Periodontal apse örneklerinin bakteriyel içeriğinin real time PCR ile kantitatif olarak araştırılması
Quantitative investigation of the bacterial content of periodontal abscess samples by REAL time PCR
- Tez No: 691496
- Danışmanlar: PROF. DR. TURGUT DEMİR
- Tez Türü: Diş Hekimliği Uzmanlık
- Konular: Diş Hekimliği, Dentistry
- Anahtar Kelimeler: periodontal apse, PCR, mikrobiyoloji, genomik DNA, periodontopatojen bakteri, periodontal abscess, PCR, microbiology, genomik DNA, periodontopathic bacteria
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Diş Hekimliği Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Periodontoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 132
Özet
Amaç: Bu çalışmanın amacı, daha önce kültür yardımıyla periodontal apselerden ilk kez tespit edilen bakterilerin yanı sıra, periodontal apse oluşmasının nedeni olarak kabul edilmiş olan periodontitis etkeni bakteriler ve son dönemde periodontal hastalık etkeni olabileceği ileri sürülen yeni bakteri türlerinin periodontal apse örneklerinde total bakteriler arasındaki mevcudiyeti ve yoğunluğunun Real Time PCR ile kantitatif olarak belirlenmesidir. Materyal ve Metot: Sistemik olarak sağlıklı, son üç ay içerisinde antibiyotik ve antienflamatuvar ilaç kullanmamış, klinik ve radyolojik muayene sonucu endodontik problemi olmayıp periodontal apse teşhisi konulan 30 gönüllü hastadan peridontal apse içeriği alındı. Toplanan Periodontal Apse örneklerinden genomik DNA izolasyonu için Genomic DNA Purification sistemi kullanılarak üretici firmanın protokolüne göre yapıldı. Periodontal apse örneklerinde araştırdığımız bakterilerin kantitatif miktarının belirlenmesi amacıyla SYBR Green Real Time PCR (qPCR) yöntemi kullanıldı. İzole edilen genomik DNA'nın konsantrasyonu ve saflık derecesi nanodrop cihazı kullanılarak spektroskopik olarak belirlendi. Periodontal apse içerisindeki bakterilerin nispi ölçümü için Real-Time PCR hassas, etkili ve güvenilebilir bir yöntemdir. Sunulan çalışmada toplam bakteri yükü içerisindeki hedef bakteri prevalansını ölçmek için oluşturulan standart eğri için Escherichia coli jm 109 suşu kullanıldı. İlk olarak 108 den 101 e kadar değişen sayılarda Escherichia coli hücrelerinden izole edilecek genomik DNA'lar kullanılarak SYBR Green Real Time PCR yöntemiyle her bir genomik DNA için CT (eşik döngüsü) değeri hesaplanarak standart grafik oluşturuldu. Daha sonra 30 gönüllü bireyden toplanan periodontal apse örneklerlerinden elde edilen genomik DNA kullanılarak her bir bakteri ve total bakteri (16S rRNA) için qPCR yapıldı. Elde edilen CT değerleri standart grafiğe yerleştirilerek total bakteri içindeki araştırılan bakterinin sayısı belirlendi. Bulgular: Araştırdığımız 21 bakteriden 17'sinin periodontal apse içeriğindeki varlığı, tespit sıklığı ve miktarları belirlendi. A.actinomycetemcomitans, S.pneumoniae, S.haemolyticus ve M.cerebrosus incelediğimiz örneklerde tespit edilemedi. P.gingivalis'in periodontal apse içeriğinde en yüksek rölatif bakteri sayısına sahip olan bakteri olduğu saptandı. Yeni çalışmalarda periodontal hastalıklarda etkili olan bakteriler olan D.pneumosintes, P.endodontalis ve F.alocis yüksek prevalans ve sayılarda tespit edildi. Diğer taraftan kültür yöntemiyle yakın zamanda ilk kez saptanmış olan bakteriler olan S.mitis, S.gordonii, S.constellatus, A.naeslundii ve bunun yanında P.acnes'in prevalans ve rölatif bakteri sayısı değerleri belirlendi. Sonuç: Periodontal patojen oldukları bilinen bakterilerin, son zamanlarda yapılan çalışmalarda periodontal hastalıklarda etkili oldukları düşünülen bakterilerin, yakın zamanda kültür yöntemiyle periodontal apse içeriğinde ilk kez bulunduğu belirtilen ve farklı vücut bölgelerinde apse gelişiminde etkili olduğu bilinen bakterilerin periodontal apse içeriğindeki varlık, prevalans ve sayıları belirlendi.
Özet (Çeviri)
Objective: The aim of this study was to determine the presence and density of periodontitis causative bacteria, which has been accepted as the cause of periodontal abscess formation, and the presence and density of new bacterial species, which have recently been suggested to be the cause of periodontal disease, among total bacteria in periodontal abscess samples, as well as the bacteria detected for the first time from periodontal abscesses with the help of culture. It is determined quantitatively by Real Time PCR. Material Method: Periodontal abscess contents were obtained from 30 volunteer patients who were systemically healthy, did not use antibiotics and anti-inflammatory drugs in the last three months, had no endodontic problems as a result of clinical and radiological examination, and were diagnosed with periodontal abscess. Genomic DNA isolation from collected Periodontal Abscess samples was performed according to the manufacturer's protocol using the Genomic DNA Purification Kit system. SYBR Green Real Time PCR (qPCR) method was used to determine the quantitative amount of bacteria that we investigated indicated in periodontal abscess samples. The concentration and purity of the isolated genomic DNA were determined spectroscopically using a nanodrop device. Real-Time PCR is a sensitive, effective and reliable method for the relative measurement of bacteria in periodontal abscess. Escherichia coli jm 109 strain was used for the standard curve created to measure the prevalence of target bacteria in the total bacterial load in the present study. First, a standard graph was created by calculating the CT (cycle threshold) value for each genomic DNA using the SYBR Green Real Time PCR method using genomic DNAs to be isolated from Escherichia coli cells in numbers ranging from 108 to 101. Then, qPCR was performed for each bacteria and total bacteria (16S rRNA) using genomic DNA obtained from periodontal abscess samples collected from 30 volunteer individuals. The CT values obtained were placed on the standard graph and the number of the investigated bacteria in the total bacteria was determined. Results: The presence, detection frequency and amounts of 17 of the 21 bacteria we investigated in the periodontal abscess content were determined. A.actinomycetemcomitans, S.pneumoniae, S.haemolyticus and M.cerebrosus could not be detected in the samples we examined. It was determined that P.gingivalis was the bacteria with the highest relative bacterial count in periodontal abscess content. In new studies, D.pneumosintes, P.endodontalis and F.alocis, which are the bacteria that are effective in periodontal diseases, were detected in high prevalence and numbers. On the other hand, the prevalence and relative bacterial count values of S.mitis, S.gordonii, S.constellatus, A.naeslundii as well as P.acnes, which were detected for the first time by culture method, were determined. Conclusion: The presence, prevalence and numbers of bacteria known to be periodontal pathogens, bacteria that are thought to be effective in periodontal diseases in recent studies, and bacteria that are known to be effective in the development of abscesses in different body regions, were determined.
Benzer Tezler
- Periodontal apselerde anaerop bakterilerin önemi
The Importance of anaerobe bacteria in periodontal abscess
PELİN YÜKSEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Diş Hekimliğiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MÜZEYYEN MAMAL TORUN
- Periodontal apselerden kültür yardımıyla izole edilen bakterilerin 16s PCR ve DNA dizi analizi ile tanılanması
Identification of bacteria isolated from periodontal abscess with culture assay BY 16S PCR and dna sequence analysis
KÜBRA KARAÇAM
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2017
Diş HekimliğiAtatürk ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURGUT DEMİR
- Özel muayenehanelerde çalışan genel diş hekimlerinin periodontal tanı, tedavi ve yönlendirme yaklaşımları
Periodontal diagnosis, treatment and referral approaches of general dentists in private practice
İBRAHİM ÇAĞRI ÖZÇELEBİ
- Değişik enfeksiyon kaynaklarından anaerob bakterilerin izolasyonu ve identifikasyonu
Başlık çevirisi yok
SELAHATTİN ATMACA
- Periodontal hastalık ve ağız sağlığı etki profili arasındaki ilişkinin yeni sınıflandırmaya göre incelenmesi
Investigation of the corralation between periodontal disease and oral health impact profi̇le to the new classification
FATMA NUR AKÇA
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2024
Diş HekimliğiGaziantep ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
PROF. KAMİLE ERCIYAS
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEDA SEVİNÇ ÖZBERK