Geri Dön

Understanding the molecular mechanisms involved in bladder tumorigenesis using experimental and computational approaches

Mesane tümör oluşumunda görev alan moleküler mekanizmaların deneysel ve hesaplamalı yaklaşımlar ile anlaşılması

  1. Tez No: 687452
  2. Yazar: ALEYNA ERAY
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH, DR. SERAP ERKEK ÖZHAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 102

Özet

Mesane kanserinde kromatin regülasyonunda görevli genlerin sıklıkla mutasyona uğradığı bilinmektedir. Bu sebeple mesane kanserinin epigenetik regülasyonunda rol oynayan ve tümör oluşumuna sebep olabilecek moleküler mekanizmaları anlamak oldukça önemlidir. Bu tez kapsamında öncelikli amaç, mesane kanserinde deregüle olan epigenetik mekanizmaların hem deneysel hem de hesaplamalı yöntemler kullanılarak anlaşılmasını sağlamaktır. Bu nedenle, ilk olarak, mesane kanseri alt tiplerinin düzenleyici kromatin bölgeleri üzerinde açık bölgelerdeki sinyallerin tespit edildiği güncel yayınlanmış ATAC-Seq verileri incelendi. Bulgular, nöronal mesane kanserinde üç farklı çalışma grubunda nöronal düzenleyici unsurlar tarafından düzenlenen ß-catenin hedef genlerinin artışını göstermiştir. Ayrıca, mutasyon verileriyle entegrasyon sonucunda, nöronal mesane kanserinde nöronal olmayanlara kıyasla önemli ölçüde daha yüksek onkojenik ekzon 3 ß-catenin mutasyonlarının olduğu belirlendi. İkinci olarak, deneysel teknikler kullanılarak mesane kanserindeki epigenetik deregülasyonunun araştırılması hedeflendi. Bu amaçla, mesane kanserinde en sık mutasyona uğrayan kromatin düzenleyici olan KDM6A genine odaklanıldı. KDM6A yokluğunda mesane kanserinin fenotipik ve epigenomik profilinin nasıl etkilendiğini araştırmak için kasa invaziv mesane kanseri karakterine sahip 5637 hücre hattında KDM6A geni knock-out edildi. Hücrelerin uzun süreli büyümesinde 5637 ve KDM6A-null 5637 canlılıkları arasında önemli bir değişiklik saptanmadı. Kromatin düzenleyici gen olan HDAC1 gibi kromatin organizasyon yolağında görev alan genlerin görece yüksek sinyallere sahip olduğu belirlendi. Bulgularımız, kromatin düzenleyici KDM6A yokluğunda baskılayıcı kromatin durumlarının artabileceğini göstermektedir, fakat gelecekte daha ayrıntılı bir şekilde araştırılması planlanmaktadır.

Özet (Çeviri)

It is known that genes involved in chromatin regulation are highly mutated in bladder cancer. For this reason, it is very important to understand the molecular mechanisms that play a role in the epigenetic regulation of bladder cancer and that may cause tumor formation. The primary goal in this thesis is to decipher the epigenetic mechanisms deregulated in bladder cancer using both experimental and computational methods. For this aim, first regulatory landscapes of bladder cancer molecular subtypes have been investigated using published data which showed active chromatin regions in bladder cancer using ATAC-seq. Our results showed upregulation of ß-catenin targets regulated by neuronal regulatory elements in three different cohorts, implicating ß-catenin signature in neuronal bladder cancer. Further, integration with mutation data revealed significantly higher oncogenic exon 3 ß-catenin mutations in neuronal bladder cancer compared to non-neuronal. Secondly, we aimed to understand the epigenetic deregulation in bladder cancer via employing experimental techniques. For this purpose, we focused on KDM6A, which is among the top frequently mutated chromatin modifiers in bladder cancer. To investigate how KDM6A depletion affects phenotypic and epigenomic profile of bladder cancer, we knock-out KDM6A in a muscle invasive bladder cancer cell line, 5637. No significant viability changes between 5637 and KDM6A-null 5637 have been detected in long term growth of the cells. Genes marked with top H3K4me3 peaks were enriched for chromatin organization pathway, including the chromatin modifier, HDAC1. Our findings suggest that in the absence of KDM6A chromatin modifier, repressive chromatin states might be abundant, which will be further investigated in future.

Benzer Tezler

  1. Molecular and functional investigation of disease-associated cytoskeletal proteins protrudin and MYO1H

    Hastalık ilişkili sitoskeletal proteinler protrudin ve MYO1H'nin moleküler ve fonksiyonel araştırılması

    ECE SELÇUK ŞAHİN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ

  2. Küçük hücreli dışı akciğer kanserli hastalarda serum tnf-alfa,interlökin-6, interlökin-1 reseptör antagonisti düzeyleri ve ctla-4 49a>g gen polimorfizmi

    Serum levels of tnf-alpha, interleukin-6,interleukin-1 receptor antagonist and ctla-4 gene polymorphism in advanced non-small cell lung cancer patients

    MURAT YİĞİT

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    OnkolojiPamukkale Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ARZU YAREN

  3. Böbrek kanserinde VHL, PBRM1 VE SETD2 genleri tanıya uygun belirteçmidir? moleküler yöntemlerle araştırılması

    Are VHL, PBRM1 and SETD2 genes distinctive diagnostic markers for kidney cancer? a molecular investigation

    ROZHGAR ABDULLAH MOHAMMED

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    GenetikGaziantep Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. MEHRİ İĞCİ

  4. Kalıcı atriyal fibrilasyon ve normal sinüs ritimli olgularda atriyal hücrelerde apoptozis ve apoptozisi regüle edici proteinlerin karşılaştırılması

    Comparison of apoptosis and apoptosis regulated proteins in atrial cells between permanent atrial fibrillation and normal sinus rhythm patients

    GÜNSELİ ÇUBUKÇUOĞLU DENİZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET RÜÇHAN AKAR

  5. Kemoterapötik ajanlar bortezomib ve carfilzomib kaynaklı periferal nöropatide mitotoksisitenin rolünün incelenmesi

    Investigation of the role of mitotoxicity in chemotherapeutic agents bortezomib and carfilzomib-induced peripheral neuropathy

    AYŞE TARBIN JANNUZZI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul Üniversitesi

    Farmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BÜKET ALPERTUNGA

    DOÇ. DR. BETÜL KARADEMİR