Comparative transcriptome analyses of a standard strain and clavulanic acid overproducing industrial strain of s. Clavuligerus
S. Clavulirus'un standart bir suşu ile klavulanik asiti çok yüksek miktarda üreten bir endüstriyel suş arasında karşılaştırmalı transkriptom analizi
- Tez No: 695779
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ, DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Streptomyces clavuligerus, sefamisin C (SC) ve güçlü β-laktamaz inhibitörü klavulanik asit (KA) dahil olmak üzere tıbbi açıdan önemli β-laktam antibiyotiklerinin üreticisidir. Bu çalışmada, ardışık klasik mutajenezle geliştirilmiş endüstriyel bir KA aşırı üretici suş olan DEPA ile referans suş olan NRLL3585'in karşılaştırmalı transkriptomik analizi için genom çapında RNA dizi analizi yapılmıştır. Amacımız, klavulanik asit üretiminin karmaşık düzenleyici mekanizmaları hakkındaki daha fazla bilgi edinmek ve gen teknolojileri kullanılarak yeni üretici suşlar geliştirilebilmesi (rasyonel yaklaşımlar) için yeni hedefler göstermektir. RNA dizi analizi sonuçlarına göre, KA biyosentezi genleri, arginin biyosentezi, G3P sentezi, klavam biyosentezi ve KA üretiminde herhangi bir rolü olan diğer ek yapısal genler / gen kümeleri, bunlara ek olarak da, AdpA, TetR/AcrR ve CarD gibi temel düzenleyicilerin ekspresyon seviyeleri anlamlı biçimde artmış ya da azalmıştır bu. Daha sonra, transkriptom sonuçlarının, daha önce laboratuvarımızda yapılmış olan nanoLC/MS MS temelli karşılaştırmalı proteomik analizi sonuçları ile entegrasyonu gerçekleştirilmiştir. Entegre (bütünleştirici) transkriptomik ve proteomik analizlerden elde edilen pozitif korelasyon, Streptomyces clavuligerus'ta KA aşırı üretimi ve regülasyon mekanizmaları hakkında edindiğimiz bilgileri doğrulamıştır.
Özet (Çeviri)
Streptomyces clavuligerus is the producer of the medically important β-lactam antibiotics, including cephamycin C (CC) and potent β-lactamase inhibitor clavulanic acid (CA). In this study, comparative transcriptome analysis between an industrial stain, namely DEPA (CA overproducer strain which was developed by several rounds of classical random mutagenesis), and a reference strain NRLL3585 was performed by using the genome-wide RNA-seq technique. Our aim was to understand and improve the knowledge about the complex mechanisms of clavulanic acid overproduction and find out novel targets for use of gene technologies (rational approach) for industrial strain development. According to RNA-seq analysis, structural genes of CA biosynthesis, arginine biosynthesis, G3P synthesis, clavam biosynthesis, and other additional genes/gene clusters that have some role in CA production as well as several regulatory genes like AdpA, TetR/AcrR, and CarD were found to be meaningfully up- or -downregulated. Transcriptomic findings as were also integrated to those of a recent comparative proteome analysis via nanoLC/MS MS obtained in our laboratory. Positive correlation between integrative transcriptomic and proteomic analysis provided more precise insights into the mechanisms of CA overproduction in Streptomyces clavuligerus DEPA.
Benzer Tezler
- Sivas-Kangal yöresinde kırsal gelişme ve pazara açılma sürecindeki farklılaşmalar (bir örnek olay incelemesi)
Başlık çevirisi yok
FAHRİ ERCEM
Yüksek Lisans
Türkçe
1984
SosyolojiCumhuriyet ÜniversitesiSosyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. VAHAP SAĞ
- Sivas'ta kadınların işgücüne katılım farklılıkları
Başlık çevirisi yok
BİNNUR ERCEM
Yüksek Lisans
Türkçe
1984
SosyolojiCumhuriyet ÜniversitesiKurumlar Sosyolojisi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FARUK KOCACIK
- Havadaki kükürt dioksit tayin metotlarının uygulanabilirlik ve hassasiyetlerinin karşılaştırılmalı incelenmesi
A Comparative study of the methods used for the determination ot sulphur dioxide in air in terms of applicability and precision
MURAT İLİM
- Etude contrastive des systemes verbaux du turc et du Français
Başlık çevirisi yok
YUSUF KURTOĞLU
Yüksek Lisans
Fransızca
1986
DilbilimGazi ÜniversitesiFransız Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. HAMİT SUNEL
- Ruminant yemlerinin sindirilebilirliklerini saptamada uygulanan çeşitli in vitro yöntemlerinin karşılaştırılması üzerinde bir araştırma
A comparative study on different in vitro methods used to determine the digestibility of the ruminant feeds
NİHAT YAZCIOĞLU