Dissecting the function and regulation of the dual specificity kinase DYRK at the centriolar satellites and primary cilium
Sentriyolar satelit ve primer silyum konseptinde ikili spesifik kinaz DYRK'nin fonksiyonel ve düzenleyici rolünün araştırılması
- Tez No: 703450
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ELİF NUR FIRAT KARALAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 83
Özet
Sentrozom/Silyum kompleksi, önemli hücresel ve organismal süreçler sırasında kritik roller oynar. Memeli hücrelerinde sentrozom, primer silyum ve sentriyolar satelitlerden oluşmaktadır. Sentrozom, silyum oluşumunda gerekli olan iki adet sentriyol içerir. Primer siliyum, organismal gelişim esnasındaki önemli sinyal süreçlerinde merkez olarak işlev görür. Sentriyolar satelitler, sentrozoma localize olan ve etrafında hareket eden granül yapılardır. Bu omurgalılara özgü yapılar, primer silyumun oluşumunda ve faaliyetinde önemli düzenleyeciler olarak ortaya çıkmıştır. Sentrozom, silyum ve sentriyolar satalitlerdeki yapısal ve işlevsel bozukluklar; selyopati, primer mikrosefali ve kanser gibi insanlarda görülen çeşitli hastalıklara sebep olmaları sebebiyle önemlidir. Bu hastalıkların patogenezini ortaya çıkarmak için, bunların oluşturulduğu, korunduğu ve yeniden biçimlendirildiği mekanizmaların bütün olarak anlaşılması gerekmektedir. Bu amaçla, ikili spesifik tirozin-fosforilasyonla düzenlenen kinaz (DYRK3)'nin primer silyum oluşumu esnasındaki düzenleyici işlevini, hareketli silyum proteomik veri kümelerinde tanımlanmasına ve sentriyolar satelit biyogenezi sırasında düzenleyici işlevlere dayanarak araştırdım. İlk olarak, yakınlık temelli işaretleme yöntemi olan BioID'yi kullanarak, DYRK3 ve kinaz-ölü mutantı için in vivo yakınlık etkileşim haritasını ilk kez oluşturdum. Bu harita, DYRK3 ile primer silyum oluşum ve faaliyet düzenleyicileri arasındaki yakınlık etkileşimlerini ortaya çıkardı. Bunu test etmek için, memeli hücre hatlarında ve çoklu silyumlu epitel kültürlerinde DYRK3 aktivitesini inhibe ettim ve sırasıyla primer ve hareketli silyumların oluşabilmesi için DYRK3'nin gerekli olduğunu gösterdim. Bu sonuçlar, DYRK3'nin silyum biyogenezinde yeni bir düzenleyici olarak görev aldığını ortaya çıkardı ve bu süreçteki kinaz bağımlı düzenlenleyici rolü konusundaki anlayışımızı geliştirdi.
Özet (Çeviri)
The centrosome/cilium complex plays critical roles during important cellular and organismal processes. In mammalian cells, it is composed of the centrosome, the primary cilium and the centriolar satellites. At the core of the centrosome are two centrioles, which are essential for the assembly of cilia including the primary cilium, which functions as a hub for developmentally important signaling pathways. Centriolar satellites are granules that localize and move around centrosomes. These vertebrate-specific structures have emerged as important regulators of primary cilium assembly and function. Importantly, structural and functional defects of centrosomes, cilia and centriolar satellites cause various human diseases including ciliopathies, primary microcephaly and cancer. In order to uncover the pathogenesis of these diseases, a complete understanding of the mechanisms by which they are assembled, maintained and remodelled are required. To this end, I investigated the function and regulation of Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 3 (DYRK3) during primary cilium assembly based on its identified in proteomic datasets of the motile cilia and regulatory functions during centriolar satellite biogenesis. First, I used proximity-based labelling approach, BioID, and generated the first in vivo proximity interaction map for wild type DYRK3 and its kinase-dead mutant. This map revealed proximity interactions between DYRK3 and regulators of primary cilium assembly and function. To test this, I inhibited DYRK3 activity in mammalian cell lines and multiciliated epithelial cultures, and showed that DYRK3 is required for primary and motile cilia assembly, respectively. These results identify DYRK3 as a new player of cilia biogenesis and advances our understanding of kinase-dependent regulation of this process.
Benzer Tezler
- Dissecting the mechanism of Arp2/3 complex activation by actin filament binding and the regulation and function of JMY in cells
Başlık çevirisi yok
ELİF NUR FIRAT
Doktora
İngilizce
2010
BiyolojiUniversity of California BerkeleyMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. MATTHEW D. WELCH
- Dissecting the regulation of the centrosome/cilium complex biogenesis using proximity-based proteomics
Sentrozom/silyim compleks biogenezinin regülasyonunun yakınlığa dayalı proteomik yöntemlerle incelenmesi
MELİS DİLARA ARSLANHAN GÜL
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF NUR FIRAT KARALAR
- Chemically induced assay for centriolar satellite mispositioning reveals their functions at the primary cilium
Başlık çevirisi yok
ŞEVKET ONUR TAFLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF NUR FIRAT KARALAR
- Initial characterization of CXXC5 as a putative DNA binding protein
Potensiyel olarak DNA'ya bağlanan CXXC5 proteininin ön karakterizasyonu
PELİN YAŞAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT MUYAN
- Kentsel müdahalelerin kurgusal anlatısına ait sınırların kartezyen altlıklar üzerinden yeniden okunması
The reinterpretation of the boundaries of the fictional narrative of urban interventions within the context of cartesian thinking
BURAK HAZNEDAR
Doktora
Türkçe
2021
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SİNAN MERT ŞENER