde edilebilir ve ucuz olması nedeni ile NADH üretimi için koenzim rejenerasyon sistemlerinde kullanılmaktadır. Ayrıca NAD+ bağımlı FDH enzimi (EC 1.17.1.9) format iyonlarını CO2'ye oksitler ve Chaetomium thermophilum format dehidrogenaz (CtFDH) enziminin de CO2'nin formata indirgenmesi için yüksek aktiviteye sahip olduğu keşfedilmiştir. Bu çalışmada kullanılacak olan CtFDH enziminin seçilmesinin nedeni yakın zamanlarda yapılan çalışmalarda diğer FDH'lere göre daha yüksek aktivite göstermesidir. CtFDH'in 310. pozisyonundaki valin amino asidinin bölgeye yönelik mutajenez ile reaksiyon mekanizmasındaki rolünün sorgulanması amaçlanmıştır. Polar olmayan bu amino asit CtFDH'in aktif bölgesinde bulunur ve fonksiyonel olmayan R grubuna sahiptir. Valin amino asidini hem polar olan hem de fonksiyonel R grubuna sahip olan asparajin amino asidi ile değiştirip enzimin aktivitesi yabanıl tip CtFDH ile karşılaştırılmıştır. Val310Asn mutasyonu, aktif bölgedeki fonksiyonel olmayan R gruplu bir amino asit ile fonksiyonel R gruplu bir amino asidin değiştirilmesine rağmen enzimin CO2 indirgenme aktivitesine karşı kayda değer bir değişim göstermemiştir. Fakat yine de CtFDH enziminin CO2 indirgenmesinde önemli bir role sahip olduğu düşünüldüğü için, CO2'nin formata oksitlenmesi için geliştirilebilecek olan enzim mühendisliği çalışmalarının önü açılacaktır.
Özet (Çeviri)
Formate dehydrogenases (FDH), which are enzymes of an oxidoreductase group, oxidize formate ion (HCOO-) to carbon dioxide and at the same time catalyze the reduction of NAD+ ion to NADH. It is used in coenzyme regeneration systems to produce NADH since NADH production is quite expensive and laborious and the NAD+ dependent FDH enzyme is more easily available and cheaper. It was also discovered that the NAD+ dependent FDH enzyme (EC 1.17.1.9) oxidizes formate ions to CO2 and the enzyme Chaetomium thermophilum formate dehydrogenase (CtFDH) has a promising activity for reducing CO2 to formate. It was aimed to question the role of valine amino acid in position 310 of CtFDH in the reaction mechanism with site-directed mutagenesis. This non-polar amino acid is located in the active site of CtFDH and has a non-functional R group. The activity of the enzyme was compared to wild type CtFDH by replacing the amino acid valine with the asparagine amino acid, which is both polar and has a functional R group. The Val310Asn mutation did not show a significant change in the CO2 reduction activity of the enzyme, although a nonfunctional R-grouped amino acid in the active site was replaced with a functional R-grouped amino acid. However, since the CtFDH enzyme is thought to have an important role in reducing CO2, enzyme engineering studies that can be developed to oxidize CO2 to formate will be paved.
Benzer Tezler
- Tekrarlı yıkama işlemlerinin rejenere selülozik kumaşların antibakteriyel özelliklerine olan etkisinin incelenmesi
Investigation the effect of repeated washing on antibacterial properties of regenerated cellulosic fabrics
TUĞBA AKARSU
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiErciyes ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OĞUZ DEMİRYÜREK
- Dizel motor silindir devre dışı bırakma teknolojisinin farklı sürüş çevrimleri boyunca araç yakıt tüketimine etkisinin incelenmesi
Investigation the effect of diesel engine cylinder deactivation technology on vehicle fuel consumption through different driving cycles
ADEM ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BARIŞ DOĞRU
- Ortaokul 7. sınıf öğrencileri için hazırlanan STEM etkinliklerinin farklı değişkenlere yönelik etkisinin incelenmesi
Investigation the effect of the STEM activities prepared for 7th class students in terms of different variables
EMRAH HİĞDE
Doktora
Türkçe
2018
Eğitim ve ÖğretimAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMatematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HİLAL AKTAMIŞ
- Doyurma basıncı ve su sıcaklığının örselenmiş bir kil zeminin drenajsız kayma dayanımına etkisinin araştırılması
Investigation the effect of saturation pressure and water temperature on the undrained shear strength of a remoulded clayey soil
EHSAN KHASHABI
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
İnşaat MühendisliğiGazi Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YÜKSEL YILMAZ
- Kayısı çekirdeği yağının insan adipoz kaynaklı mezenkimal kök hücrelerden farklılaşan adipositler üzerine etkisinin incelenmesi
Investigation the effect of apricot kernel oil on adipocytes differentiated from human adipose-derived mesenchymal stem cells
BÜKE DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyomühendislik ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAVUZ EMRE ARSLAN
DOÇ. DR. FADİME KIRAN