Geri Dön

Primer anti-tüberküloz ilaçlara dirençli ve duyarlı mycobacterium tuberculosis kompleksi izolatlarında ethambutol direnci ile ilişkili EMBA, EMBB ve EMBC gen mutasyonlarının araştırılması

Investigation of EMBA, EMBB and EMBC gene mutations related to ethambutol resistance in mycobacterium tuberculosis complex isolates resistant and susceptible to primary anti-tuberculosis drugs

PDF İndir

  1. Tez No: 694111
  2. Yazar: NURBANU YAŞAR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. SEDA TEZCAN ÜLGER, PROF. DR. GÖNÜL ASLAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Mersin Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 70

Özet

Tüberküloz (TB), Mycobacterium tuberculosis kompleksi (MTC)'nin neden olduğu akciğerler, omurga, böbrek ve beyin gibi vücudun diğer kısımlarını da etkileyen bulaşıcı bir hastalıktır. Ethambutol (EMB), TB tedavisinde kullanılan birinci seçenek ilaçlardandır ve tedavide anahtar rol oynayan ilaçlara karşı direnç dünya genelinde artmaktadır. EMB, hücre duvarında bulunan arabinogalaktanın biyosentezini inhibe eden mikobakteriyostatik bir ajandır. EMB direncinden embCAB operonundaki mutasyonlar; özellikle 306, 406 veya 497 kodonlarındaki dirençle ilişkisi doğrulanmış mutasyonlar sorumludur. Bu çalışmada primer anti-TB ilaçlara dirençli ve duyarlı olan MTC izolatlarında EMB direnci ile ilişkili embA, embB ve embC gen bölgelerinde meydana gelen mutasyon paternlerinin araştırılması amaçlandı. Çalışmaya EMB'ye dirençli 44 ve tüm ilaçlara duyarlı 20 olmak üzere toplamda 64 adet MTC izolatı dahil edildi. EMB direnci ile ilişkili embA, embB ve embC gen bölgeleri embA1, embA2, embB1, embB2, embB3 ve embC gen bölgelerine özgü spesifik primerler kullanılarak in-house PCR yöntemi ile amplifiye edildi. Elde edilen PCR amplifikasyon ürünleri, işaretli dideoksinükleotidleri içeren“Bigdye Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit”(Applied Biosystems, Foster City, CA, ABD) kullanılarak, sense ve antisense zincirlerinin her gen bölgesine özgü primerleri ile“Cycle Sequence”PCR'ı yapıldı. Reaksiyon ürünlerinin elektroforez işlemi“ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer”(Applied Biosystems, Foster City, CA, ABD) otomatize DNA dizi analizi cihazında gerçekleştirildi. Kromatografi şeklinde elde edilen dizi analizi verileri CLUSTALX, GENEDOC ve MEGA 7.0 çoklu sekans analiz programları ile analiz edildi. EMB dirençli izolatların %66 (29/44)'unda embB gen bölgesinde [(306. kodonda; ATG→GTG (n=17, %39), ATG→ATA (n=2, %5), ATG→ATC (n=2, %5) ve ATG→ATT (n=1, %2), 334. kodonda; TAC→CAC (n=1, %2), 354. kodonda; GAC→GCC (n=2, %2), 378. kodonda; GAG→GCG (n=1, %2), 406. kodonda; GGC→TGC (n=1, %2), 423. kodonda; ATG→ATA, (n=1, %2) ve 521. kodonda; GAG→GCG (n=1, %2)), %5 (2/44)'inde embC gen bölgesinde (270. kodonda ACC→ATC ve 270. kodonda ACC→ATC ile 305. kodonda GAG→GAA), %2 (1/44)'sinde embA gen bölgesinde (330. kodonda CTG→TTG (Leu→Leu)] mutasyon taşıdığı saptandı. embB'deki mutasyonların %50 (22/44)'sinin bu bölgede en sık karşılaşılan mutasyon olan embB 306. kodonda olduğu tespit edildi. EMB duyarlı izolatların ise %5 (1/20)'inde sadece embA gen bölgesinde (180. kodonda GGA→GGC (Glu→Gly)) mutasyon saptandı. Sonuç olarak mutasyonların, EMB dirençli MTC izolatlarında sıklıkla embB geninde bulunduğu ve embB 306. kodonda meydana gelen mutasyonların EMB direnci ile ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Sonuçlarımız dünyanın diğer bölgelerinden bildirilen çalışmaları desteklemektedir. Elde ettiğimiz veriler ülkemizde EMB direncine neden olan embCAB mutasyonlarının aydınlatılmasına ışık tutacaktır.

Özet (Çeviri)

Tuberculosis (TB) is an infectious disease caused by Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) that also affects other parts of the body such as the lungs, vertebra, kidneys and brain. Ethambutol (EMB) is one of the first-line drugs used in the treatment of TB, and resistance to drugs that play a key role in treatment is increasing worldwide. EMB is a mycobacteriostatic agent that inhibits the biosynthesis of arabinogalactan found in the cell wall. Mutations in the embCAB operon from EMB resistance; in particular, mutations confirmed to be associated with resistance at codons 306, 406 or 497 are responsible. In this study, aimed to investigate the mutation patterns occurring in the embA, embB and embC gene regions associated with EMB resistance in MTC isolates that are resistant and susceptible to primary anti-TB drugs. A total of 64 MTC isolates, 44 resistant to EMB and 20 susceptible to all drugs, were included in this study. EmbA, embB and embC gene regions associated with EMB resistance were amplified by in-house PCR method using specific primers to embA1, embA2, embB1, embB2, embB3 and embC gene regions. The collected PCR amplification products were performed by using the“Bigdye Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit”(Applied Biosystems, Foster City, CA, USA) containing the labeled dideoxynucleotides, with the“Cycle Sequence”PCR with primers specific to each gene region of the sense and antisense chains. Electrophoresis of the reaction products was performed on the automated DNA sequencing device of the“ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer”(Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Sequence analysis data obtained as chromatography were analyzed with CLUSTALX, GENEDOC and MEGA 7.0 multiple sequence analysis programs. It was determined that 66% (29/44) of the EMB resistant isolates carried mutations in the embB gene region [at codon 306; ATG→GTG (n=17, 39%), ATG→ATA (n=2, 5%), ATG→ATC (n=2, 5%) and ATG→ATT (n=1, 2%), at codon 334; TAC→CAC (n=1, 2%) at codon 354; GAC→GCC (n=2, 2%) at codon 378; GAG→GCG (n=1, 2%) at codon 406; GGC→TGC (n=1, 2%) at codon 423; ATA→ATA, (n=1, %2) and at codon 521; GAG→GCG (n=1, 2%)), 5% (2/44) in the embC gene region (at codon 270; ACC→ATC and at codon 305; GAG→GAA), and 2% (1/44) in the embA gene region (at codon 330; CTG→TTG (Leu→Leu)]. It was shown that 50% (22/44) of the mutations in embB were in codon 306 of embB, which is the most common mutation in this region. In 5% (1/20) of EMB susceptible isolates, only the embA gene region (at codon180; GGA→GGC (Glu→Gly)] mutation was detected. In conclusion, determined that mutations are frequently found in the embB gene in EMB resistant MTC isolates and mutations occurring in embB codon 306 are associated with EMB resistance. Our findings support studies reported from other parts of the world. The data we obtained will shed light on the embCAB mutations that cause EMB resistance in our country.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    386477

    Mycobacterium tuberculosis kompleks suşlarının BACTEC MGIT 960 sistemiyle primer antitüberküloz ilaçlara direncinin araştırılması

    Invastigation of primary antituberculosis drug resistance using BACTEC MGIT 960 system in Mycobacterium tuberculosis complex strains

    YUSUF SAĞLAM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Mikrobiyolojiİzmir Katip Çelebi Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İLHAN AFŞAR

  2. Tez No

    304500

    Mycobacterıum tuberculosıs suşlarında primer antitüberküloz ilaç direncinin BACTEC MGIT 960 sistemi ile araştırılması

    Invastigation of primary antitüberculosis drug resistance using BACTEC MGIT 960 system in mycobacterium tuberculosis strains

    MEVLİYE ZEKİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiHarran Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FADİLE YILDIZ ZEYREK

  3. Tez No

    310194

    Klinik örneklerden izole edilen mycobacterium tuberculosis kompleks suşlarının sekonder antitüberküloz ilaçlara direncinin agar proporsiyon yöntemi ile araştırılması.

    Investigation the resistance of mycobacterium tuberculosis complex strains isolated from clinical specimens against secondary antituberculosis drugs by using agar proportion method

    ŞİNASİ SAĞIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    MikrobiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FARUK AYDIN

  4. Tez No

    577365

    Primer anti-tüberküloz ilaçlara dirençli ve duyarlı mycobacterium tuberculosis izolatlarında Pirazinamid direnci ile ilişkili PNCA, RPSA ve PAND gen mutasyonlarının araştırılması

    Investigation of PNCA, RPSA and PAND Gene mutations associated with pyrazinamide resistance in primary anti-tuberculosis drug resistant and susceptible mycobacterium tuberculosis isolates

    DİDEM ÖZGÜR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    MikrobiyolojiMersin Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÖNÜL ASLAN

  5. Tez No

    809156

    Mycobacterium tuberculosis izolatlarının primer anti-tüberküloz ilaçlara karşı duyarlılığının hızlı tespitinde disk temelli yeni bir yöntemin geliştirilmesi

    Başlık çevirisi yok

    CEMİLENUR ATAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyoteknolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET YILMAZ ÇOBAN

Geri Dön