Türkiye'de önemli kiraz üretim alanlarında cherry virus a (CVA), little cherry virus 1 (LChV-1) ve little cherry virus 2 (LChV-2)'nin moleküler yöntemlerle saptanması ve karakterizasyonu
Detection and characterization of cherry virus a (CVA), little cherry virus 1 (LChV-1) and little cherry virus 2 (LChV-2) by molecular methods in some important cherry production areas in Turkey
- Tez No: 704567
- Danışmanlar: PROF. DR. MONA GAZEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 54
Özet
Bu çalışmada Osmaniye, Adana ve Kahramanmaraş illerindeki kiraz bahçelerinde son yıllarda saptanan yeni virüslerin RT-PCR analizleriyle saptanması amaçlanmıştır. Kiraz plantasyonlarında en yaygın simptom olarak yapraklarda kırmızı-kahverengi renklenme ve klorotik lekeler gözlenmiştir. Osmaniye ilinden 67, Kahramanmaraş'tan 62 ve Adana'dan 57 (56 kiraz 1 vişne) olmak üzere toplam 185 kiraz ve 1 vişne örneği toplanmış ve örneklerde little cherry virus-1 (LChV-1), little cherry virus-2 (LChV-2) ve cherry virus A (CVA)'nın varlığı RT-PCR analizleriyle testlenmiştir. LChV-1'in kılıf proteinini (CP) çoğaltan 1LC_12776F/1LC_13223R primer çiftiyle yapılan PCR analizleri sonucunda Osmaniye ilinden 4, Kahramanmaraş'tan 18, Adana'dan 11 (10 kiraz ve 1 vişne) olmak üzere toplam 33 örnekte beklenen düzeyde (449 bp) amplifikasyon elde edilmiştir. Testlenen örneklerin hiçbirinde LChV-2 saptanmazken, CVA'nın poliprotein gen bölgesini çoğaltan CVA1/CVA2 primer çiftiyle yapılan PCR analizleri sonucunda Kahramanmaraş'ta 2 örnekte beklenen düzeyde (834bp) amplifikasyon gözlenmiştir. LChV-1 ve CVA izolatlarına ait PCR ürünlerinin iki yönlü sekans analizi sonucunda elde edilen DNA dizileri Gen Bankasına kayıtlı diğer ülkelerin izolatlarıyla karşılaştırılarak filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. LChV-1 izolatlarının filogenetik ağaçta farklı gruplarda yer aldığı, aralarındaki en yüksek benzerlik oranının %100, en düşük benzerlik oranının ise %81 olduğu ve izolatlar arasında coğrafik bir ilişki bulunmadığı tespit edilmiştir. CVA izolatlarının da filogenetik ağaçta aynı grup içerisinde yer aldığı, birbiriyle %99,384 oranında benzer oldukları tespit edilmiştir. Bu çalışma ile CVA kiraz ağaçlarında, LChV-1 ise vişne ağaçlarında ülkemizde ilk kez saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, it was aimed to detect new emerging viruses in cherry orchards in Osmaniye, Adana and Kahramanmaraş provinces by RT-PCR analysis. As most common symptoms, red-brown discoloration and chlorotic spot symptoms were observed on the cherry leaves. Totally 185 sweet cherries and 1 sour cherry samples, 67 from Osmaniye province, 62 from Kahramanmaraş and 57 from Adana (56 cherries and 1 sour cherry), were collected and tested for little cherry virus-1 (LChV-1), little cherry virus-2 (LChV-2) and cherry virus A (CVA) by RT-PCR analysis. As a result of PCR analysis performed by using 1LC_12776F/1LC_13223R primer pairs that replicates the coat protein (CP) of LChV-1, 33 samples 4 of which were collected from Osmaniye, 18 from Kahramanmaraş and 11 from Adana (10 cherries and 1 cherry) were found positive and amplification (449 bp) was achieved. Among tested samples, 2 samples in Kahramanmaraş found positive for CVA by using CVA1/CVA2 primer pairs amplifying polyprotein gene of CVA, and expected level of amplification (834bp) was observed whereas no LChV-2 was detected in any of the tested samples. Both direction sequence analyses of PCR products of LChV-1 and CVA isolates were compared with isolates from other countries deposited in the GenBank and phylogenetic trees were drawn. It was found that the LChV-1 isolates are grouped together in a different clade in the phylogenetic tree. The highest similarity among Turkish-LChV-1 isolates was 100%, wheras it was, 81% as lowest. Not any geographical relationship between the isolates were observed. It was determined that CVA isolates are in the same group in the phylogenetic tree and they are 99,384% similar to each other. To our knowledge, CVA in sweet cherry and LChV-1 in sour cherry trees was first time detected in Turkey.
Benzer Tezler
- Türkiye'de önemli kiraz üretim alanlarında Prune dwarf virus (PDV)'nin tespiti ve genetik çeşitliliği
Detection of and genetic diversity of Prune dwarf virus (PDV) in important cherry production areas in Turkey
PELİN GÜNDOĞAN
Doktora
Türkçe
2023
ZiraatHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KADRİYE ÇAĞLAYAN
- Isparta kiraz üretim alanlarında görülen önemli virüslerin serolojik ve moleküler yöntemlerle teşhisi ve kılıf protein gen dizilimlerinin belirlenmesi
Detection of important viruses on cherry production region of Isparta by serological, moloculer methods and determination of coat protein gene sequences
YUSUF ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
ZiraatSüleyman Demirel ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BAYRAM ÇEVİK
- Karaman ili Ermenek ilçesinde kiraz üretimi yapan işletmelerin ekonomik analizi
Economic analysis of cherry growing enterprises in Karaman province Ermenek district
HATİCE KÜBRA SARIALTIN
- Identité de classe sociale et l'ethnicité
Sınıf ve etnisite kimliği
HURİ KİRAZ ÖZDOĞAN
Yüksek Lisans
Fransızca
2013
Siyasal BilimlerGalatasaray ÜniversitesiSiyaset Bilimi Ana Bilim Dalı
PROF. FÜSUN ÜSTEL