Kinetic characterization of Geobacillus kaustophilus ATP-dependent lon protease
Geobacillus kaustophilus ATP-bağımlı lon proteazın kinetik karakterizasyonu
- Tez No: 704488
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ FATMA İNCİ ÖZDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Genetik, Biochemistry, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Prokaryotik ve ökaryotik hücrelerde, hücre içi dengenin korunması için yanlış katlanmış ya da hasarlı proteinlerin yıkımı büyük önem teşkil etmektedir. Tüm organizmalarda bu rolü ATP-bağımlı proteazlar üstlenmektir. Lon hemen hemen tüm canlı organizmalarda bulunan yegâne ATP-bağımlı proteazdır. Lon'un hücre içindeki birçok fonksiyonu açıklanmış olmasına rağmen, enzimin mekanizması ile ilgili hala cevaplanması gereken önemli sorular bulunmaktadır. Bu amaçla termofilik bir bakteri olan Geobacillus kaustophilus'tan elde edilen Lon (GkLON) ile yapılacak çalışmalar, enzimin mekanizmasını aydınlatmak açısından önemlidir. Bu tez çalışmasında, laboratuvarımızda daha önce E. coli BL21 (DE3) hücrelerine klonlanan GkLON kısmi olarak biyokimyasal, kinetik ve yapısal özellikleri bakımından karakterize edilmiştir. GkLON'un bir kimotripsin benzeri serin proteaz substratı olan Glt-Ala-Ala-Phe-MNA'ya karşı kinetik parametreleri KM ve Vmax sırasıyla 0.6 mM ve 134 mM/min olarak belirlenmiştir. GkLON'un biyokimyasal karakterizasyonu, substrat olarak α-kazein kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Enzimin proteaz aktivitesi ATP varlığında önemli ölçüde artmıştır. Bununla birlikte GkLON, α-caseini CTP ve GTP varlığında daha etkin şekilde yıkıma uğratmıştır. GkLON' un enzimatik aktivitesinin kesin olarak iki değerlikli katyon mevcudiyetine bağlı olduğu belirlenmiştir: en yüksek aktivite Mg2+ varlığında gerçekleşirken Mn2+, Ca2+ ve Co2+ gibi katyonlar da protein yıkımını arttırmıştır. Enzim maksimum aktiviteyi 55oC'de ATP varlığında gerçekleştirmiştir. Bir saat inkübasyon sonunda α-casein yıkımı 55oC'da %62, 37oC'da ise %25 olarak belirlenmiştir. Ayrıca homoloji modellemesine göre Bacillus subtilis ile Geobacillus kaustophilus Lon proteazları arasında %78 oranında dizi benzerliği tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
In prokaryotic and eukaryotic cells, the degradation of misfolded or damaged proteins is of great importance for the maintenance of homeostasis. In all organisms, this role is accomplished by ATP-dependent proteases. Lon is the only ATP-dependent protease found in almost all living organisms. Although many functions of Lon in the cell have been explained, there are still important questions to be answered regarding the mechanism of the enzyme. For this purpose, studies with Lon (GkLON) obtained from a thermophilic bacterium Geobacillus kaustophilus are important. In this thesis, in our laboratory previously cloned GkLON in E. coli BL21 (DE3) cells was partially characterized in terms of its biochemical, kinetic, and structural properties. The kinetic parameters KM and Vmax of GkLON against Glt-Ala-Ala-Phe-MNA, a chymotrypsin-like serine protease substrate, were determined as 0.6 mM and 134 mM/min, respectively. Biochemical characterization of GkLON was performed using α-casein as substrate. The protease activity of GkLON was significantly increased in the presence of ATP. GkLON degraded α-casein more efficiently in the presence of CTP and GTP. The enzymatic activity of GkLON was determined to be strictly dependent on the presence of the divalent cation: the highest activity observed in the presence of Mg2+, while cations Mn2+, Ca2+ and Co2+ increased protein degradation. The enzyme achieved its maximum activity at 55oC in the presence of ATP. After one hour of incubation, α-casein degradation was determined as 62% at 55oC and 25% at 37oC. In addition, according to homology modeling, 78% sequence similarity was detected between Bacillus subtilis and Geobacillus kaustophilus Lon.
Benzer Tezler
- Geobacillus kaustophilus fosfotransasetilazın rekombinant üretimi ve biyokimyasal karakterizasyonu
Geobacillus kaustophilus phosphotransacetylase: Recombinant production and biochemical characterization
MERAL AMANVERMEZ KARABAŞ
- Discovery of novel enzymes using proteomic approaches
Proteomik yaklaşımlar kullanılarak yeni enzimlerin keşfi
MERVE ÖZTUĞ KILINÇ
Doktora
İngilizce
2021
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DOÇ. DR. MÜSLÜM AKGÖZ
- Geobacillus stearothermophilus Ah22 bakterisi membranına bağlı lipazın karakterizasyonu
Characterization of lipase bound to membrane of Geobacillus stearothermophilus Ah22 bacteria
ENGİN İSKENDER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyokimyaRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BARBAROS DİNÇER
- Geobacillus stearothermophilus AH22 suşundan glukoz izomerazın karakterizasyonu
Characterization of glucose isomerase from Geobacillus stearothermophilus AH22 strain
MÜGE BOZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
KimyaRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZLEM FAİZ
- Characterization of thermophilic gene expression enzymes
Isı seven gen anlatım enzimlerinin tanımlanması
MELİKE ÇAĞLAYAN
Doktora
İngilizce
2010
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEŞE BİLGİN