Understanding the molecular mechanisms involved in bladder tumorigenesis using experimental and computational approaches
Mesane tümör oluşumunda görev alan moleküler mekanizmaların deneysel ve hesaplamalı yaklaşımlar ile anlaşılması
- Tez No: 687452
- Danışmanlar: DOÇ. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH, DR. SERAP ERKEK ÖZHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Mesane kanserinde kromatin regülasyonunda görevli genlerin sıklıkla mutasyona uğradığı bilinmektedir. Bu sebeple mesane kanserinin epigenetik regülasyonunda rol oynayan ve tümör oluşumuna sebep olabilecek moleküler mekanizmaları anlamak oldukça önemlidir. Bu tez kapsamında öncelikli amaç, mesane kanserinde deregüle olan epigenetik mekanizmaların hem deneysel hem de hesaplamalı yöntemler kullanılarak anlaşılmasını sağlamaktır. Bu nedenle, ilk olarak, mesane kanseri alt tiplerinin düzenleyici kromatin bölgeleri üzerinde açık bölgelerdeki sinyallerin tespit edildiği güncel yayınlanmış ATAC-Seq verileri incelendi. Bulgular, nöronal mesane kanserinde üç farklı çalışma grubunda nöronal düzenleyici unsurlar tarafından düzenlenen ß-catenin hedef genlerinin artışını göstermiştir. Ayrıca, mutasyon verileriyle entegrasyon sonucunda, nöronal mesane kanserinde nöronal olmayanlara kıyasla önemli ölçüde daha yüksek onkojenik ekzon 3 ß-catenin mutasyonlarının olduğu belirlendi. İkinci olarak, deneysel teknikler kullanılarak mesane kanserindeki epigenetik deregülasyonunun araştırılması hedeflendi. Bu amaçla, mesane kanserinde en sık mutasyona uğrayan kromatin düzenleyici olan KDM6A genine odaklanıldı. KDM6A yokluğunda mesane kanserinin fenotipik ve epigenomik profilinin nasıl etkilendiğini araştırmak için kasa invaziv mesane kanseri karakterine sahip 5637 hücre hattında KDM6A geni knock-out edildi. Hücrelerin uzun süreli büyümesinde 5637 ve KDM6A-null 5637 canlılıkları arasında önemli bir değişiklik saptanmadı. Kromatin düzenleyici gen olan HDAC1 gibi kromatin organizasyon yolağında görev alan genlerin görece yüksek sinyallere sahip olduğu belirlendi. Bulgularımız, kromatin düzenleyici KDM6A yokluğunda baskılayıcı kromatin durumlarının artabileceğini göstermektedir, fakat gelecekte daha ayrıntılı bir şekilde araştırılması planlanmaktadır.
Özet (Çeviri)
It is known that genes involved in chromatin regulation are highly mutated in bladder cancer. For this reason, it is very important to understand the molecular mechanisms that play a role in the epigenetic regulation of bladder cancer and that may cause tumor formation. The primary goal in this thesis is to decipher the epigenetic mechanisms deregulated in bladder cancer using both experimental and computational methods. For this aim, first regulatory landscapes of bladder cancer molecular subtypes have been investigated using published data which showed active chromatin regions in bladder cancer using ATAC-seq. Our results showed upregulation of ß-catenin targets regulated by neuronal regulatory elements in three different cohorts, implicating ß-catenin signature in neuronal bladder cancer. Further, integration with mutation data revealed significantly higher oncogenic exon 3 ß-catenin mutations in neuronal bladder cancer compared to non-neuronal. Secondly, we aimed to understand the epigenetic deregulation in bladder cancer via employing experimental techniques. For this purpose, we focused on KDM6A, which is among the top frequently mutated chromatin modifiers in bladder cancer. To investigate how KDM6A depletion affects phenotypic and epigenomic profile of bladder cancer, we knock-out KDM6A in a muscle invasive bladder cancer cell line, 5637. No significant viability changes between 5637 and KDM6A-null 5637 have been detected in long term growth of the cells. Genes marked with top H3K4me3 peaks were enriched for chromatin organization pathway, including the chromatin modifier, HDAC1. Our findings suggest that in the absence of KDM6A chromatin modifier, repressive chromatin states might be abundant, which will be further investigated in future.
Benzer Tezler
- Molecular and functional investigation of disease-associated cytoskeletal proteins protrudin and MYO1H
Hastalık ilişkili sitoskeletal proteinler protrudin ve MYO1H'nin moleküler ve fonksiyonel araştırılması
ECE SELÇUK ŞAHİN
Doktora
İngilizce
2024
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Bir ailenin primer enürezis noktürnalı bireylerindeki genetik değişimlerin araştırılması
Investigation of genetic changes in a family's individuals with primary enuresis nocturna
AYDENİZ AYDIN GÜMÜŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
GenetikManisa Celal Bayar ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FETHİ SIRRI ÇAM
- Understanding the interplay between anti-apoptotic BAG-1 and AKT in mTORC1-mediated autophagy in breast cancer cell lines
mTORC1 aracılı otofajide anti-apoptotik BAG-1-AKT etkileşiminin meme kanseri hücre hatlarında araştırılması
ILGIN IŞILTAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- The investigation of angiogenic mechanisms associated with miRNA-126 signalling pathway molecules in atherosclerosis
Aterosklerozda miRNA-126 sinyal yolağı molekülleri ile ilişkili mekanizmaların araştırılması
ÇİĞDEM SEZER ZHMUROV
Doktora
İngilizce
2016
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. HAKAN BERMEK
DOÇ. DR. TUNÇ ÇATAL
- Piroptozisde görev alan ninjurin 1'in over kanseri hastalarındaki ekspresyon profilinin belirlenmesi
Determination of the expression profile of ninjurin-1 involved in pyroptosis in ovarian cancer patients
EMİNE MUTLU EVCİL
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyolojiTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN ÇAÇAN