The interaction of Elk-1 with minus-end directed dynein motor protein
Elk-1'in eksi uç yönelimli dinein motor proteini ile etkileşimi
- Tez No: 678208
- Danışmanlar: PROF. DR. IŞIL KURNAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Elk-1, üyeleri Ets alanı adı verilen ortak bir DNA bağlanma alanına sahip olan ETS transkripsiyon faktörlerinin Üçlü Kompleks Faktör alt ailesine ait bir transkripsiyon faktörüdür. Elk-1 aktivitesi fosforilasyon, sumoylasyon (küçük ubikitin düzenleyici), ubikitinlenme gibi translasyon sonrası modifikasyonlar ve SRF ile olan protein-protein etkileşimi tarafından düzenlenir. Elk-1, hücre döngüsü, nöronal sağkalım ve apoptoz gibi önemli biyolojik süreçlerde rol oynar. Elk-1'in nörodejenaratif hastalıklarla ilişkili genlerin düzenlenmesinde rol aldığı ve belirli fosforillenmiş formunun Lewy cismi ve Huntingtin proteini ile kolokalize olduğu gösterilmiştir. Ek olarak, nöronal model hücrelerde, Elk-1'in mikrotübüllerle kolokalize olduğu ve etkileşime girdiği ve hücrelerin büyüme faktörü uyarılmasının ardından çekirdeğe yeniden lokalize olduğu gösterilmiştir. Bu gözlem, Elk-1'in mikrotübüle bağlı taşınmasının nasıl başarıldığı sorusuna yol açmıştır. Laboratuvarımızdaki önceki çalışmalar, Elk-1'in, Ser383 fosforilasyonundan bağımsız olarak, dinein ile serum uyarımına bağlı olarak fiziksel etkileşime girdiğini göstermiştir. Bu tezde, Elk-1'in dinein ile dinamik etkileşimini ve bu etkileşimden Elk-1'in diğer fosforilasyonlarının sorumlu olup olmadığını, bölünmüş-gYFP (geliştirilmiş yeşil floresan protein) tamamlama deneyi, immün çöktürme ve floresan mikroskopisi gibi çeşitli yöntemler kullanarak göstermeyi amaçladık. Amacımıza ulaşmak için Gradyan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR), klonlama denemeleri ve immün çöktürme deneyleri yapıldı. Daha ileri analizler, Elk-1'in dinein aracılı taşınmasının nörorejenerasyon, hücre döngüsü ve kanser gibi belirli biyolojik süreçler için çok önemli olduğunu aydınlatacaktır.
Özet (Çeviri)
Elk-1 is a transcription factor that belongs to the Ternary Complex Factor (TCF) subfamily of ETS transcription factors whose members have a common DNA binding domain called the Ets domain. Elk-1 activity is regulated by post-translational modifications such as phosphorylation, ubiquitination, SUMOylation (small ubiquitin modifier) and protein-protein interaction with Serum Response Factor (SRF). Elk-1 plays role in crucial biological processes such as cell cycle, neuronal survival, and apoptosis. It has been shown that Elk-1 takes part in the regulation of neurodegenerative disease-related genes, and certain phosphorylated form of Elk-1 is colocalized with Lewy bodies and Huntingtin protein. In addition, it was shown that in neuronal model cells, Elk-1 was shown to colocalize and interact with microtubules, and then it was relocalized to the nucleus upon growth factor stimulation of cells. This observation has led to the question of how the microtubule-dependent transport of Elk-1 was achieved. Previous studies in our laboratory have shown that Elk-1 physically interacted with dynein in a serum stimulation-dependent manner, albeit irrespective of Ser383 phosphorylation. In this thesis, we aimed to show the dynamic interaction of Elk-1 with dynein and to study whether other phosphorylations of Elk-1 was responsible for this interaction using a variety of methods such as split-EGFP (enhanced green fluorescent protein) complementation assay, immunoprecipitation and fluorescence microscopy. Gradient Polymerase Chain Reaction (PCR), cloning trials, immunoprecipitation were performed to achieve our aim. Further analysis will illuminate that dynein-mediated transport of Elk-1 is crucial for certain biological processes such as neuroregeneration, cell cycle, and cancer.
Benzer Tezler
- The interaction of Elk-1 with kinesin motor protein in neurons
Elk-1'in kinesin motor proteini ile nöronlarda etkileşimi
BETÜL ERTURAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. IŞIL KURNAZ
- The interaction between elk-1 and mitotic kinases in brain tumors
Beyin tümörlerinde elk-1 ve mitotik kinazlar arasi etkileşim
OYA ARI UYAR
Doktora
İngilizce
2019
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAYRAM YILMAZ
PROF. DR. IŞIL KURNAZ
- The role of Elk-1 in mitosis and its interaction with microtubule based motor proteins
Elk-1?in mitozdaki rolü ve mikrotübül temelli motor proteinlerle ilişkisi
OYA ARI
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
GenetikYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
PROF. DR. IŞIL AKSAN KURNAZ
- The interaction between Elk-1 and microtubules in neurons
Elk-1 proteininin mikrotübül ile etkileşiminin sinir hücrelerinde araştırılması
ÖZLEM DEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Moleküler Tıpİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
DOÇ. DR. IŞIL AKSAN KURNAZ
- Glioblastomalarda phosphatidylinositol 3-kinase/Akt yolu üzerinden Elk-1 aktivasyonunun değerlendirilmesi
Evaluation of Elk-1 activation by phosphatidylinositol 3-kinase/Akt pathway in glioblastoma
MELİKE MUT
