Geri Dön

Ailesel endometriozis hastalığı ile ilişkili genlerin tüm ekzom dizilemesi ile araştırılması

Exome sequencing i̇dentifies two novel variants causing endometriosis in A family with multiple affected members

PDF İndir

  1. Tez No: 704901
  2. Yazar: BUŞRA GİZEM KINA
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. FEYZA NUR TUNCER KILINÇ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 100

Özet

Endometriozis, üreme çağındaki tüm kadınların %10'unu etkileyen östrojene bağımlı, kronik inflamatuar bir hastalıktır. Hastalıkla ilişkili birçok genetik risk faktörünü belirleyen genom çapında ilişkilendirme çalışmaları yapılmış olsa da, ailesel çalışmalar kısıtlı sayıdadır. Bu nedenle, endometriozisin genetik etiyolojisi tam olarak aydınlatılamamıştır. Bu doğrultuda çalışmamız, birden fazla etkilenmiş bireyin olduğu bir ailede tüm ekzom dizileme (TED) yoluyla endometriozis patogenezinde yer alan yeni aday gen ve varyantları belirlemeyi amaçlamaktadır. Ailedeki endometrium seröz karsinom tanılı bir kadın ve sağlıklı kız kardeşi ile onların transvajinal ultrasonografi ile endometrioma tanısı konulmuş ikişer kızları incelemeye katılmıştır. DNA materyalleri altı kadının periferik kanından izole edilmiştir. Illumina Nextseq 500/550 platformunda Twist Core Exome Hedef Yakalama ve Zenginleştirme Kiti kullanılarak endometriozis tanılı üç kadında TED gerçekleştirildi. Varyant önceliklendirme MAF≤%1 tercihi ile Genomize Seq platformunda iki farklı yaklaşımla gerçekleştirildi. Bunlardan biri üç kadındaki ortak, diğeri ise annesinde kanser öyküsü olan kız kardeşlerde ortak varyant filtrelemekti. Sanger dizilemesi ile varyant konfirmasyonları ve ailesel segregasyonlar yapıldı. TNFRSF1B NM_001066:c.1072G>A,p.Ala358Thr ile GEN1 NM_001130009:c.1574C>T, p.Ser525Leu heterozigot novel varyantları tüm hastalarda tespit edildi. CRABP1 NM_004378:c.54G>C p.Glu18Asp heterozigot novel varyantı ise yalnızca kanser öyküsü olan anne ve kızlarında tespit edildi. Bu gen, endometriozis seröz karsinomu dahil birçok kanser türüyle ilişkilendirilmiş olup, endometrium kanserine yatkınlık için yeni bir belirteç adayı olarak değerlendirilmiştir. Ayrıca, çalışmamızın sonucunda endometriozis ilişkisi bilinen TNFRSF1B geninde yeni bir varyant ile daha önce hastalıkla ilişkilendirilmemiş GEN1 yeni aday bir gen olarak tespit edilmiştir. Bu varyantlar aileye genetik danışmanlık verilmesine yardımcı olacaktır. Sonuçlarımızın, ileride daha büyük kohortlar ile gerçekleştirilecek çalışmalar veya fonksiyonel çalışmalarla doğrulanması durumunda, bulgularımız, endometriozisin moleküler mekanizmalarının aydınlatılmasına önemli katkı sağlayacaktır.

Özet (Çeviri)

Endometriosis is an estrogen-dependent, chronic inflammatory disease that affects 10% of all women of reproductive ages. Even though the genetic risk factors for the disease were acknowledged through genome-wide association studies, familial studies are in scarce. Therefore, genetic etiology of endometriosis is completely identified. Accordingly, our study aims to identify novel genetic variants involved in the pathogenesis of endometriosis through whole exome sequence (WES) analyses of multiple affected members in a single family. A woman with endometrial serous carcinoma, her healthy sister, and each of their two daughters, who are diagnosed with endometrioma by transvaginal ultrasonography, are included in the study. DNA was isolated from peripheral blood samples of six women. WES was performed using the DNA samples of three affected women utilizing the Twist Core Exome Target Capture and Enrichment Kit on the Illumina Nextseq 500/550 platform. Variant prioritization with MAF≤1% option was performed on Genomize Seq platform utilizing two different approaches; filtering for common variants among three affected women vs among daughters of the mother with a history of endometrial serous carcinoma. Variant confirmations and familial segregation analysis were done by Sanger sequencing. TNFRSF1B NM_001066:c.1072G>A,p.Ala358Thr and GEN1 NM_001130009:c.1574C>T, p.Ser525Leu heterozygous novel variants were identified in all patients. CRABP1 NM_004378:c.54G>C p.Glu18Asp heterozygous novel variant was detected solely in the mother with cancer history and in her daughters. This gene is associated with many types of cancer including endometrial serous carcinoma. Thus,it is evaluated as a possible new marker for risk in developing endometrial cancer. Also, a new variant in TNFSF1B gene, which is known to be associated with endometriosis in addition to GEN1 as a new candidate gene related to endometriosis onset are identified in our study. These variants will be helpful in providing genetic counseling to the family. Our findings, when replicated in larger cohorts or validated by functional studies, will provide significant contribution to the elucidation of the molecular mechanisms of the disease.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    878250

    Endometriozisde ailesel kalıtımda gen polimorfizminin önemi

    The importance of gene polymorphism in familial inheritance in endometriosis

    HALE GÖKSEVER ÇELİK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUBA GÜNEL

  2. Tez No

    334206

    Neoplazi şüphesi nedeniyle uygulanan endometrium biyopsilerinde ve neoplazi tanısı ile histerektomi uygulanan olgularda mikrosatellit instabilitesinin araştırılması

    Investigation of microsatellite instability in endometrium biopsies performed for neoplasia suspicion and in neoplasia patients underwent histerectomy

    CEMAL EKİCİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Tıbbi BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. TİMUR TUNCALI

  3. Tez No

    282561

    Overin endometrioid adenokarsinomlarında lynch sendromu ile ilişkili immunhistokimyasal ve olası morfolojik belirleyiciler

    Immunohistochemical and putative morphological markers related to lynch syndrome in ovarian endometrioid adenocarcinoma

    ANIL AYSAL AĞALAR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    PatolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Patoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÇAĞNUR ULUKUŞ

  4. Tez No

    86462

    Ailesel Akdeniz ateşli çocuklarda büyümenin değerlendirilmesi ve IGF-1 düzeyleri

    Evaluation of grwoth and IGF-1 levels in children with FMF

    ERAY SAVGAN GÜROL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEZER HATEMİ

    PROF. DR. NİL ARISOY

  5. Tez No

    86742

    Ailesel Akdeniz ateşinde renal tübüler göstergeler ve mikroalbuminüri

    Renal tubular markers and microalbuminuria in familial Mediterranean fever

    SEMRA AKKUŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİL ARISOY

Geri Dön