Geri Dön

Comparative transcriptome analyses of a standard strain and clavulanic acid overproducing industrial strain of s. Clavuligerus

S. Clavulirus'un standart bir suşu ile klavulanik asiti çok yüksek miktarda üreten bir endüstriyel suş arasında karşılaştırmalı transkriptom analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 695779
  2. Yazar: GÖZDE ÇELİK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ, DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 191

Özet

Streptomyces clavuligerus, sefamisin C (SC) ve güçlü β-laktamaz inhibitörü klavulanik asit (KA) dahil olmak üzere tıbbi açıdan önemli β-laktam antibiyotiklerinin üreticisidir. Bu çalışmada, ardışık klasik mutajenezle geliştirilmiş endüstriyel bir KA aşırı üretici suş olan DEPA ile referans suş olan NRLL3585'in karşılaştırmalı transkriptomik analizi için genom çapında RNA dizi analizi yapılmıştır. Amacımız, klavulanik asit üretiminin karmaşık düzenleyici mekanizmaları hakkındaki daha fazla bilgi edinmek ve gen teknolojileri kullanılarak yeni üretici suşlar geliştirilebilmesi (rasyonel yaklaşımlar) için yeni hedefler göstermektir. RNA dizi analizi sonuçlarına göre, KA biyosentezi genleri, arginin biyosentezi, G3P sentezi, klavam biyosentezi ve KA üretiminde herhangi bir rolü olan diğer ek yapısal genler / gen kümeleri, bunlara ek olarak da, AdpA, TetR/AcrR ve CarD gibi temel düzenleyicilerin ekspresyon seviyeleri anlamlı biçimde artmış ya da azalmıştır bu. Daha sonra, transkriptom sonuçlarının, daha önce laboratuvarımızda yapılmış olan nanoLC/MS MS temelli karşılaştırmalı proteomik analizi sonuçları ile entegrasyonu gerçekleştirilmiştir. Entegre (bütünleştirici) transkriptomik ve proteomik analizlerden elde edilen pozitif korelasyon, Streptomyces clavuligerus'ta KA aşırı üretimi ve regülasyon mekanizmaları hakkında edindiğimiz bilgileri doğrulamıştır.

Özet (Çeviri)

Streptomyces clavuligerus is the producer of the medically important β-lactam antibiotics, including cephamycin C (CC) and potent β-lactamase inhibitor clavulanic acid (CA). In this study, comparative transcriptome analysis between an industrial stain, namely DEPA (CA overproducer strain which was developed by several rounds of classical random mutagenesis), and a reference strain NRLL3585 was performed by using the genome-wide RNA-seq technique. Our aim was to understand and improve the knowledge about the complex mechanisms of clavulanic acid overproduction and find out novel targets for use of gene technologies (rational approach) for industrial strain development. According to RNA-seq analysis, structural genes of CA biosynthesis, arginine biosynthesis, G3P synthesis, clavam biosynthesis, and other additional genes/gene clusters that have some role in CA production as well as several regulatory genes like AdpA, TetR/AcrR, and CarD were found to be meaningfully up- or -downregulated. Transcriptomic findings as were also integrated to those of a recent comparative proteome analysis via nanoLC/MS MS obtained in our laboratory. Positive correlation between integrative transcriptomic and proteomic analysis provided more precise insights into the mechanisms of CA overproduction in Streptomyces clavuligerus DEPA.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    496432

    Molecular and physiological investigation of longevity in yeast

    Maya hücrelerinde uzun yaşamın moleküler ve fizyolojik yönden incelenmesi

    MEVLÜT ARSLAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

  2. Tez No

    255883

    Comparative analysis of teafs and NP analysis to integrate interactome and transcriptome data to reveal response to C-pulse in Saccharomyces cerevisiae

    Etkileşim ve anlatım verisinin bütünleştirilmesi yöntemleri olan teafs ve NP analizi ile Saccharomyces cerevisiae?nin glikoz vurumuna tepkisinin karşılaştırmalı analizi

    MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. BETÜL KIRDAR

  3. Tez No

    758614

    Seçilmiş yerel buğday çeşitlerinin karşılaştırmalı transkriptomik analizi ve çinko uygulamasının bazı enzim genlerinin ifade düzeyine olan etkisi

    Comparative transcriptome analysis of selected local wheat varieties and effects of zinc treatment on expression levels of some enzyme genes

    AYŞEGÜL BİLGE UĞUZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyoteknolojiHacettepe Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. REMZİYE YILMAZ

    DR. AYTEN SALANTUR

  4. Tez No

    837895

    Değişici epitel hücreli mesane kanserinde insan telomeraz reverse transkriptaz mutasyonunun yüksek ve düşük dereceli tümörlerde karşılaştırmalı analizi

    Comparative analysis of human telomerase reverse transcriptase mutation in transitional epithelial cell bladder cancer in high and low grade tumors

    MUSTAFA KAPLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Moleküler TıpSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Moleküler Onkoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA DUMAN

  5. Tez No

    689885

    Standart ve agresif seyirli diferansiye tiroid kanserlerinde BRAF V600E ve TERT mutasyon analizlerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of BRAF V600E and TERT mutation analysis in standard and aggressive differential thyroid cancers

    NIGAR GASIMOVA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Genel CerrahiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET CEM DURAL

Geri Dön