Correlation of genetic and microbial changes in inflammatory bowel disease
İnflamatuvar bağırsak hastalığı'nda genetik ve mikrobiyal değişikliklerin korelasyonu
- Tez No: 684233
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EFE SEZGİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 117
Özet
İnflamatuvar Bağırsak Hastalığı (İBH) günümüzün sık rastlanan, kesin bir tedavisi olmayan, etkilediği kişilerde hayat boyu takibi, pahalı tedavileri ve riskli ameliyatları gerektiren, kanser riski ve diğer sistematik rahatsızlıkları artıran, ciddi iş gücü ve yaşam kalitesi kayıplarına yol açan karmaşık, multifaktöriyel, multigenik bir hastalıktır. İBH temel olarak Ülseratif kolit (ÜK) ve Crohn hastalığı (CH) olarak iki grupta incelenir. Hastalığın patogenezi net olarak bilinmemekle birlikte, genetik olarak yatkın bireylerde, çevresel faktörlere (intestinal mikrobiyota) karşı disregüle immün yanıt oluşmaktadır. Erken tanısında zorluklar yaşandığı için hastalar, hastalığın ilerlemiş safhalarında bir uzman tarafından teşhis bulmakta, zaman kaybından dolayı bağırsak dokusunda zararlar artmakta, erken tedavi şansı kaybolmaktadır. Bu tezde, hastalığı kontrol altına almak ve hastalık daha fazla ilerlemeden risk altındaki bireylerin ortaya çıkarılması için İBH hasta risk profilini analiz edecek biyobelirteçlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. İlk olarak doğal immünite (NOD2), adaptif immünite (IL-23R) ve otofaji (ATG16L1) genlerinin aday bölgelerinde Türk IBD hastalarına özgü mutasyonlar araştırıldı. Ardından hastaların mikrobiyota profilleri, amplikon dizileme ve qPCR ile ortaya çıkarıldı. Son olarak, Türk IBD hastalarında, mutasyonlar ve mikrobiyota arasındaki ilişkiyi belirlemek için parametrik olmayan yöntemlerle istatistiksel analizler yapıldı. Çalışma sonucunda, Shannon indeksi, kontrol grubuna kıyasla IBD hastalarında bakteri çeşitliliğinde önemli bir azalma olduğunu göstermiştir (p-değeri, 0.048). IBD hastalarında tür düzeyinde F. prausnitzii bakterisinin göreceli bolluğu azalırken E. coli bakterisinin arttı. UK'in aksine, rs11209026 genotipi ile CH' deki F. prausnitzii azalması arasında anlamlı ilişki (p-değeri, 0.034) bulundu. Sonuç olarak, tüm bu gözlemlerin moleküler bir test kitine dönüştürülmesi, gastroenterologların İBH hastalarında kişiselleştirilmiş tedaviler planlamasına yardımcı olacak bir altyapı sağlayabilir.
Özet (Çeviri)
Inflammatory bowel disease (IBD) is complex, multifactorial, polygenic diseases without a certain cure. Patients require lifelong surveillance, expensive treatments, risky surgeries, have increased cancer and other systemic disease risks. IBD consists of two groups as Ulcerative colitis (UC) and Crohn's disease (CD). Although pathogenesis of IBD is not clear, a dysregulated immune response to environmental factors (intestinal microbiota) develops in genetically susceptible individuals. As early diagnosis is hard, most patients are diagnosed at a later stage, however, they suffer from colon damage and lose the chance of early treatment. This thesis aimed to identify biomarkers that can analyze IBD patient risk profiles to control disease and reveal individuals at risk before the disease progresses further. Firstly, mutations in Turkish IBD patients were investigated in candidate regions of innate immunity (NOD2), adaptive immunity (IL-23R), and autophagy (ATG16L1) genes. Then, microbiota profiles of patients were revealed by NGS and qPCR. Finally, to identify relationship between mutations and microbiota, statistical analyses were performed with non-parametric methods. As a result of this study, Shannon index showed significant reduction of bacterial diversity in IBD patients versus the control group (p-value, 0.048). At the species level, relative abundance of F. prausnitzii decreased while abundance of E. coli increased in IBD patients. Significant relationship (p-value, 0.034) was found between rs11209026 genotype and F. prausnitzii reduction in CD but not in UC. In conclusion, converting significant observations into a molecular test kit can provide a molecular guide that helps gastroenterologists in planning personalized treatments in IBD patients.
Benzer Tezler
- Rozasea tanılı hastalarda serum iskemi modifiye albümin düzeyinin değerlendirilmesi
Evaluation of ischemia modified albumin level in patients with rosacea
ORHAN ŞEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
DermatolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiDeri ve Zührevi Hast. Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAY KÜLCÜ ÇAKMAK
UZMAN YILDIZ HAYRAN
- Behçet hastalarında ICAM-1 düzeyleri ve hastalık aktivitesi ile ilişkisi
Correlation with ICAM-1 expression and disease activity in Behçet's patient
MURAT BORLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2002
DermatolojiErciyes ÜniversitesiDermatoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ÖZCAN AŞÇIOĞLU
- Behçet hastalığı etiyopatogenezinde insan ısı şoku proteini 60(HSP60) gen polimorfizmi ve klinik bulgularla ilişkisi
Başlık çevirisi yok
ZEYNEP ÖZBALKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2003
RomatolojiHacettepe Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. İHSAN ERTENLİ
- The effect of Helicobacter felis on macrophage polarization
Helicobacter felis'in makrofaj polarizasyonu üzerine etkisi
ASLI KORKMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Çakalburnu Lagünü'nde (İzmir Körfezi) virüs miktarının mevsimsel değişimlerinin araştırılması
Investigation of seasonal variation of viral abundance in the Çakalburnu Lagoon (Izmir Bay)
SULTAN KÜBRA TOKER
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiDeniz Bilimleri ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI KAÇAR