Glioblastoma ve çevresi :Yeni nesil dizileme çalışması
Glioblastoma and its periphery: Next generation sequencing study
- Tez No: 694108
- Danışmanlar: PROF. DR. FATİH BAYRAKLI
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Nöroşirürji, Onkoloji, Genetics, Neurosurgery, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Beyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Glioblastoma, beynin en sık görülen malign tümörüdür. Maksimum cerrahi rezeksiyon sonrası kombine kemoradyoterapi uygulanması günümüzde kabul gören standart tedavi şeklidir. Bu tedaviye rağmen ortalama sağ kalım 2 yıldan kısa sürmektedir. Daha iyi tedaviler geliştirilmesi amacıyla glioblastoma genetiğinin araştırılması günümüzde önemli bir bilimsel araştırma kolunu oluşturmaktadır. Bu çalışmamızda glioblastoma hastalarının ameliyatları sırasında tümörün içinden ve tümöre komşu olan çevre dokudan örnek alındı. 5 hastaya ait örneklerden DNA izolasyonu sonrası, standart tümör/normal ekzom dizilemesine ( tümör örnekleri için 150x kapsama) ek olarak, kanserle ilişkili olduğu bildirilen 527 gen için 500x kapsama olacak şekilde dizileme yapılmıştır. Elde edilen ham dizileme verisi BWA- MEM kullanılarak referans genomuna göre haritalandırılmıştır. Varyantlar çağrıldıktan sonra, elde edilen çok sayıda varyantın allel frekansı hesaplandı. Tümörde ve normal örneklerde yer alan her bir varyant için olan allel frekansına göre bir filtreleme yapılarak anlamlı varyantların elde edilmesi sağlandı. Ayrıca VEP (Variant Effect Predictor) kullanılarak bu varyantlar içerisinde protein üzerindeki etkisi yüksek-orta derecede olanlar seçildi. Halka açık ekzom verisinde sıklıkla bildirilen fakat biyolojik olarak artefakt olarak değerlendirilebilecek genlerin yer aldığı FLAG listesindeki genler varyant analizinden çıkarıldı. Bütün bu biyoinformatik süreçlerin sonucunda beş hastanın beşinde ve dördünde görülen mutasyonlar genom veri bankalarından kontrol edilerek değerlendirildi. Çalışmamızda beş hastanın hepsinde görülen GOLGA6L2, CA11 genleri ile dört hastada ortak olarak görülen CNTNAP3B, NBPF12, CRYBG2, FAM198B genleri glioblastoma ile ilişkili olabileceği düşünülen genler olarak belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Glioblastoma is the most common malignant brain tumor in adults. Combined chemoradiotherapy after maximum safe resection is the standard therapy. Despite this combined theraphy, the prognosis of glioblastoma is poor. Average survival time of glioblastoma patient is less than 2 years. In order to better understand the underpinnings of glioblastoma, many genetic research has been made. In our study, we aimed to compare genetic alterations of tumor and matched normal brain tissue. We took matched normal tissue biopsy from inital corticotomy sites of surgery. Our exome sequencing method aims generating a tumor depth (~150X) regular exome coverage along with boosted coverage (~500X) for 527 cancer related genes, GOAL consortium fusion regions, relevant viral sequences, MSI probes and inherited cancer genes. Raw sequencing data was mapped to the reference genome using BWA-MEM. After the variants were called, the allele frequency of the variants was calculated. Significant variants were obtained by filtering according to the allele frequency for each variant in the tumor and normal samples. In addition, using VEP (Variant Effect Predictor) among these variants, those with high-to-moderate effects on the proteins were selected. Genes in the FLAG list, which included genes that were frequently reported in public exome data but could be considered as biological artifacts, were excluded from the variant analysis. As a result of all these bioinformatics processes, mutations observed in all five patients and four of the five patients were evaluated by using genome databases. In our study, GOLGA6L2 and CA11 genes were altered in all five patients. CNTNAP3B, NBPF12, CRYBG2, FAM198B genes were altered in four patients. These common genes may be associated with glioblastoma. Further PCR validation were required to better understand role of these genes in gliomagenesis.
Benzer Tezler
- Assessing the epigenetic modifiers of drug resistance in human astrocyte and glioblastoma co-cultures
Astrosit ve glioblastom birlikte kültürüne bağlı ilaç direncinde rol alan epigenetik faktörlerin incelenmesi
ALİ CENK AKSU
Doktora
İngilizce
2022
GenetikKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUĞBA BAĞCI ÖNDER
- Design of biodegradable hydrogels for the development of in vitro models for glioblastoma multiforme
Biyobozunur hidrojellerin glioblastoma multiform için in vitro modellerin geliştirilmesi için tasarlanması
PELİN ERKOÇ
Doktora
Türkçe
2017
BiyomühendislikKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEDA KIZILEL
YRD. DOÇ. TUĞBA BAĞCI ÖNDER
- Mezenkimal kök hücre-kanser hücresi ko-kültürü sonrası TGF-βeta ve CxCL12 sinyal yolaklarındaki değişimin araştırılması
Determination of TGF-beta and CxCL12 signaling pathway changes after mesenchymal stem cell-cancer cell co-culture
ŞEFİKA ÖZCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ALİ ONUR
- Glioblastoma multiforme (GBM) tümör hücrelerinin ısıng modeli kullanılarak creutz cellular automaton ile simülasyonu
Simulation of glioblastoma multiforme (GBM) tumor cells using ising model on the creutz cellular automaton
ZÜLEYHA ARTUÇ
Doktora
Türkçe
2018
Fizik ve Fizik MühendisliğiGazi ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİYA MERDAN
- Glioblastom olgularında IDJ-1 mutasyonunun immünohistokimyasal ve real tıme PCR yöntemleri ile değerlendirilmesi ve radyolojik bulgular ile korelasyonu
Evaluation of İDH-1 mutation in glioblastoma cases BY immunohistochemical and real-time PCR methods and its correlation with radiological findings
UMAY KİRAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
PatolojiKocaeli ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇİĞDEM VURAL