Alzheimer ve MS hastalıklarında DNA metilasyon ve gen ekspresyon verileri incelenerek ortak mekanizma belirlenmesi
Determination of mutual mechanism of Alzheimer's and MS diseases through analysis of DNA methylation and gene expression data
- Tez No: 678313
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TUBA SEVİMOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Alzheimer Hastalığı, Multipl Skleroz, Gen Ekspresyonu, DNA Metilasyon, Mikrodizin Analizi, Alzheimer's Disease, Multiple Sclerosis, Gene Expression, DNA Methylation, Microarray Analysis
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Genler yaşamsal faaliyetleri sağlayan proteinlerin üreticisidir. Genlerin oluşturduğu proteinler birbirleri ile etkişime girer. Bu protein protein etkileşimi hücreden hücreye etkileşim, metabolik ve gelişimsel kontrol süreçlerini yönetir. Metilasyon, gen ekspresyonunun düzenlenmesini sağlayan bir mekanizmadır. Mikrodizin analizi ile bu süreçler analiz edilebilir. Alzheimer hastalığı (AD) demansın en yaygın nörodejeneratif nedenidir ve hiperfosforile tau proteinine ve amiloid β plak oluşumuna bağlıdır. Multipl Skleroz (MS) merkezi sinir sisteminde olan nöro-otoimmün bir hastalıktır ve demiyelinizasyondan sonra nöron hasarı olur. Bu tez çalışmasında AD ve MS ortak genetik mekanızmasının belirlenmesi amacıyla Gene Expression Omnibus'tan AD ve MS için DNA metilasyon ve gen ekspresyon veri setleri seçildi ve istatiksel analizi yapıldı. Elde edilen metile olmuş aşağı ve yukarı eksprese olmuş genlerin protein-protein etkileşimleri ve sinyal yolakları ortaya çıkarıldı. Ayrıca analiz sonucunda elde edilen genlerle incelenen hastalıklarla ilintili olabilecek hastalıklar ve yeni aday terapötik molekülleri belirlendi. Elde edilen sonuçlar ışığında her iki hastalık için yeni biyobelirteç genler; SNA1, SMURF1, NHLRC2, CLTA, AP1S1 ve HNRNPH, AGRN ve STARD3 olabileceği gösterilmiştir. Yeni aday moleküllerin; STOCK1N-35874, flucloxacillin, butamben, acetohexamide, GW-8510, F0447-0125, strophanthidin, lomustin, PHA-00745360, dakarbazin, risinin, sülfabenzamid, pentoksiverin, pirazinamid, tiloksapol, 8-azaguanin, Prestwick-860, aleksidin, kloramfenikol, norsiklobenzaprin, demeclocycline, ksilazin, befenium hidroksinaftoat, proksifilin, torasemid butil hidroksibenzoat olabileceği ve ilişkili olan hastalıklarla ortak sinyal yolaklarının olabileceğini gösterilmiştir. Bu aday biyobelirteçler için deneysel çalışmaların yapılması uygun olacaktır.
Özet (Çeviri)
Genes are the producers of proteins that provide vital activities. Proteins interact with each other. These protein interactions govern our cell-to-cell interaction, metabolic and developmental controls. Methylation is a mechanism by which gene expression is regulated. These processes can be analyzed through microarray analysis. Alzheimer's Disease (AD) is the most common neurodegenerative cause of dementia and is due to the formation of hyperphosphorylated tau protein and amyloid plaque. Neuro-autoimmune, which is the functioning of the multiplexosis (MS) center, ends and is resolved after demyelination. In this thesis, DNA Methylation and Gene expression sets for AD and MS from Gene Expression Omnibus were obtained and statistically anayzed to identify a mutual mechanism. Protein-protein interactions and signaling pathways of the obtained methylated, up/down regulated genes were revealed. The results indicated new biomarker candidates for both diseases; SNA1, SMURF1, NHLRC2, CLTA, AP1S1 and HNRNPH, AGRN and STARD3. Additionally candidate small molecules that can be used as therapeutics were identified; STOCK1N-35874, flucloxacillin, butamben, acetohexamide, GW-8510, F0447-0125, strophanthidine, lomustine, PHA-00745360, dacarbazine, ricinin, sulfabenzamide, pentoxyverine, pyrazinamide, tyoxapol, chlorphenoxidinzapolizaningualin, demeclocycline, xylazine, befenium hydroxynaphthoate, proxiphylline, torasemide butyl hydroxybenzoate. Further experimental research is necessary to help identify new personalized treatments for both diseases.
Benzer Tezler
- Nörodejeneratif hastalıklarda olası genotoksik hasarın değerlendirilmesi
Assessment of genetic damage in neurodegenerative diseases
MUSTAFA BAYDAR
Doktora
Türkçe
2010
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜLKÜ ÜNDEĞER
PROF. DR. AYŞE NURŞEN BAŞARAN
- Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study
Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma
DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaSüleyman Demirel ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU
- Biyotiyol sensör uygulamaları hedefli çalışmalar olarak: Boranil bileşikleri sentezi
Bio-thiol sensor applications: Synthesis of Boranil compounds
SİBEL KAYA
- Acı meyan (Sophora alopecuroides)'dan izole edilen endofitik fungusların ve konukçu bitkinin metabolitleri ile biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Comparison of the secondary metabolite content produced by endophytic fungus isolated from Sophora alopecuroides with the secondary metabolite content of the host plant
BAHATTİN TABAR
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiIğdır ÜniversitesiTarım Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET HAKKI ALMA
PROF. DR. İBRAHİM DEMİRTAŞ
- Machine-learning approaches for neurological disorder diagnosis from genomic and neuroimaging data
Genomik ve nörogörüntüleme verilerinden nörolojik bozukluk teşhisi için makine öğrenmesi yaklaşımları
İSMAİL BİLGEN
Doktora
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEHÇET UĞUR TÖREYİN