Nucleic acid based lateral flow test (LFT) for COVID-19 diagnosis
Nükleik asit temelli yanal akış testi (LFT) ile COVID-19 teşhisi
- Tez No: 683362
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ DİLEK ÇAM DERİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İnönü Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 58
Özet
Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından resmi adı SARS-CoV-2 (Şiddetli Akut Solunum Sendromu-Koronavirus-2) olarak belirlenen yeni koronavirüs, ilk kez 2019 yılı Aralık ayı sonlarında Çin'in Wuhan şehrindeki deniz ürünleri pazarında ortaya çıktığı düşünülmektedir. Virüs oldukça bulaşıcı ve özellikle ileri yaş gruplarında ölümcül olmaktadır. Viral teşhis için birçok çalışma geliştirilmeye devam etmektedir. En yaygın ve güvenilir olanı DSÖ tarafından önerilen RT PCR (Real Time Polymerase Chain Reaction) olup özellikle N geni bölgelerine yöneliktir. Bu bölge en korunaklı ve spesifik bölge olduğu için moleküler teşhiste önemli olmuştur. Bununla birlikte hızlı testler laboratuvar yüklerinin hafifletilmesinde, antikor gelişimini kontrol etmede önemli yere sahiptir. Hızlı testler arasında ise yatay akışlı testler en yaygın ve pratik kullanımı olandır. Uzun vadede viral bulaşıklık ihtimali hep olacaktır ve pratik kullanımlı teşhis testlerine ihtiyaç devam edecektir. Bu amaçla çalışmamızda SARS-CoV-2'ye özgü N geni bölgelerinin yatay akışlı hızlı test platformu ile teşhisi hedeflenmiştir. Yatay akışlı test platformu Altın nanoparçacıklara (AuNP) dayalı sandviç modeli ile hibridizasyon temeline dayalı olarak tasarlanmıştır. Tasarlanan LFT platformu N geninin korunmuş bölgelerine özgü dizayn edilmiştir. N genine tamamlayıcı olan DNA oligonükleotitleri ile AuNP konjuge edilmiştir. Bu konjugasyon ürününe hibridizasyon oluşturacak diziler nitroselüloz membran üzerine test ve kontrol çizgisi olarak çizilmiştir. Hedef sekansı içeren örnek, numune pedine uygulandığında kapiller akım prensibine dayanarak hedef sekans test ve kontrol çizgisinde bulunan diziler ile hibridizasyon yapar. AuNP'den kaynaklı bir kırmızı renk oluşumu çıplak gözle görülebilir. Araştırma bulgularına göre, tasarlanan LFT, SARS-CoV-2 N geni bölgelerini spesifik olarak tanımış ve moleküler teşhise alternatif olabileceği ortaya konmuştur.
Özet (Çeviri)
The new coronavirus, official name was determined by the WHO as SARS-CoV-2, is thought to have first appeared in the seafood market in Wuhan, China, in late December 2019. The virus is highly contagious and fatal, especially older age groups. Many studies continue to be developed for viral diagnosis. The most common and reliable one is the RT PCR recommended by WHO, and it is especially aimed at the N gene regions. This region has been important in molecular diagnosis as it is the most conserved and specific region. However, rapid tests have an important place in relieving laboratory and controlling antibody development. Among rapid tests, LFTs are the most common and practical. In long time, there will always be the possibility of viral contamination and the need for practical diagnostic tests will continue. For this purpose, our study aimed to identify the N gene regions specific to SARS-CoV-2 with a LFT platform. The LFT platform is designed on the basis of hybridization with sandwich model based on Gold nanoparticles (AuNP). The designed LFT platform was designed specifically for the conserved regions of the N gene. AuNP was conjugated with DNA oligonucleotides complementary to N gene. Sequences that will hybridize to this conjugation product were drawn on the nitrocellulose membrane as test lines. The sample containing the target sequence hybridizes with the sequences in the test lines based on the capillary flow principle when applied to the sample pad. A red color formation from AuNP can be seen with the naked eye. According to the research findings, the designed LFT specifically recognized the SARS-CoV-2 N gene regions and it was revealed that it could be an alternative to molecular diagnosis.
Benzer Tezler
- Development of nucleic acid based lateral flow immunochromatic test platform for Salmonella detection
Salmonella tanısı için nükleik asit tabanlı yatay akış immünokromatografik test platformunun geliştirilmesi
ONUR BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
- Development of nucleic acid coated nanoparticle based lateral flow assay for Salmonella detection
Salmonella tanısı için nükleik asit kaplanmış silika nanoparçacık tabanl yatay akış testinin geliştirlmesi
MÜSLÜM KAAN ARICI
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE MERAL YÜCEL
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
- Bitki hastalığı tespiti için ilmiğe dayalı izotermal çoğaltma yönteminin optimizasyonu
Optimization of loop mediated isothermal amplification assay for plant disease detection
HASAN SAĞCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NESLİHAN TURGUT KARA
- Development of a selection protocol for target nucleic acids based on nanoparticles
Nükleik asit hedeflerinde nanopartikul tabanlı seçim protokolü geliştirilmesi
AYŞE PINAR AKALIN
Doktora
İngilizce
2024
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ
- Development of nucleic acid coated nanoparticle based lateral flow assay for E. Coli detection
E. Coli tanısı için nükleik asit kaplanmış silika nanoparçacık tabanlı yatay akış testinin geliştirilmesi
DOĞA BİNGÖL
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
DOÇ. DR. MAHMUT DENİZ YILMAZ