Klasik galaktozemi'de GALT geni mutasyon spektrumu ve genotip-fenotip ilişkisinin araştırılması
The contribution of molecular genetic methods to the diagnosis of classical galactosemia and investigation of genotype-phenotype correlation
- Tez No: 694419
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEHRA OYA UYGUNER, DR. ÇAĞRI GÜLEÇ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Amaçlar: Klasik galaktozemi, galaktoz-1-fosfat üridiltransferaz enzim eksikliği nedeniyle ortaya çıkan, otozomal resesif bir hastalıktır. İlişkili genetik varyantlar 11 ekzonlu GALT geninde DNA dizi analizi ile saptanabilen küçük mustasyonlar olmasına rağmen %1 oranında büyük delesyonlar da bildirilmektedir. Bu çalışmada, klasik galaktozemi klinik tanısı alan olgularda genetik etiyolojinin açıklanması, genotip-fenotip ilişkisinin araştırılması, toplumumuzdaki GALT geni mutasyon spektrumunun belirlenerek moleküler genetik analiz için uygun yaklaşımın kararlaştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntemler: Çalışmaya, klinik ve biyokimyasal bulgularla klasik galaktozemi tanısı alan 90 olgu dâhil edildi. Olgularda ilk aşamada GALT geninde Sanger dizi analizi ile küçük varyantlar, kalıtım modeli ile uyumlu varyant saptanmayanlarda ikinci aşamada MLPA tekniği ile büyük mutasyonlar araştırıldı. Bulgular: Olguların %90'ında dizi analiz yöntemi ile 17'si daha önce tanımlanmış dördü novel (p.R67Pfs*19, p.S236Rfs*30, p.S156*, p.V243I) varyant saptandı, MLPA analizi ile herhangi bir delesyon/duplikasyon saptanmadı. Olgu grubumuzda en sık (%42) ekzon 6'da p.Q188R, ardından ekzon 10'da p.E340* (%15) ve p.R67Pfs*19 (%8) saptandı. Tartışma: Toplumumuzdaki p.Q188R sıklığı Avrupa sonuçları ile uyumluydu. Literatürde Türkiye polülasyonuna özgün olduğu bildirilen p.E340*, çalışmamızda en sık saptanan ikinci varyant oldu. Üçüncü sıklıkla saptadığımız p.R67Pfs*19 ise novel değişimdi. Bu sonuçlarla, GALT geninde sadece ekzon 6 ve 10'un dizilenmesi ile olguların yaklaşık %65'ine moleküler tanı verilebileceği gösterildi. Çalışmamızda MLPA analizinde büyük mutasyon saptanmaması, olgulardaki ön tanıdan daha sonra uzaklaşılmış olması ile açıklanabilir. Klinik olarak galaktozemi ön tanısı alan ve GALT geninde dizi analizinde patojenik varyant saptanmayan olguların MLPA analizi öncesinde klinik açıdan yeniden değerlendirilmesinin uygun olacağı düşünüldü.
Özet (Çeviri)
Objective: Classical galactosemia is a disorder caused by pathogenic GALT gene variants leading to deficiency of galactose 1-phosphate uridyl transferase enzyme. This condition is inherited in an autosomal recessive pattern. Although most of the pathogenic variants identified are small sequence alterations, gross mutations have also been reported (1%) in GALT gene, which has 11 exons. We aimed to reveal genetic ethiology of patients with classical galactosemia and investigate the frequency and distribution of gross and small GALT mutations for molecular diagnostic approach and search for genotype-phenotype correlation. Material-Methods: Clinically diagnosed 90 patients with galactosemia were included in this study. DNA samples were isolated from peripheral blood and algorithmic testing strategy for GALT gene (NM_000155.3) was performed with Sanger sequencing in all study group, and MLPA in selected patients with normal sequencing result. Results: We identified 17 known mutations and four novel variants (p.R67Pfs*19, p.S236Rfs*30, p.S156*, p.V243I) in 90 patients, but no gross alteration by MLPA analysis. In this study, the most common mutations are p.Q188R(42%) in exon 6, p.E340* (15%) in exon 10 and p.R67Pfs*19 in exon 2. The mutation detection rate was 90% through Sanger sequencing. Conclusions: According to our results, the frequency of p.Q188R in Turkish popupation was the most common mutation as in Europe. Second most frequent mutation was p.E340* which is known to be specific for population in Turkey. The third most frequent mutation (8%) was a novel single nucleotide deletion leading to protein truncation (p.R67Pfs*19), found to aggregate in patients from eastern Turkey. It may be concluded that an algorithmic analysis of exons 6 and 10 would delineate molecular genetic diagnosis for 65% of the patients. The negative MLPA result may be explained by drift away from the prediagnosis after clinical re-evaluation of the patients. In the case that there is no pathogenic variant is found in sequencing, clinical re-evaluation should be considered before MLPA.
Benzer Tezler
- Kongenital kataraktlı hastalarda galaktoz-1-fosfat üridil transferaz enzim mutasyonunun araştırılması
Investigation on mutation of galactose-1-phosphate uridyl transferase enzyme in patients with congenital cataracts
BERİ HOCAOĞLU BOZARSLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
BiyokimyaDicle ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. F. BİRGÜL IŞIK
- Sağlıklı bebeklerde galaktoz-1-fosfat üridil transferaz aktivitesinin kantitatif analizi ve referans aralık tayini
To determine the galactose-1-phosphate uridyl transferase(GALT)activity in erythrocytes of healthy babies and to observe the reference interval
GÜNEŞ AK BAŞOL
- Galaktozemi tanısı ve tedavisinin izlenmesine yönelik biyosensör temelli yöntemler geliştirilmesi
Development of biosensor-based methods for monitoring galactosemia diagnosis and treatment
ERHAN CANBAY
- Klasik galaktozemili Türk hastaların moleküler analizi
Molecular analysis of Turkish patients with classic galactosemia
VOLKAN SEYRANTEPE
Doktora
Türkçe
1997
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL ÖZGÜÇ
- Nadir metabolik hastalıklarda tüm ekzom dizileme verilerinin biyoinformatik analizleri ile fenotipten sorumlu varyantların değerlendirilmesi
Bioinformatics analysis and variant interpretation of whole exome sequencnig data in inborn errors of metabolism
CAN KOŞUKCU
Doktora
Türkçe
2024
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiPediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RIZA KÖKSAL ÖZGÜL