Analysis of prion protein-coding gene variations in eswatini native farm animals
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 675722
- Danışmanlar: PROF. DR. CEMAL ÜN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Esvatini yerli besi hayvanları, Prion Hastalıkları, Polimorfizm, Varyasyon
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Prion hastalıkları veya bulaşıcı süngerimsi ensefalopati (TSE'ler), hem insanları hem de hayvanları etkileyen ölümcül nörodejeneratif hastalıklardır. Koyun ve keçilerde scrapie, sığırlarda sığır süngerimsi ensefalopati (BSE) prion hastalıklarına örnektir. Esvatini yerli sığır, koyun ve keçileri et ve sağlıklı gıda olarak tüketilse de, TSE'lere ve BSE'lere karşı duyarlılık değerlendirmesi şimdiye kadar yapılmamıştır. Sonuç olarak, bu çalışma, Esvatini'nin yerli evcil hayvancılığındaki prion protein varyasyonuna bakmayı amaçlamıştır. Bu bilgiler ışığında, Esvatini yerli besi hayvanı çiftliğinde toplam 63 Swazi Nguni sığırı (Bos indicus ve Bos taurus), koyun (Ovis aries) ve keçi (Capra hircus) bulunuyordu. Bu analizde, prion proteini (PrP) için gen dizisi ve prion proteininin türetilmiş amino asit hizalaması, Esvatini'nin doğu kesimindeki Lowveld'de tarihsel olarak yetiştirilen Esvatini Nguni ırklarından 19 keçi (Capra hircus) ve 19 koyun (Ovis aries) üzerinde test edilmiştir. Hem daha önce bildirilen polimorfizmler hem de yeni polimorfizmler gözlenmiştir. Yeni polimorfizmler Q70K, Q78H, A121P, A137A ve I142T Swazi koyunlarında gözlenmiştir ve Swazi Nguni keçilerindeki yeni polimorfizmler ise S46N ve P47H'yi kapsamaktadır. Ayrıca Swazi Nguni sığır ırklarının BSE'ye duyarlı olup olmadığını belirlemek için 25 Nguni sığır polimorfizmi de analiz edilmiştir. Sığırlarda gözlemlenen iki yeni polimorfizm P113P ve I226I olarak bulunmuştur. Esvatini Nguni sığır ırklarında 23-bp ve 12-bp indel polimorfizmlerinin alel sıklığını değerlendirildi. Delesyon polimorfizminin doğrulanması, her iki lokustaki çalışma popülasyonlarının tamamında daha yüksekti. İndel bölgelerinde: 23 bp ve 12 bp indeller için sırasıyla 0.760 ve 0.920, her ikisi de önemli genotip frekanslarına sahiptir (χ2: 3.393; 23 bp ve χ2: 0.139; 12 bp). 23del, 12del, 23del, 12del en sık görülen diplotiplerdi.
Özet (Çeviri)
Prion diseases or transmissible spongiform encephalopathy (TSEs) are fatal neurodegenerative diseases affecting both man and animals. Scrapie in sheep and goats, bovine spongiform encephalopathy (BSE) in cattle are examples of prion diseases. Although Eswatini native cattle, sheep, and goats are consumed as meat and health food, the assessment of the susceptibility to TSEs and BSEs has not been done so far. As a result, this study aimed to look at prion protein variation in Eswatini native domestic livestock. In the light of this information, the Eswatini domestic farm included a total of 63 Swazi Nguni cattle (Bos indicus and Bos taurus), sheep (Ovis aries), and goat (Capra hircus). In this analysis, gene sequence for prion protein (PrP) and the derived amino acid alignment of prion protein were tested in 19 goats (Capra hircus) and 19 sheep (Ovis aries) of Eswatini Nguni breeds. Both Previously reported polymorphisms and novel polymorphisms were observed. Novel polymorphisms Q70K, Q78H, A121P, A137A, and I142T were observed in Swazi sheep, and novel polymorphisms in Swazi Nguni goats encompass S46N and P47H. Additionally, 25 Nguni cattle polymorphisms were analyzed. Two novel polymorphisms observed in cattle were P113P and I226I. This study investigated the allele frequency of the 23-bp and 12-bp indel polymorphisms of the Nguni cattle. Confirmation of deletion polymorphism was higher in all of the study populations at both loci. At indel sites: 0.760 and 0.920 for, respectively, the 23 bp and 12 bp indels, both also with significant genotype frequencies (χ2: 3.393; 23 bp and χ2: 0.139; 12 bp). 23del, 12del, 23del, 12del were the highest frequent diplotype. KeyWords: Eswatini indigenous livestock, Prion Diseases, Polymorphism, Variation
Benzer Tezler
- Nadir metabolik hastalıklarda tüm ekzom dizileme verilerinin biyoinformatik analizleri ile fenotipten sorumlu varyantların değerlendirilmesi
Bioinformatics analysis and variant interpretation of whole exome sequencnig data in inborn errors of metabolism
CAN KOŞUKCU
Doktora
Türkçe
2024
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiPediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RIZA KÖKSAL ÖZGÜL
- Light cycler real time PCR teknolojisi ile faktör V geninde yeni mutasyon taraması
A new mutation detection in factor V gene with light cycler real time PCR technology
S. DUYGU SANLIDİLEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
BiyolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEJAT AKAR
- Etiyopya'nın sığır, koyun ve keçilerinde prion'un araştırılması: Prion hastalıklarının epidemiyolojik incelenmesi ve prion protein kodlayan genin (PRNP) genetik analizi
Investigating Prion in Cattle, Sheep and Goat of Ethiopia: Epidemiologic survey of prion diseases and Genetic analysis of prion protein coding gene (PRNP)
EDEN YITNA TEFEREDEGN
- Türkiye'de bulunan bazı sığır ırklarının DGAT1 ve PRNP gen polimorfizminin araştırılması
Investigation of DGAT1 and PRNP Genes Polymorphism of Various Cattle Breeds in Turkey
İCLAL ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
BiyokimyaSelçuk ÜniversitesiBiyokimya (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET NİZAMLIOĞLU
- Trachemys scripta türü su kaplumbağasında prion protein gen (Prnp) polimorfizminin ve apoptozis ile ilişkisinin belirlenmesi
Determination of prion protein gene (Prnp) polymorphism and its relationship with apoptosis in turtle, Trachemys scripta.
TUĞÇE BİRKAN