Ailesel endometriozis hastalığı ile ilişkili genlerin tüm ekzom dizilemesi ile araştırılması
Exome sequencing i̇dentifies two novel variants causing endometriosis in A family with multiple affected members
- Tez No: 704901
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FEYZA NUR TUNCER KILINÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 100
Özet
Endometriozis, üreme çağındaki tüm kadınların %10'unu etkileyen östrojene bağımlı, kronik inflamatuar bir hastalıktır. Hastalıkla ilişkili birçok genetik risk faktörünü belirleyen genom çapında ilişkilendirme çalışmaları yapılmış olsa da, ailesel çalışmalar kısıtlı sayıdadır. Bu nedenle, endometriozisin genetik etiyolojisi tam olarak aydınlatılamamıştır. Bu doğrultuda çalışmamız, birden fazla etkilenmiş bireyin olduğu bir ailede tüm ekzom dizileme (TED) yoluyla endometriozis patogenezinde yer alan yeni aday gen ve varyantları belirlemeyi amaçlamaktadır. Ailedeki endometrium seröz karsinom tanılı bir kadın ve sağlıklı kız kardeşi ile onların transvajinal ultrasonografi ile endometrioma tanısı konulmuş ikişer kızları incelemeye katılmıştır. DNA materyalleri altı kadının periferik kanından izole edilmiştir. Illumina Nextseq 500/550 platformunda Twist Core Exome Hedef Yakalama ve Zenginleştirme Kiti kullanılarak endometriozis tanılı üç kadında TED gerçekleştirildi. Varyant önceliklendirme MAF≤%1 tercihi ile Genomize Seq platformunda iki farklı yaklaşımla gerçekleştirildi. Bunlardan biri üç kadındaki ortak, diğeri ise annesinde kanser öyküsü olan kız kardeşlerde ortak varyant filtrelemekti. Sanger dizilemesi ile varyant konfirmasyonları ve ailesel segregasyonlar yapıldı. TNFRSF1B NM_001066:c.1072G>A,p.Ala358Thr ile GEN1 NM_001130009:c.1574C>T, p.Ser525Leu heterozigot novel varyantları tüm hastalarda tespit edildi. CRABP1 NM_004378:c.54G>C p.Glu18Asp heterozigot novel varyantı ise yalnızca kanser öyküsü olan anne ve kızlarında tespit edildi. Bu gen, endometriozis seröz karsinomu dahil birçok kanser türüyle ilişkilendirilmiş olup, endometrium kanserine yatkınlık için yeni bir belirteç adayı olarak değerlendirilmiştir. Ayrıca, çalışmamızın sonucunda endometriozis ilişkisi bilinen TNFRSF1B geninde yeni bir varyant ile daha önce hastalıkla ilişkilendirilmemiş GEN1 yeni aday bir gen olarak tespit edilmiştir. Bu varyantlar aileye genetik danışmanlık verilmesine yardımcı olacaktır. Sonuçlarımızın, ileride daha büyük kohortlar ile gerçekleştirilecek çalışmalar veya fonksiyonel çalışmalarla doğrulanması durumunda, bulgularımız, endometriozisin moleküler mekanizmalarının aydınlatılmasına önemli katkı sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
Endometriosis is an estrogen-dependent, chronic inflammatory disease that affects 10% of all women of reproductive ages. Even though the genetic risk factors for the disease were acknowledged through genome-wide association studies, familial studies are in scarce. Therefore, genetic etiology of endometriosis is completely identified. Accordingly, our study aims to identify novel genetic variants involved in the pathogenesis of endometriosis through whole exome sequence (WES) analyses of multiple affected members in a single family. A woman with endometrial serous carcinoma, her healthy sister, and each of their two daughters, who are diagnosed with endometrioma by transvaginal ultrasonography, are included in the study. DNA was isolated from peripheral blood samples of six women. WES was performed using the DNA samples of three affected women utilizing the Twist Core Exome Target Capture and Enrichment Kit on the Illumina Nextseq 500/550 platform. Variant prioritization with MAF≤1% option was performed on Genomize Seq platform utilizing two different approaches; filtering for common variants among three affected women vs among daughters of the mother with a history of endometrial serous carcinoma. Variant confirmations and familial segregation analysis were done by Sanger sequencing. TNFRSF1B NM_001066:c.1072G>A,p.Ala358Thr and GEN1 NM_001130009:c.1574C>T, p.Ser525Leu heterozygous novel variants were identified in all patients. CRABP1 NM_004378:c.54G>C p.Glu18Asp heterozygous novel variant was detected solely in the mother with cancer history and in her daughters. This gene is associated with many types of cancer including endometrial serous carcinoma. Thus,it is evaluated as a possible new marker for risk in developing endometrial cancer. Also, a new variant in TNFSF1B gene, which is known to be associated with endometriosis in addition to GEN1 as a new candidate gene related to endometriosis onset are identified in our study. These variants will be helpful in providing genetic counseling to the family. Our findings, when replicated in larger cohorts or validated by functional studies, will provide significant contribution to the elucidation of the molecular mechanisms of the disease.
Benzer Tezler
- Endometriozisde ailesel kalıtımda gen polimorfizminin önemi
The importance of gene polymorphism in familial inheritance in endometriosis
HALE GÖKSEVER ÇELİK
Doktora
Türkçe
2024
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUBA GÜNEL
- Neoplazi şüphesi nedeniyle uygulanan endometrium biyopsilerinde ve neoplazi tanısı ile histerektomi uygulanan olgularda mikrosatellit instabilitesinin araştırılması
Investigation of microsatellite instability in endometrium biopsies performed for neoplasia suspicion and in neoplasia patients underwent histerectomy
CEMAL EKİCİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Tıbbi BiyolojiAnkara ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. TİMUR TUNCALI
- Overin endometrioid adenokarsinomlarında lynch sendromu ile ilişkili immunhistokimyasal ve olası morfolojik belirleyiciler
Immunohistochemical and putative morphological markers related to lynch syndrome in ovarian endometrioid adenocarcinoma
ANIL AYSAL AĞALAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
PatolojiDokuz Eylül ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇAĞNUR ULUKUŞ
- Ailesel Akdeniz ateşli çocuklarda büyümenin değerlendirilmesi ve IGF-1 düzeyleri
Evaluation of grwoth and IGF-1 levels in children with FMF
ERAY SAVGAN GÜROL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1999
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEZER HATEMİ
PROF. DR. NİL ARISOY
- Ailesel Akdeniz ateşinde renal tübüler göstergeler ve mikroalbuminüri
Renal tubular markers and microalbuminuria in familial Mediterranean fever
SEMRA AKKUŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1999
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİL ARISOY